別所長治(1558年9月30日-1580年2月2日)，日本戰國時期播磨的大名。
別所長治爲別所安治之子，也是波多野秀治的女婿。織田信長在攻打毛利輝元時以別所長治曾從屬於織田家，但是由於織田家進攻波多野氏，與豐臣秀吉的不合，以及家臣別所賀相的煽動之下，別所長治便與波多野秀治一起反抗織田信長。
別所長治以死守三木城的方式與豐臣秀吉應戰，在毛利輝元與荒木村重的支持與支援下，一度擊退織田信長的軍隊;但是在豐臣秀吉徹底切斷三木城的糧食與水源供應，以及神吉城與志方城的失守之下，毛利輝元的援軍也被擊退;而別所長治也在三木城被包圍兩年後自殺逝世(三木合戰)。
對別所長治的評價:三木城主別所長治性格清廉、人格高潔，人雖年輕，卻備受家臣及播州一帶地方武士們的擁護和愛戴，城內充滿爲別所不惜犧牲之精神。(司馬遼太郎《豐臣秀吉》)
