說《四庫全書》比《永樂大典》強，一般的理由是《四庫全書》的部頭比《永樂大典》大，而且大得多。
但也有不少人認爲“《四庫全書》怎可和《永樂大典》相提並論!”，主要原因是乾隆編《四庫全書》時“寓禁於征”，並認爲乾隆編《四庫全書》是對中華文化的一次變相的浩劫。相反，明朝永樂皇帝編《永樂大典》，對所收錄的書“一字不加刪改”。所以有人進一步認爲“乾隆皇帝與永樂皇帝不同，沒有兼收幷蓄的胸懷”。
清朝統治者編《四庫全書》的確出於維護統治的目的毀、禁了不少書，不能不說清朝當時的統治者的確有他們狹隘的一面。
但是，持第一種觀點的人往往忽略了很重要的一點，就是編書目的。
兩帝編書都有顯示自己對文化的重視、藉以籠絡士人、炫耀文治的目的，區別在於：永樂皇帝編《永樂大典》是爲了方便自己檢索，成書之後作爲皇家藏書藏於深宮，一般是密不示人的，但不會因此達到對百姓的政治目的。
乾隆皇帝編《四庫全書》後抄了7部，“北四閣”的4部藏在皇宮和皇家園林中，大臣、翰林經批准可以前去查閱;“南三閣”則准許一般士子赴館閱錄;還有副本一部，藏翰林院，傳佈士林。
乾隆編《四庫全書》時毀、禁書，一方面是因爲清朝作爲少數民族統治中國，比明朝多了民族問題這個敏感點;還有一個很重要的原因是這部書不是僅僅編給自己看的。但是卻是想讓人看了之後覺得沒有不對，似乎是就該做他們的奴隸，而不是應該有自己的思想，自己的想法，沒有自由的言論。
季羨林先生評價《四庫全書》：“嘉惠學林，功在千秋。”，《四庫全書》一個很重要的積極意義就是打破了私人藏書、密不示人的侷限，使當時的讀書人也能從這個文化大工程中受益，同時也受到愚化。
由於清朝把對其統治不利的書排除在外，產生了“使天下士子閱讀，永不會覺得我們中國的作者裏面，也曾經有過很有些骨氣的人。”(魯迅語)的後果。
《四庫全書》收書和毀書數量：
先說收書：《四庫全書》有不同版本，收書數量略有不同，第一份告成時收書3461種，79309卷，後來的文津閣本收書3503種、79337卷。
再說毀書：編《四庫全書》毀、禁書數量不同專家給出不同數字，大致毀、禁、改書也達到3000餘種。
乾隆把天下書收集來，一半毀了、一半收入《四庫全書》。而且不僅毀書，還藉此大行文字獄。以至於“九州生氣恃風雷，萬馬齊喑究可哀”矣。
事實上，當時清廷徵集到的書總共12237種，除了被收錄和被毀禁外，那些編纂者認爲價值不大的書，僅在《四庫全書總目》中僅存其名，列入存目，這類著作共有6793種、93551卷，比收入《四庫全書》的著作多出將近一倍。這些存爲書目的書是不允許留存和傳播的，雖然沒有明毀明禁，卻不允許收藏，之所以只存個書目，不過是爲了以示這些書知道就好，沒有必要看罷了，實際上真的沒有必要麼?
明末清初的科技科學著作都被付之一炬，明代《軍器圖說》羅列了各種火器,圖文並舉,敘說軍器之製造，使用與威力等，卻被焚燬。《崇禎曆書》《天工開物》等決定着中國科技的一系列著作統統被毀，以至於後世之中華，不識不知科技爲何物，積貧積弱。《軍器圖說》的那一句“夷虜所最畏於中國者,火器也”成了對滿清修《四庫全書》最大的嘲諷。
與《永樂大典》相比，相差何止毫釐?雖然《永樂大典》並沒有向民間推行，但是它裏面有的東西，民間都有，縱使不讀，也不會存在你想知道的而沒辦法知道。但是《四庫全書》就不一樣了，推行的目的也不過是爲了想讓人知道他想讓你知道的，你自己想知道的一些，他不想讓你知道，你就永遠也不會知道。全書都沒有，那麼這個東西就不存在，或者沒必要存在。
正像文人魯迅在批評明清和民國文人時表示：“現在不說別的，單看雍正乾隆兩朝的對於中國人著作的手段，就足夠令人驚心動魄。全毀，抽毀，剜去之類也且不說，最陰險的是刪改了古書的內容。乾隆朝的纂修《四庫全書》，是許多人頌爲一代之盛業的，但他們卻不但搗亂了古書的格式，還修改了古人的文章;不但藏之內廷，還頒之文風較盛之處，使天下士子閱讀，永不會覺得我們中國的作者裏面，也曾經有過很有些骨氣的人……清朝的考據家有人說過，“明人好刻古書而古書亡”，因爲他們妄行校改。我以爲這之後，則清人纂修《四庫全書》而古書亡，因爲他們變亂舊式，刪改原文;今人(民國)標點古書而古書亡，因爲他們亂點一通，佛頭著糞：這是古書的水火兵蟲以外的三大厄。 ”
