1945年9月2日，日本外務大臣重光葵代表天皇，參謀總長梅津美治郎大將代表大本營陸海軍部，在美軍戰列艦“密蘇里號”的甲板上籤署了無條件投降書。一般來說，那些參加了戰爭的日本軍人的命運分爲六種：一、指定爲甲級戰犯的高級軍官。二、指定爲乙丙級戰犯的高級軍官和士兵。三、被GHQ重新啓用的高中級軍官。四、回到家鄉重新開始新生活的軍官和士兵。五、被監禁在國外的軍官和士兵。六、自殺的軍官和士兵。
第一和第二類：甲、乙、丙級戰犯第一類和第二類軍人，坦率地說，真正受到追究的只是一部分，還有很多沒有受到追究。有兩個原因：其一，在遠東軍事法庭起主導地位的美國，對日本文化、日本軍制缺乏瞭解。應該說，美軍從戰爭開始以後就對於結束戰爭後的戰犯處理做了大量工作，從收集情報到審訊戰俘，列出了一個龐大的清單。但是美國人沒有（起碼當時沒有）理解日軍參謀的這種特殊作用，和日本軍隊（特別是陸軍）的“下克上”現象，而受其“政府管理軍隊，軍隊是職業軍人的集團”這種西方固定觀念的影響，在決定甲級戰犯時是以政府關係爲主。因此與陸軍省有關的高級軍官（課長以上）幾乎全部是甲級戰犯嫌疑人。而參謀本部的有關人員卻幾乎沒有受到追究。比如田中新一、服部卓四郎等人根本沒有受到追究，服部卓四郎還幾乎被授命組建現在自衛隊的前身警察隊。
第二個原因是不少證據被徹底銷燬，證人被封口。1945年8月14日御前會議決定了接受波茨坦公告以後，陸軍軍部就命令下屬各部隊、教育機關、附屬機關銷燬一切機密文件，各部隊機關濃煙滾滾達數日之久。因此第一手證據極爲缺乏，現在能看到的有關參謀本部的第一手資料，幾乎都是幾位反對擴大戰爭的參謀們偷偷留下來的。
第三類：被重新啓用的高中級軍官陸軍省和海軍省在1945年12月1日被撤銷後，改名爲“第一復員省”和“第二復員省”，主管從朝鮮半島、中國大陸及東南亞各地遣返回來的部隊和國內部隊人員的復員工作。一開始被留用的都是原陸海軍省的事務人員和文官。
第四類：回家開始新生活的官兵絕大多數的軍人是屬於第四類的。當然這裏面也有各種各樣的人生，有像政信那樣還是對政治對國事有着極大的興趣，甚至競選參議員的；也有像第8方面軍司令官今村均大將（陸大27期首席）那樣，回鄉修一間“反省小屋”，終生在此屋反省戰爭罪行的；也有像瀨島龍三那樣投身商界，發揮參謀的才能，把一個原來很小的纖維商社，領導成一個榮踞日本五大綜合商社之首的超大企業。
當然還有一些職業的軍人，離開戰場就無法生活的軍人。他們在戰後還是一直在尋找戰場，亞洲到處都可以看見他們的身影。印度尼西亞獨立戰爭的時候，蘇加諾手下也有兩千餘名日本兵。第五和第六類：監禁在國外和自殺的官兵第五類主要是指戰後被蘇聯扣留在西伯利亞的那些關東軍官兵，到現在還是一個謎。蘇聯爲什麼要冒天下之大不韙違反“波茨坦公告”，扣留60萬日軍官兵作苦役？戰犯是一回事，而“波茨坦公告”的第七條裏是白紙黑字保證遣返日軍士兵的。這是一個謎。有幾個說法，一個是斯大林對第一次大戰中日本出兵西伯利亞的報復，這種說法看起來未免有點荒誕無稽，只能強調西伯利亞出兵這件事本身的荒唐。但是從後面可以看到，這種說法有一定道理。
而在日本的“西伯利亞歸還者”中一直有另一個說法：這60萬人是日本政府送給蘇聯作爲戰爭賠償的。根據是，關東軍投降時，蘇聯遠東軍司令華西里列夫斯基元帥和接洽投降事宜的關東軍參謀長秦彥三郎中將，到底簽了什麼樣的協議誰都不知道，而當時在場的關東軍參謀瀨島龍三也一直不肯回答這個問題。華西里列夫斯基元帥回憶錄裏對戰俘的處理說得非常詳細，但對關東軍投降協議則一字未提，這就更加加深了人們的猜疑。爲什麼要賠償呢？戰爭期間最後的內閣首相鈴木貫一郎曾經很認真地和蘇聯進行過交涉，指望蘇聯出面調停。當時許給蘇聯人的好處，是不是就是這60萬關東軍呢？因爲一敗塗地的日本再也拿不出東西來了。一點不假。到了現在，根據蘇聯解密的外交文件，人們一般傾向認爲，在斯大林和杜魯門總統之間曾經就蘇聯的受降區域問題發生過一場激烈的爭吵。斯大林要求將北海道劃歸蘇軍受降，理由是當年的西伯利亞出兵事件（這就是西伯利亞事件報復說的根據），在被杜魯門總統拒絕以後，作爲泄憤或者交換，扣留了這60萬人達十來年之久。
最後一類就是戰後自殺的，其實這自殺有兩類。一類是戰敗時自殺的，像陸軍大臣阿南惟幾、東部軍管區司令官田中靜壹等。這類自殺還有“謝罪”的意味，不管他是向天皇還是向其他什麼人。另一類自殺就是像東條英機、杉山元等人，在被宣佈爲甲級戰犯嫌疑人以後自殺，這種就純粹是“畏罪”的逃避行爲了。特別是東條英機的自殺，就像一出鬧劇，早不自殺晚不自殺，在看見美軍憲兵走進院子敲門時纔開槍自殺，使用的還是一把科爾特22小口徑手槍。就是說他不想死，怕死。1989年，最後一名甲級戰犯鈴木貞一在101歲的高齡死去。1955年被釋放後，鈴木貞一一直深居簡出，也沒有像其他的參謀們一樣著書立說，爭吵不休。據說鈴木貞一臨終前，孫子喊“爺爺”他也沒有反應，護士突發奇想喊了一聲“閣下”，鈴木貞一頓時睜開了眼。在日本，“閣下”是對高官、將軍的尊稱，鈴木貞一併沒有忘記過去的榮光。日本媒體評論說：鈴木的死宣告了一個時代的結束。真的結束了嗎？不，傷痕還沒有完全平復。亞洲，特別是東亞的每一記脈動，都還能讓人感受到舊傷的痙攣。
