精疲力竭的西多尼亞公爵直接返回了他的莊園：李卡爾德的旗艦抵達了畢爾巴鄂港，但他卻在幾周後死去。很快，無敵艦隊失敗的消息傳到了腓力二世的王宮。據說他在聽到這個消息後說了這樣一番話“我應該感謝上帝,使我具有這樣大的權力,假使我願意的話,我可以很容易地再建立一支艦隊。只要源頭不斷,那麼一道流水雖然有時會被阻止, 但對源頭並無太大的作用。”
另一方面爲伸張新教神聖大義而戰的英格蘭人，同樣也相信無敵艦隊是毀於神風。在伊麗莎白女王授予霍華德的勳章上，就刻着“萬能的主一呼吸，敵人就抱頭鼠竄”的字樣。而且荷蘭詩人用拉丁語爲新教徒信仰得勝而祝福時，所頌揚的也只是上帝的特別恩寵，而隻字不提英格蘭將士們的勇敢和無畏精神。
既然英格蘭和荷蘭都不約而同的把勝利歸功於上帝對新教徒的施恩和庇護，腓力二世乾脆順水推舟，把無敵艦隊歸咎於神風不作美之故。因此，曾屢次呈送錯誤情報而威風掃地的西班牙駐巴黎大使門德薩，給腓力二世送了一封信，極力擺脫其窘境。
腓力二世在信中劃傷了着重線，在空白處寫道：“謙虛地學習通往勝利之道”。
確認上帝大義正確性和合理性的腓力二世，邁上了重建無敵艦隊的軌道。但是第二次無敵艦隊遠征，卻是在8年之久的1596年10月。
第二年，英國也組織了類似的大規模遠征行動，即科倫納·里斯本遠征，但確是不成功的，給英國經濟造成嚴重的損失和人員及艦船的慘重損失。
