克里特島登陸戰役歷時十二天，以德軍佔領克里特島而宣告結束。在戰役中，德軍陣亡、失蹤包括第7空降師師長薩斯曼少將以下約4000人，傷10000人，共計傷亡1.4萬人，損失飛機220架，其中運輸機179架。德軍唯一的空降師第7空降師，在戰役中遭受了巨大損失，傷亡超過5000人，幾乎佔全師的四分之三;參戰的空降兵共計傷亡6500人，佔總數的三分之一，可謂元氣大傷。由於德國空降部隊在此次戰役中的巨大損失，克里特島因此被稱爲“德國傘兵的墳墓”。
英軍方面的損失，在克里特島上的英聯邦軍隊陣亡1742人，傷1.5萬人;海軍傷亡約2000人，合計總傷亡約1.8萬人。希臘軍隊被俘約6000人，傷亡約3000人，合計傷亡近萬人。盟軍總傷亡人數約2.8萬。英國海軍4艘巡洋艦、6艘驅逐艦、護衛艦3艘、掃雷艦1艘、魚雷艇2艘、登陸艇19艘和2艘汽艇被擊沉，1艘航母、3艘戰列艦、6艘巡洋艦和8艘驅逐艦被擊傷。希臘海軍1艘裝甲艦、12艘驅逐艦和10艘快艇被擊沉，還損失了75%的商船。
戰後，希特勒召見了第11航空軍軍長斯徒登特，對該軍在克里特島戰役中的表現、大加讚賞，並授予他鐵十字勳章。但希特勒從克里特島戰役空降兵部隊的慘重損失中，認爲傘兵時代已經過去，大規模空降作戰只會導致比克里特島更爲慘重的損失。基於這一思想，德國沒有及時補充擴建其空降兵部隊，從此後，德軍在戰爭中，再沒有實施過大規模空降作戰。
相反，盟軍從克里特島戰役中認識到空降作戰的重大意義，並認爲空降兵部隊對於戰爭的勝利至關重要，開始大力加強空降兵建設，於當年組建了大規模空降戰的戰術單位--空降軍。
德軍雖然以巨大的代價攻佔了克里特島，但德軍最高統帥部認爲，蘇聯戰場遠比地中海戰場重要，因此原先雄心勃勃地以克里特島爲跳板，進而南下北非的戰略計劃沒能付諸實施。克里特島隨即在以後的日子裏陷入了沉睡狀態，其巨大的戰略價值並未得到充分體現，其中最主要的原因是德國同時開展蘇聯、西歐兩個戰場，實在沒有力量再開闢、擴大地中海戰場。這就證明了只有在充足的人力物力保障的條件下，有利的地理位置才能真正成爲有利的戰略位置這一簡樸而深刻的道理。
德軍聊以自慰的是，佔領克里特島，確實控制了東地中海，保障了東南歐地區的穩定，尤其是保證了德國賴以維持戰爭的生命線--羅馬尼亞普洛耶什蒂油田的安全。
