民間有傳說，早年這裏有“異氣”。
在朱棣建塔前，這裏曾有阿育王佛塔。崇佛的梁武帝蕭衍，於大同八年(公元543年)對塔作了改造，復建長幹寺，易名長幹塔。宋天禧年間，又改爲天禧寺，後建聖感塔。元至元年間，再改爲天禧慈恩旌忠寺，元末塔毀。梁武帝爲什麼要復建長幹寺?其在《幸阿育王赦詔》中稱，時出現了異常天象，“月犯五車，老人星見”。
在塔建好後，頓現祥光。有詩“長幹塔”稱：“十丈祥光起相輪，鐵浮屠鎮法王墳;只愁西域神僧至，夜捧長幹剎入雲。”阿育王即鐵輪王，傳說曾於一日一夜間，役鬼神造了八萬四千塔，此塔即是其中之一。此塔在梁武帝改造前，曾經多次重建。但自塔成後，這裏就出現異氣，成爲佛門寶地。
順便交代一下，2008年8月，因南京重建大報恩寺塔，“長幹塔”的地宮被當作大報恩寺地宮而意外被發現，出土了一隻高達1.3米的大鐵函。鐵函內發現了一座金光閃閃的鎏金七寶阿育王塔的塔剎部分。朱棣把報恩寺塔選擇在此，是否是這種考慮呢?這裏也有一個傳說，朱棣“靖難起兵”前曾向馬皇后發誓，如果當上皇帝后，便建一寺塔報答。在兵渡長江時，江中忽然涌出一座寶塔，朱棣一驚，忽然想起了起事前的誓言。
在當了皇帝后第二天，出現了一起怪事，天禧寺突然發生了一場大火災。有人報信給朱棣，朱棣聽說後讓人不要救火，結果大火把寺燒得一乾二淨。火滅後，朱棣命人把寺址上所有的灰燼雜物全部鏟淨，扔到長江裏，在原址重新建寺建塔——此即大報恩寺和大報恩寺塔。從朱棣親自擬就的《御製大報恩寺左碑》看，朱棣的想法裏還是考慮到這裏“佛緣”的。“輝煥一新，重造浮圖，高壯堅麗，度越前代，更名爲‘大報恩寺’，所以祇靈迎貺，上資福於皇考皇妣……”
此後，大報恩寺塔也是異象不斷。如明孝宗朱祐樘去世後，17歲的朱厚照當了皇帝。朱厚照當皇帝頭一年(公元1506年)，多年平安無事的大報恩寺塔出問題了，讓雷擊壞了。時朝臣建議立即予以大修，但此建議遭到反對，有人認爲這是不祥徵兆，有警告新皇帝的天意。《明史·曾鑑傳》(卷185)記載了此事：“正德元年，雷震南京報恩寺塔，守備中官傅容請修之。鑑言天心示儆，不宜重興土木以勞民力，乃止。”
