新朝初建，重建軍事力量乃爲必然之舉。各政權在招收潰兵、流寇及定策之兵等基礎上，開始軍事重建之路，最終形成幾支較強大的支撐本政權的軍事力量存在。從來守江南者必於江北，當酌地利設四藩：以淮、揚、廬、泗自守，而以鳳、徐、滁、六爲進取之基;督師駐揚州，居中調遣。自成將李錦、高必正擁衆數十萬逼常德。騰蛟令胤錫撫降之，置之荊州。隆武帝即命其軍改稱“忠貞營”，封高氏爲“貞義一品夫人”，爲之立坊，文曰“淑贊中興”。當是時，降卒既衆，騰蛟欲以舊軍參之，乃題授朝宣、先璧爲總兵官，與承胤、赤心、郝永忠、宗第、進才及董英、馬進忠、馬士秀、曹志建、王允成、盧鼎並開鎮湖南、北，時所謂十三鎮者也。四將軍部下有在陝西參加農民起義的戰士一萬人作爲骨幹，又在雲南招募漢、彝各族人民入伍，編練新軍。改諸軍悉曰行營、設護衛曰駕前官。李定國以收穫孫可望之兵名曰秦兵，滇省舊兵名日晉兵。鄭成功的軍隊以鎮爲單位，每鎮的兵力大約在二千人左右，兵力最盛時水師、陸師合計達到七十二個鎮，總兵力約爲十五萬左右。
軍費開銷
時任弘光朝廷都給事中的李清在《三垣筆記》中就軍費開支算了一筆賬：武昌的左良玉有五萬人，每年軍費一百萬兩;江北四鎮各三萬人，共計十二萬，每年軍費二百四十萬兩;京營六萬人，每年軍費一百二十萬兩;其餘八鎮共十二萬人，每年軍費二百四十萬兩。弘光政權的軍隊總計三十五萬人，每年的軍費累計七百萬兩。
異姓藩王
根據明朝會典等制度的規定，只有皇族可以在生前封爲王爵。非皇族者生前最高爵位爲國公，死後可追贈郡王爵。此制度一直實行至明朝滅亡，及南明的弘光、隆武兩朝。但是至永曆朝時局混亂，在孫可望的逼迫下，永曆帝打破了異姓不封王的慣例，分封了不少異姓王。
