經過
對峙
1926年，張作霖檄調敗退山東之李景林和張宗昌“直魯軍”攻其南;張作霖更遣專使與吳佩孚釋嫌修好，約他自武漢北攻馮軍於信陽，並誘引閻錫山出娘子關取保定，使馮之“國民軍”四面受敵。2月初旬，當奉軍艦艇在大沽口外出現時，馮軍乃在大沽口海設防，並以俄製水雷封鎖大沽口，並一度與故意穿過封鎖線日艦炮戰。日本人首先對馮軍佈雷，提出抗議。3月12日，馮軍與奉軍作戰期間，兩艘日本軍艦護衛奉系軍艦進入大沽口，並炮擊國民軍，守軍死傷十餘名。國民軍開炮還擊，將日本軍艦逐出。3月16日，英、美、法、意、荷、比、西、日八大帝國主義國家，聯合援引《辛丑和約》海口不得設防之條款，向北京政府外交部，提出44小時限期“最後通牒”。八國公使團向北京政府提出要拆除大沽口國防設施，否則以武力解決。同時各國派軍艦雲集大沽口，武力威脅北洋政府。
1926年3月16日，北洋政府外務部接到列強外交團之“最後通牒”後，經緊急磋商即於當日午夜答覆，稱“最後通牒”內容“超越《辛丑條約》之範圍”，所以“不能認爲適當”。因爲按《辛丑條約》，只有大沽口至北京一線炮臺應予以一律削平，卻並沒有相關條文對水道進行規定。公使團對此並未作答辯。段祺瑞乃勸馮部停止佈雷。
3月16日及17日，在北京的國共兩黨開會，徐謙以國民黨執行委員會代表的身份同李大釗領導的中共北方區委決定組織各學校和羣衆團體在天安門集會。組織者隨即率領羣衆衝擊國務院，作爲守門的衛兵，馮玉祥的國民軍沒有開門。憤怒的羣衆遂有團圍、翻牆抓人等舉動，受到衛兵阻攔，因此雙方發生了口角，相持了五、六小時，人羣直到很晚方纔散去。當夜，總指揮韓麟符向李大釗彙報羣衆情況，李“即表示同國民軍的士兵不要搞得太僵，我們還是要爭取國民軍的”。 3月18日，數千北京學生和市民乃集合於天安門前開“國民大會”，聲言反抗“八國通諜”。上午10時，國民黨北京執行部、北京市黨部，中共北方區委、北京市委，北京總工會，學生聯合會等團體於80多所學校共約5000多人在天安門舉行“反對八國最後通牒的國民大會”(即“318”抗議大會)，號稱十萬人抗議大會。廣場北面臨時搭建的主席臺上懸掛着孫中山先生的遺像和他撰寫的對聯“革命尚未成功，同志仍須努力”。臺前橫幅上寫着“北京各界堅決反對八國最後通牒示威大會”。
中共北方區委的領導李大釗、趙世炎、陳喬年參加大會，大會主席、中俄大學校長徐謙發表慷慨激昂的講話，大會決議：“通電全國一致反對八國通牒，驅逐八國公使，廢除一切不平等條約，撤退外國軍艦，電告國民軍爲反對帝國主義侵略而戰。”要求把八國公使趕出中國，並撕毀《辛丑和約》。大會由徐謙、顧孟餘、李大釗等公開或暗中主持。最後大會一共通過了八條決議。組織者又一次要求與會者去國務院示威。羣衆不願意去，害怕被鎮壓。李大釗登臺高呼：“大家不要害怕，他們不敢把我們怎麼樣!”但與會者中僅有數百衆跟隨前往。作爲參與者的李葆華(李大釗兒子)回憶說：“由於前一天曾發生過流血事件，我們特意做了準備。每人做遊行示威的小旗時，都挑選了較粗的棍子當‘旗杆’，用以自衛。”
大會結束後，遊行隊伍由李大釗率領。一時羣情激昂，呼嘯衝向國務院。按預定路線，從天安門出發，經東長安街、東單牌樓、米市大街、東四牌樓，最後進入鐵獅子衚衕(今張自忠路)東口，在段祺瑞執政府(今中國人民大學清史研究所)門前廣場請願。示威羣衆公推代表去向衛士長交涉，要求開門放隊伍進去，並請段祺瑞和國務總理賈德耀出來見面。在執政府內開會的總理賈德耀等人知難而退，從側門離開。而事件發生時段祺瑞並不在執政府。這時執政府衛隊長乃下令開槍。牆裏頭最先打響了三槍。槍聲驟起，羣衆前逃後衝，秩序大亂。有記者披露，示威者有人執帶鐵釘的棍子並搶士兵的槍，《臨時執政令》則認爲遊行者“闖襲國務院，撥灌大油，拋擲炸彈，手槍木棍，叢擊軍警。各軍警因正當防衛，以致互有死傷。”被擊斃學生和市民達47人。傷者150餘人，包括兩名便衣警察、一名衛兵。死者中爲人們所熟知的有北京女子師範大學學生劉和珍，李大釗和陳喬年也負傷。北京的防衛是由馮玉祥手下五虎將之一的鹿鍾麟的軍隊主要負責。
慘劇發生
大會結束後，遊行隊伍由李大釗率領，按預定路線，從天安門出發，經東長安街、東單牌樓、米市大街、東四牌樓，最後進入鐵獅子衚衕(今張自忠路)東口，在段祺瑞執政府(今中國人民大學清史研究所)門前廣場請願。示威羣衆公推代表去向衛士長交涉，要求開門放隊伍進去，並請段祺瑞和國務總理賈德耀出來見面。段祺瑞的執政府內人員擔心局勢失控，命令預伏軍警以武力驅散遊行隊伍，結果造成當場死亡47人，傷200多人的慘劇。死者中爲人們所熟知的有北京女子師範大學學生劉和珍，李大釗和陳喬年也負傷。後來軍警在清理現場時，竟然將死者財物盡行掠去，甚至連衣服也全部剝光。
結果
有來源稱段祺瑞在知道政府衛隊打死徒手請願的學生之後，隨即趕到現場，面對死者長跪不起，並從此終生食素，以示懺悔。也有來源稱三一八當天段祺瑞沒有去現場，後來也沒有出現在“悼念三一八慘案死難同胞大會”上，與稱段祺瑞長跪悼念遇難學生的史料時間不符。段政府又稱示威學生爲“暴徒”。有回憶者稱段祺瑞在三一八之後在家中也吃葷，在其他場合吃素只是與信佛有關。
3月18日，段祺瑞及北京國務院通電謂本日慘案乃徐謙等鼓動所致，下令通緝徐謙、李大釗、李石曾、易培基、顧孟餘五人。朱家驊、蔣夢麟、魯迅等幾十人也上了黑名單。徐謙等乃避入蘇聯使館。李大釗、魯迅等人被迫轉移，國共兩黨領導機關則遷入蘇聯使館。這就伏下後來張氏父子查抄蘇聯使館契機。
全國輿論沸騰。3月19日，各地輿論紛紛譴責國務院門口屠殺。3月20日，北京政府自知理屈，國務總理賈德耀引咎辭職。執政段祺瑞亦明令撫卹死者，醫治傷者。同日，中共中央發表《爲段祺瑞屠殺人民告全國民衆書》，號召“全國商人、學生、工人、農民、兵士，應急起聯合起來，不分黨派，一致奮鬥，發動一個比‘五卅’運動更偉大的運動，以雪最後通牒之恥”。3月23日，北京各界人士、各社會團體、各學校齊聚北京大學大操場，爲亡靈們舉行“三·一八死難烈士追悼大會”。魯迅題寫輓聯：“死了倒也罷了，活着又怎麼做。”後又就此慘案連續寫了七篇檄文。由劉半農作詞、趙元任譜曲的哀歌唱遍京城。
強大民意壓力迫使段祺瑞政府召集非常會議，通過了屠殺首犯“應聽候國民處分”的決議;京師地方檢察廳對慘案進行了調查取證並正式認定：“此次集會請願宗旨尚屬正當，又無不正侵害之行爲，而衛隊官兵遽行槍斃死傷多人，實有觸犯刑律第311條之重大嫌疑。”
1926年4月9日，鹿鍾麟率國民軍以段祺瑞暗通奉系爲罪名包圍國務院，段祺瑞逃入東交民巷法國使館，執政府倒臺。4月17日奉軍佔領北京。奉軍進京後查封《京報》館和一批報刊，邵飄萍於4月26日清晨被祕密處決。張學良逮捕了共產黨員郭隆真，然後派奉軍闖進北大、女師大、中俄大學等，大肆查禁書刊，搜捕反對人士。
影響
學生劉和珍等遇難
《泰晤士報》稱這次事件是“獸性”的“驚人慘案”。魯迅稱這一天爲“民國以來最黑暗的一天”。中國知識分子和媒體表現出前所未有的社會良知，周作人、林語堂、朱自清、蔣夢麟、王世傑、聞一多、梁啓超、許士廉、高一涵、楊振聲、凌叔華等紛紛譴責段祺瑞政府。《語絲》、《國民新報》、《世界日報》、《清華週刊》、《晨報》、《現代評論》等加入譴責暴行的行列。邵飄萍主持的《京報》，大篇幅地連續發表消息和評論，廣泛而深入地報導慘案真相，《京報副刊》也發表了有關文章。
段祺瑞惶惶不可終日
“三·一八”慘案後，舉國震驚。中國知識階層無論其政治觀點與學術觀點有怎樣的不同，均紛紛痛斥執政府和“執政”段祺瑞的行爲爲“倒行逆施”、“暴行”，“是政府自棄於人民矣”，“是民國曆史上黑暗的一頁”，學人如蔣夢麟、傅斯年、周作人、林語堂、朱自清、聞一多、王世傑、許士廉、高一涵、楊振聲、凌叔華、邵飄萍、陶孟和等，均有文字見諸報端;梁啓超剛剛動完手術，纏綿病榻之中，猶不忘口誅筆伐;劉半農與趙元任再一次詞曲璧合，哀聲悽楚，傳唱京城;魯迅則有《記念劉和珍君》等文，尤爲悲天憫人……民意不可違。爲此，傅國涌先生稱：“這個時代的知識分子即使和俄羅斯最優秀的知識分子們相比也並不遜色，在他們身上我們看到了知識分子最可貴的那些品質，他們是民族的脊樑，是我們心中永遠不倒的長城，是‘真的猛士’。”
