德軍統帥部在巴爾幹半島的作戰中並沒有一個全盤計劃，當德軍佔領希臘本土後，希特勒原準備就此結束戰役，但德國空軍的一些將領卻在考慮以空降突擊手段奪取克里特島。
這一計劃最堅決的主張者是第11航空軍軍長斯徒登特中將，他是德國空降部隊的創建者，第11航空軍的建制裏就包括德軍當時的全部空降部隊。他已經進行了多年的組織準備和幾個月的籌劃，打算在克里特島實施一次大規模空降作戰，以此來證明空降部隊不僅僅是戰術意義上的突襲部隊，而是具有戰略意義的新兵種;同時證明空降作戰理論的正確性，作戰計劃上報第4航空隊司令洛爾上將後，洛爾考慮的是以克里特島爲基地的英國飛機可以襲擊羅馬尼亞的普洛耶什蒂油田，與其日後被動應付英軍的空襲，不如現在攻佔克里特島以免後患，便於4月15日將作戰計劃呈報空軍總司令戈林元帥，戈林正急於尋找機會打敗英軍，恢復德國空軍在不列顛空戰中遭受嚴重打擊的聲譽，隨即同意了這一計劃，並於4月21日和斯徒登特一起前往最高統帥部，向希特勒面陳。
希特勒批准了這一計劃，在徵得意大利同意後，於4月25日下達了第二十八號訓令：以空軍第11航空軍所屬的空降兵部隊爲主，執行攻佔克里特島的使命，作戰代號“水星”，戰役發起時間最遲不得超過5月中旬。
德軍戰役總指揮是第4航空隊司令洛爾上將，參戰部隊爲空軍第8航空軍和第11航空軍，以及海軍的東南艦隊。
第8航空軍是一支飛機機型齊全，數量可觀，具有極強戰鬥力的航空兵部隊，軍長爲里希特霍芬中將，共擁有飛機808架，其中戰鬥機230架、水平轟炸機223架、俯衝轟炸機305架、偵察機50架，現駐紮在希臘和保加利亞，負責奪取戰區制空權和爲空降兵部隊提供航空火力支援。
第11航空軍建制裏編有第7空降師、第22機降師和滑翔突擊團，是德軍當時全部的空降部隊，全是精銳之師，訓練有素，裝備精良，官兵大多具有空降作戰的實戰經驗。可惜，第22機降師因缺乏交通工具，滯留在羅馬尼亞，無法按時到達希臘集結，德軍統帥部只得臨時將正在希臘的第5山地師劃歸第11航空軍，代替第22機降師的作戰任務。第5山地師儘管也是德軍的精銳部隊，但沒有經過系統的機降作戰訓練，與空降部隊的協同也沒有第22機降師那樣默契熟練。上述兩個師又一個團，總數約3萬人。擔負空中運輸的，是第11航空軍所屬的約500架容克-52運輸機和80架滑翔機。
海軍的東南艦隊集結了包括驅逐艦在內的約70艘艦船和約200艘摩托舟艇，負責運送7000人的海軍陸戰隊在克里特島登陸，併爲戰役提供海上支援。
德軍在制定作戰計劃時，洛爾和斯徒登特對空降部隊的使用產生了分歧，洛爾堅持認爲應集中在馬拉馬和幹尼亞兩地空降，以確保兵力數量上的優勢。而斯徒登特卻根據戰爭初期在挪威和荷蘭的空降作戰經驗，認爲應在多個目標同時空降，以造成敵軍的混亂和無法相互支援，他堅持在克里特島上的七個地點同時空降，然後像油漬擴散那樣擴張戰果，直至佔領全島。兩人各持一詞，互不相讓，無法取得一致，便將各自的計劃上報戈林，戈林採取了折衷的方法，攻擊當天上午在馬拉馬和幹尼亞兩地空降，下午則在雷西姆農和伊臘克林空降。
德軍的具體部署是：分爲西部、中部和東部三個戰鬥羣，邁恩德爾上校指揮的滑翔突擊團爲西部戰鬥羣，在馬拉馬空降，奪取馬拉馬港和機場;第7空降師師長薩斯曼中將指揮第7空降師之傘兵第3團和第2團(欠第2營)爲中部戰鬥羣，在雷西姆農和幹尼亞空降，佔領機場、幹尼亞和蘇達灣;布勞爾上校指揮第7空降師之傘兵第1團和傘兵第2團2營爲東部戰鬥羣，在伊臘克林空降，奪取伊臘克林機場。第5山地師爲預備隊，機降或海運上島增援。島上作戰由第7空降師師長薩斯曼統一指揮。
出發機場爲希臘南部剛剛趕修出來的六個簡易小型野戰機場，空降距離250公里。由於飛機數量不足，空降只能分批進行，第一批運送滑翔突擊團和傘兵第3團，分別在馬拉馬和蘇達灣空降;飛機返航後再運送傘兵第1、第2團，在雷西姆農、幹尼亞和伊臘克林空降。計劃當天奪取三個機場和幹尼亞，然後機降預備隊，由東向西發展攻擊，佔領全島。斯徒登特的指揮部開設在希臘雅典的一個旅館裏，負責全局指揮。
德軍從4月25日起開始進行戰前準備。由於空降部隊大多在德國本土，首先一個難題就是部隊的開進和集結，第11航空軍的部隊先搭火車到達羅馬尼亞，再換乘卡車前往希臘，途中爲了讓參加對蘇聯作戰的第2裝甲師優先通過而在馬其頓的山區停留了足足三天，--直到5月14日，第11航空軍的部隊纔在雅典附近集結完畢，開始戰前訓練，一些部隊還進行了夜間空降訓練。
此外，德軍擔負運送空降兵的運輸機從巴爾幹戰役開始起就一直執行空運任務，高強度的頻繁使用，運輸機的機身和發動機都急需檢修，5月1日起，第11航空軍所屬的運輸機全部飛回德國，進行檢修保養，數家飛機制造廠經過夜以繼日的工作，終於將493架容克-52運輸機檢修完畢，其中大部分飛機還更換了發動機。5月15日這493架飛機在希臘南部的出發機場集結完畢。
所有戰前準備中最大的困難是燃料問題，493架運輸機需要往返三次才能將空降部隊運到克里特島，這樣共需要300萬公升的燃料，而這些燃料都還在希臘比雷埃夫斯港外的油輪上，直到5月16日，連一滴燃油也沒有運到機場，因爲科林斯大橋被炸燬後堵塞了運送燃料的油輪所必經的海峽，5月17日，第11航空軍後勤部長塞布中校用飛機接來了潛水員，纔將航道疏通。5月18日油輪駛入比雷埃夫斯港，然後立即將燃料分裝到200公升的油桶裏再用卡車運往機場。原定5月18日開始的攻擊不得不延遲兩天，但直到5月19日深夜，還有幾個中隊的運輸機沒有得到燃料，此時距離預定的出發時間只有五個小時了，就連參戰的空降兵也加入到運輸燃料工作中，他們將油桶運到飛機旁，用手搖泵爲飛機加註燃料，總算完成了攻擊準備。
5月14日，北非德軍發動了攻勢，以牽制北非英軍，使其無力支援克里特島。同時，對克里特島進行了戰前偵察和航空火力準備。
