1199年(正治元年)鎌倉幕府的創始人源賴朝去世，年僅18歲的其子賴家繼任將軍。賴家精於弓箭馬術，但缺乏其父的政治才能及權威，獨斷專行，重用其岳父，排擠幕府元老，引起許多御家人的不滿。在源賴朝之妻北條政子的主持下，首先剝奪了賴家的裁判權，然後組成13名元老決定重大決策的協議制。1200年，北條時政剷除支持賴家的梶原家族，並在1203年軟禁賴家，同時滅其岳父家族，立其弟實朝爲將軍，自己以輔助將軍的名義掌握幕府大權，被稱爲“執權”。
翌年時政殺害賴家，但在政子的反對下，時政被迫引退，由其子北條義時掌握幕政。1213年，義時滅侍所別當和田義盛及其家族，鞏固了其執權的地位。但此時實朝已經成人，並積極參與幕政，喜愛公家文化，與朝廷關係頗佳。1219年，實朝在就任右大臣儀式的途中被其侄公曉所殺，公曉亦被殺，源氏斷絕。義時希望立皇族親王爲將軍，但遭到後鳥羽上皇的反對，只好立源氏遠親攝關家三歲的藤原賴經爲將軍，自己繼續掌握幕府政權，自此以後將軍成爲虛設。
幕府內部的爭鬥使本來就對武家政權不滿的天皇朝廷提供了試圖恢復公家權力的機會，1198年開始院政的後鳥羽上皇積極採取加強朝廷經濟實力的措施，並通過恩賜土地的方式吸引近畿地區的武士以及對北條家族不滿的御家人，在“北面武士”機構之外，還設置了“西面武士”組織。上皇拒絕了北條義時允許皇子做幕府將軍的請求，並在1221年5月向各國武士頒佈討伐北條義時的院宣。時值承久三年，因而被稱爲“承久之亂”。但響應朝廷的武士並不多，而在北條政子的鼓動下，大多數御家人重新集結在幕府旗下，並從鎌倉分兵東海、東山、北陸三路向京都方向進發。面對19萬之多的幕府軍隊，萬餘名的朝廷軍隊一觸即潰，不到一個月，幕府軍就打敗了朝廷軍，並佔領了京都。幕府立新天皇，將包括後鳥羽上皇在內的三位上皇流放到離島，並處死參與計劃討幕的貴族與武士。天皇被處罰以及貴族被處死的事情前所未有，因而對當時的社會產生較大影響。幕府沒收了參與討幕貴族及武士的3000所領地，將其作爲幕府的直轄領地，並任命在此次內亂中立有戰功的御家人爲新地頭，稱爲“新補地頭”，同時決定了新地頭的俸祿標準。另外，幕府在京都設“六波羅府”，由北條義時之弟北條時房及其子北條泰時擔任其長官——“六波羅探題”，取代過去的京都守護。其職責除警衛京都、監督皇室活動外，還兼有負責統帥西日本御家人以及執掌西日本的行政、司法等事務。“承久之亂”之後朝廷喪失了擁有軍隊的權力，皇位繼承及朝廷政治也由幕府決定，國家權力嚴重傾向武家。
1224年，北條義時去世，翌年大江廣元、北條政子亦去世，任幕府執權的北條泰時針對時弊進行了一系列改革。首先改變執權獨斷的體制，在1225年設置“聯署”一職，並由其叔父北條時房擔任此職，輔助執權掌管政務;同時任命11名精通政務的御家人組成“評定衆”，做爲幕府的最高決策機構，與執權、聯署協商決定重大行政、司法事務;其次，在1232年制定了《御成敗式目》(亦稱爲《貞永式目》)的武家法規，以簡單易懂的語言概述了行政、司法的規則以及武士應遵守的行爲準則和道德規範，其中要求各級武士嚴守自己的職責，向公背私，不得越權妄爲，嚴禁“非國司而妨國務，非地頭而貪地利”等。到北條泰時之孫北條時賴任執權時，進一步完善了以執權爲中心的政治體制。即在1249年設置數名官員組成的“引付衆”，其職責是協助評定衆審理文書及裁判。同時，時賴清除北條傍系有力家族，將幕府權力集中在北條嫡系家族——“得宗”，並廢除藤原家族出身的將軍，立完全由幕府擺佈的皇族親王爲將軍。
在鎌倉時代，武士領主化的現象越來越明顯。被稱爲“御家人”的武士擔任地頭，而那些“非御家人”武士通常被任命爲莊官，管理下人、隨從、農民進行農業生產。武士的所有子女均有繼承權，分家後亦聽從本家的調遣，形成一大家族，族長稱爲惣領，戰時率家族成員進行作戰，平時帶領子弟到京都或鎌倉服警備義務。武士女性成員不參與軍事活動，但亦可成爲地頭或御家人，流行出嫁婚姻制，但結婚後仍用原姓氏。武士住在“武士館”中，平時練習騎、射武藝，逐漸形成重武勇、禮節、廉恥、正直、節儉等內容的“兵道文化”。農民分爲上層農民“名主”和下層農民“作人”，他們是從事農業的主要勞動力，交納30%左右的收穫量作爲“年貢”，另外還要交納土特產的“公事”，提供稱爲“伕役”的徭役。當時已普及兩季農業、牛耕、肥料、水車等，但農民生活依然困難，因而經常以名主爲首反抗地頭、領主的壓迫與剝削，其手段多爲訴訟和逃亡。儘管如此，由於生產力的提高以及經濟作物的發達，手工業和貿易也得到發展，出現了定期集市和貨幣經濟。大量宋錢輸入日本，到鎌倉幕府末期，84%的交易使用貨幣，同時出現了高利貸“借上”、遠距離的匯兌和從事批發的“問丸”。
