歷史上，大報恩寺曾經過多次重修復建。如康熙三年五月，即重建過寺的正殿，塔也多次修葺。近二十年來，南京一直計劃恢復這個標誌性建築，重建大報恩寺塔。據方案主持東南大學古建築專家潘谷西先生介紹，不是在原址，而是在原址的西側建塔。從朱棣決定興建塔，到現在重建，大報恩寺塔身上留下了太多的謎團。
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謎團之一：朱棣建塔到底是想報誰之恩？
史書上講得很清楚，朱棣爲報母親的養育之恩而建。但具體誰是他的母親，這裏就很有學問了。近來出版的學術着作似乎爲此事定了論，“明成祖朱棣爲紀念其生母碽妃而建”。如中國古建築權威潘谷西先生主編的《中國古代建築史·元明卷》(第四卷)就持有這種觀點，不久前筆者去拜訪潘先生時，他還是這樣說。但歷史就是這麼回事情，各種說法一多，特別是大家都說碽妃是朱棣生母，事情就複雜了，這個報恩寺塔爲誰而建，真相便難辨了。實際上，在朱元璋當皇帝時，工部侍郎黃立恭奏請修葺，但因爲國力問題，一直未能動工。這樣，一直拖到朱棣遷都北京時，方準。從這裏也可以看出，朱棣借建塔“揚先皇太后之德”是有道理的。
謎團之二：爲何選址於浪漫的長幹裏？
大報恩寺塔的具體地點在南京城南的東長幹裏，現今的雨花路東側，這個地方是中國的古典浪漫所在。唐代大詩人李白詩歌《長幹行》裏有名句：“郎騎竹馬來，繞牀弄青梅。同居長幹裏，兩小無嫌猜。”“青梅竹馬”、“兩小無猜”的故事就發生於此。民間有傳說，早年這裏有“異氣”。在朱棣建塔前，這裏曾有阿育王佛塔。崇佛的梁武帝蕭衍，於大同八年(公元543年)對塔作了改造，復建長幹寺，易名長幹塔。宋天禧年間，又改爲天禧寺，後建聖感塔。元至元年間，再改爲天禧慈恩旌忠寺，元末塔毀。
梁武帝爲什麼要復建長幹寺？其在《幸阿育王赦詔》中稱，時出現了異常天象，“月犯五車，老人星見”。在塔建好後，頓現祥光。有詩“長幹塔”稱：“十丈祥光起相輪，鐵浮屠鎮法王墳；只愁西域神僧至，夜捧長幹剎入雲。”阿育王即鐵輪王，傳說曾於一日一夜間，役鬼神造了八萬四千塔，此塔即是其中之一。此塔在梁武帝改造前，曾經多次重建。但自塔成後，這裏就出現異氣，成爲佛門寶地。順便交代一下，2008年8月，因南京重建大報恩寺塔，“長幹塔”的地宮被當作大報恩寺地宮而意外被發現，出土了一隻高達1.3米的大鐵函。
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鐵函內發現了一座金光閃閃的鎏金七寶阿育王塔的塔剎部分。朱棣把報恩寺塔選擇在此，是否是這種考慮呢？這裏也有一個傳說，朱棣“靖難起兵”前曾向馬皇后發誓，如果當上皇帝后，便建一寺塔報答。在兵渡長江時，江中忽然涌出一座寶塔，朱棣一驚，忽然想起了起事前的誓言。在當了皇帝后第二天，出現了一起怪事，天禧寺突然發生了一場大火災。有人報信給朱棣，朱棣聽說後讓人不要救火，結果大火把寺燒得一乾二淨。火滅後，朱棣命人把寺址上所有的灰燼雜物全部鏟淨，扔到長江裏，在原址重新建寺建塔——此即大報恩寺和大報恩寺塔。
從朱棣親自擬就的《御製大報恩寺左碑》看，朱棣的想法裏還是考慮到這裏“佛緣”的。“輝煥一新，重造浮圖，高壯堅麗，度越前代，更名爲‘大報恩寺’，所以只靈迎貺，上資福於皇考皇妣……”此後，大報恩寺塔也是異象不斷。如明孝宗朱佑樘去世後，17歲的朱厚照當了皇帝。朱厚照當皇帝頭一年(公元1506年)，多年平安無事的大報恩寺塔出問題了，讓雷擊壞了。時朝臣建議立即予以大修，但此建議遭到反對，有人認爲這是不祥徵兆，有警告新皇帝的天意。《明史·曾鑑傳》(卷185)記載了此事：“正德元年，雷震南京報恩寺塔，守備中官傅容請修之。鑑言天心示儆，不宜重興土木以勞民力，乃止。”
謎團之三：囚犯參加修建報恩寺了嗎？
報恩寺、塔的建設週期很長，工程量驚人，前後花了19年時間(一說16年)。朱棣在生前並沒有看到此塔的建成，未報成恩，至他北征途中意外病死時，仍沒有建好，一直到他孫子朱瞻基當皇帝的宣德六年(一說宣德三年)才完工。這麼大的工程，需要的人力非同一般，據說共有十萬人蔘與了建設。那麼人都是從哪來的？一般說法是“徵集軍匠伕役”，即主要是兩種人，一是士卒，二是民工。從《明史》所透露的情況看，在現場的士卒確實有不少，但不一定是勞力，而是維持勞動秩序和安全保衛事務的。這麼多士卒在施工現場就有疑問了，難道怕工人跑了？民間傳說，還真就是這麼一回事情——報恩寺、塔爲犯人所建。
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謎團之四：建塔匠人後來“絕種”了？
大報恩寺塔在中國古建築史上有自己獨特的地位，素有“中國之大古董，永樂之大窯器”的美譽。大報恩寺塔其美在塔形，平面八角，高九層；塔的覆瓦和拱門都用五色琉璃構件，塔共用2000兩黃金做成。飛馬、飛羊、獅子、白象等圖案，生動美觀。全塔共懸掛風鈴152個，塔內置油燈146盞，日夜通明，名爲“長明燈”，每晝夜耗油達64斤。大報恩寺塔貴在建築所用琉璃構件。琉璃，其實就是陶瓷技術中的一種。但建塔琉璃的燒造有獨特的方法。
琉璃在中國古代文獻上有多種名稱，如“璆琳”、“琉璃”、“陸離”、“青金石”、“青玉”、“頗黎”、“玻璃”等，早期的琉璃泛指自然寶石或人造寶石、玻璃、陶胎鉛釉製品等三種物質，元明以來，琉璃特指陶胎鉛釉製品。琉璃以陶土爲胎，經1200℃上下的高溫燒製後，表面塗刷鉛釉，再經800℃左右的低溫燒製方成，屬低溫色釉。其以氧化鉛或硝爲助熔劑，以鐵、銅、鈷、錳的氧化物爲着色劑，再配以石英制成。但具體怎麼做，都使用了什麼配方？據說失傳了。
報恩寺塔的琉璃匠人都來自外地，以山西爲多。燒造工藝失傳可能與中國傳統工藝的傳承方式有關。有關琉璃的燒製技術，尤其是釉色配方祕不外傳。過去琉璃製作都是匠人世代相傳或師徒相承，素有“父傳子、子傳孫，琉璃不傳外姓人”和“傳子不傳女”的習俗，年代久遠，技術難免失傳。還有一種往往被人忽視的原因，琉璃燒造工藝配方中含有可提高彩釉融流性和光亮度的元素鉛，有很強的毒性。那些世代從事琉璃燒造的家族成員中，多因鉛中毒而短壽，甚至不能生育子女，直接“絕種”，這在客觀上導致了琉璃工藝的失傳。
