明朝建立後，儘管元朝被迫撤離中原地區，但他們仍然在廣袤的北方草原上保持統治，並經常南下侵擾，對明朝北部邊防構成了巨大威脅。爲了徹底消除北元的威脅，明太祖朱元璋在位期間發動了十三次北伐戰爭，主要目的是穩定北部邊疆。
第一次北伐發生在洪武三年(1370年)。當時，元惠宗逃亡到上都(今北京)後一直停留在明朝邊境地區，試圖重新奪回大都。朱元璋派遣徐達、李文忠、馮勝等將領分兵兩路行動，一路襲擊山西和陝西的元朝殘餘勢力，另一路追擊元惠宗。最終，兩路明軍都取得了巨大勝利。
第二次北伐發生在洪武五年(1372年)。在元朝殘餘勢力得到一定休整後，他們再次南下侵擾。朱元璋派遣徐達、李文忠、馮勝等將領率領五萬大軍分成三路北伐。徐達和李文忠率軍直取北元殘餘勢力的聚集地和林，而馮勝則前往甘肅引開元軍的注意力。結果，徐達的軍隊戰敗，李文忠的軍隊成敗相當，只有馮勝取得了一定的戰果。
第三次北伐發生在洪武十三年(1380年)。爲了打擊駐紮在和林的北元國公脫火赤和樞密知院愛足，朱元璋派遣陝西明軍的西平侯沐英北征。沐英偵察到元軍的動向後，奮力行軍七天七夜，突然襲擊元軍。元軍慌亂迎戰，最終慘敗，脫火赤和愛足都被俘虜。
第四次北伐發生在洪武十四年(1381年)。北元平章乃兒不花南侵，朱元璋派遣徐達、湯和、傅友德率軍進行北伐。兩路大軍都獲得了斬獲。
第五次北伐發生在洪武十七年(1384年)。北元海道千戶也先帖木兒反明，百戶劉林率兵平叛陣亡，涼州衛指揮宋晟奉命討伐，大敗元軍，俘獲也先帖木兒、吳國公等近兩萬人。
在第六次北伐中，北元太尉納哈率領龐大的軍隊佔據松花江以北地區，對明朝東北形成了巨大威脅。朱元璋派遣馮勝爲徵虜大將軍，傅友德和藍玉爲副將，率領20萬軍隊北征納哈。最終，明軍大敗北元，迫使納哈投降，遼東成爲明朝的勢力範圍。
隨後的第七次北伐中，朱元璋派遣藍玉率領15萬軍隊再度北征。他們發現北元天元帝脫古思帖木兒在捕魚兒海以北，於是發動突襲並取得勝利。大量北元兵馬被俘，脫古思帖木兒的部下也殺死了他。北元統治在這次戰役中徹底崩潰。
接着的第八次北伐中，由於北元各部分崩離析，不少部落再度南下襲擾明朝。朱元璋派晉王朱棡和燕王朱棣分別率軍北伐。燕王朱棣擊敗太尉乃兒不花並迫使其投降，而晉王朱棡則沒有取得明顯成果。
第九次北伐發生在脫古思帖木兒去世後，蒙古內部出現分裂和內訌，部分蒙古部落南下投降。然而，包括兀良哈在內的一些部落再度反叛。朱元璋派付友德等人討伐叛亂。這場戰鬥持續數月，明軍取得了許多勝利。
在第十次北伐中，哈密發生邊境糾紛，宋晟和劉真率軍出征，攻破哈密並俘獲王子別別怯等一千餘人。
第十一次北伐發生在脫古思帖木兒被殺後，也速迭兒自立爲全蒙古大皇帝，並策反了蒙古降將失烈門。朱元璋派遣周興前去討伐，明軍對元軍進行持續追擊，使元軍遭受重大損失。
第十二次北伐發生在洪武二十八年，明朝經略遼東地區。當地的各部落見明軍勢力強大，紛紛歸附，只有海西兀者女真大酋西陽哈等少數人仍然抵抗並襲擾明朝。周興等人率領軍隊抵達開元衛後，得知西陽哈在黑松林一帶。明軍下令各處軍隊出擊，但當明軍抵達時，西陽哈已經渡過鬆花江，使得明軍沒有取得勝利。
第十三次北伐發生在洪武二十九年三月。朱元璋得知大寧衛以北有北元軍隊的活動，派遣朱棣率軍前往大寧。明軍在大寧戰役中大敗北元軍隊，俘獲了索林帖木兒等數十人，並一路追擊到兀良哈禿城，再次擊敗北元將領哈剌兀。
如上，明太祖朱元璋在位期間，雖然曾發動了多達十三次次北伐，但除了前期乃主動出擊，意圖徹底瓦解北元統治，解決明朝北部邊患之外，後期的北伐其實更多是出於防禦性質，是對蒙古各部擾邊的一種懲戒性進攻。
此外，這十三次北伐之中，除了第九次“捕魚兒海之戰”外，大多圍繞明朝北部邊疆展開，並未深入草原，因此雖然勝多敗少，摧毀了北元的統治，將北元驅逐出了漠南地區，一定程度緩解了北部邊疆壓力，但對蒙古各部並未形成毀滅性打擊。
