軍機處爲清朝獨有，首創者乃雍正帝。雍正爲何要設立這麼一個機構?根本原因是想有效發揮君主集權的優勢，有此動念的起因是一場發生在帝國西北邊陲的戰爭。事情起於雍正二年(1724年)，青海和碩特蒙古首領羅卜藏丹津叛亂，被年羹堯、嶽鍾琪蕩平。羅卜藏丹津逃亡準噶爾。準噶爾是清廷的老對手了，康熙皇帝披掛上陣，三次親征準噶爾。
雍正四年，內政整肅完畢，皇帝準備對準噶爾用兵。雍正七年，戰爭爆發。軍情如火，需立即處理，且必須保守祕密。但當時的政治機構卻不盡如人意。清承明制，以內閣爲國家行政中心。內閣設於紫禁城太和門外的文淵閣附近，而雍正皇帝在養心殿處理政務、就寢，兩者相距一千餘米。宮禁重重，手續繁多的處理流程，極易延誤時機;而軍報到京，先經內閣，也容易泄露機密。
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於是雍正以需要一個密近的處理機關爲藉口，在隆宗門一帶的牆根搭建了一排平房，始稱軍需房，後改稱軍機房，又改稱軍機處，遴選心腹允祥、張廷玉、蔣廷錫三人祕密辦理軍務。打開故宮地圖就能發現，隆宗門位於乾清門廣場以西，正北面就是雍正皇帝的寢宮——養心殿，兩者相距不足五十米。
一千米到五十米，從內閣到軍機處，距離的縮短意味着政務處理的快捷，也意味着權力向皇帝集中。軍機處的房子，和宮牆之間有兩米空隙。據說這裏曾有一條通往養心殿的專用通道。這條路穿過宮牆，經過御膳房，直達養心殿。如今御膳房的宮牆依然留有通道的痕跡。心急的雍正皇帝將軍務處理中心遷到自己附近還不夠，還要鑿出一條便捷往來的孔道。雍正的亟亟求治之心，乾綱獨斷之望，顯露無遺。
軍機處如何高效辦公?西北戰事結束後，雍正並未撤銷軍機處，反而在第二年增設辦理文書事務的“小軍機”——軍機章京;雍正九年，又鑄軍機處印信，儲於大內。一個臨時機構，爲何能存在如此之久，影響如此之大?因爲皇帝藉着軍機處，掌握了“乾綱獨斷”的技術，破解了集權統治的難題。
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軍機處創設之後，早先的議政王大臣會議徒具虛名，議政王大臣成爲了虛銜，無應辦之事，有名而無實，在乾隆年間最終被裁撤。南書房雖仍爲翰林入值之所，但已不參預政務，主要負責文詞書畫。養心殿的西暖閣，是雍正皇帝處理政務，批閱奏章的地方。牆壁上懸掛着一副雍正手書的對聯，十分醒目：惟以一人治天下，豈爲天下奉一人。
皇帝不加掩飾地表達了他對集權的渴望。那麼，他又是如何做到的呢?祕密在於軍機處的三個字：“勤”、“速”、“密”。雍正追求高效。軍機處甫一成立，雍正皇帝就規定，不管有多少公文，必須在當天完成。即便一天的奏摺多達幾百件，也必須連夜處理完畢。皇帝如此嚴格要求，軍機大臣的工作就很辛苦了。凌晨3點，紫禁城內一片漆黑，唯有軍機處值廬中燈火通明。
不過，最辛苦的人不是軍機大臣，而是負責撰擬諭旨和管理檔案的軍機章京。軍機處成立後，權責日重。舉凡政治、軍事、經濟、外交事務，莫不經過軍機處，單憑几個軍機大臣已經處理不過來了。於是軍機處成立的第二年，就增設軍機章京。起初軍機章京無定額，從內閣中書、筆貼式等官員中選調。
嘉慶四年(1799年)起，定軍機章京滿漢各十六人，分爲滿漢各兩班。每班的領頭稱爲“達拉密”，由他領着章京們在軍機處值班。通常情況下，滿漢章京輪流值日，每班值兩日。即便是大年初一，軍機處也要當差入值。軍機處最強調效率與速度。軍機大臣的工作流程，生動地描繪了這裏的“速度與激情”：軍機大臣入值後，約莫五六點鐘，天剛矇矇亮，就要去養心殿面見皇帝，聆聽皇帝對政務的處理意見，這叫“承旨”。
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皇帝在徵詢軍機大臣對政務的意見後下達指示，軍機大臣就會急匆匆趕回五十米以外的軍機處，將皇帝的意思“述旨”給軍機章京，章京們走筆如飛，執筆“擬旨”。軍機大臣拿着擬好的諭旨，再趕回養心殿報皇帝批准。一來一去，不過一個時辰，許多政務就處理完了。
