最初，號稱官軍的東軍將西軍從內裏和花的御所周邊驅逐，皇室爲了確保義政在有利的情況下決定進軍， 6月山名軍以數萬兵力上洛，於8月由周防大內政弘和四國的河野通春七國的軍勢、以水軍身份入京、西軍的勢力開始回覆。在相國寺之戰後，由於兩軍的激戰下，出現不少死傷者，最終此戰不分勝負。
應仁元年8月29日，義視突然離開東軍並逃到伊勢國投靠北畠教具。義視離開原因可能爲武衛騒動以及因文正政變而被追放的宿敵伊勢貞親試圖恢復義政政權。這可能是當時義政與義視之監護人勝元傾向廢義視而立義向爲將軍的主要原因。
沒有履行將將軍職位讓位給義政之承諾，義視爲了就任將軍開始催促勝元注視，時仍出家的義尚。義視在義尚誕生的時候已經在將軍府之處。之後，留在伊勢國一段時間的義視，在勝元和義政遊說下返回東軍，但又再次逃走到比睿山。被義尚擁立的勝元，事實上已經將義視追放。應仁元年11月23日，西軍在比睿山迎接被擁戴爲“新將軍”的義視，試圖與東軍對抗。
但是由於兩軍皆無法佔優勢，實際交戰的情況只是少數。文明年間屬於東軍的足軽骨皮道賢在後方以游擊戰攪亂，其實亦包括了強盜集團的部隊。長期的戰亂以與盜賊橫行使京都市街地荒廢。由於守護大名的介入，使戰線拉長，衆人名不能在京都附近進行戰場。這導致東西軍的厭戰氣氛增大。
1473年(文明5年)有較大的變化，3月18日山名宗全(70歲)以及在5月11日細川勝元(44歲)相繼死亡，12月19日義政將將軍讓位給義尚後隠居。1474年(文明6年)4月3日，宗全之子山名政豐以及勝元之子細川政元達成了議和。之後仍然有殘存勢力繼續進行小規模戰爭，1477年(文明9年)11月11日政弘撤回到周防國撤收以致西軍在事實上已經瓦解。11月20日，幕府爲了祝賀“天下靜謐”進行祝宴，使維持了十年的應仁之亂終於完結。
