衛所制是明代基本的軍事制度，由明太祖朱元璋創立。那麼，衛所制是如何運行的?
明代的衛所制，與前朝元有着密切的關係。元代軍隊的編制，就是以十戶、百戶、千戶和萬戶爲單位組成金字塔形狀的結構，侍衛親兵稱之爲“衛”。朱元璋在起義的過程中，爲有效地組織和管理軍隊，設立衛所制。在朱元璋登基後，又對衛所制進行了進一步的完善和補充。
衛所是一種軍事制度，有着嚴密和準確的運行規範。處於衛所制金字塔底部的是小旗，由10人組成，總旗由50人組成。112人構成了百戶所，長官是百戶。10個百戶所組成千戶所，即1120名軍人，上司則是千戶。5個千戶所組成了一衛，即5600名士兵，長官是衛指揮使。衛上面是省級軍事機構都指揮使司，長官爲都指揮使。全國最高的軍事機構則是大都督府，分爲左、右、前、後、中5軍都督府，分管全國所有的衛所。全國軍人的總數，在明朝則是祕密，就連兵部的最高長官兵部尚書也不知道。據史書記載，明太祖朱元璋時期大概有180萬，明成祖朱棣時期則有280多萬。現代中國海陸空三軍人數約有200萬，對比之下，明朝軍隊數量還是比較龐大的。
衛所制也借鑑了唐朝府兵制，唐朝的府兵制有獨立的軍籍和寓兵於農的特點，同樣，衛所也採用了這兩點。一是衛所的軍戶世襲。在明初，軍戶由參加農民起義的士兵、投降的元軍和被判充軍的犯人等組成。軍隊有自己的單獨軍籍系統，與普通民衆嚴格區分開來。且軍戶世襲，即成爲軍戶之後，那麼後代也將繼承這一身份。二是衛所的經濟來源主要是軍屯，寓兵於農。朱元璋供養軍隊的思路是不費百姓的錢，而是由軍隊自給自足。因此他下令，衛所的軍隊中的70%用於屯田，而30%用來守城。當然，這只是原則，分配爲屯田和守城的士兵比例在不同的地區有不同的表現。軍屯，有利於荒地的開墾，使得明初經濟自戰亂中復甦;在邊疆的屯田，還兼有行政管理的功能，因爲邊疆通常不設置州縣，直接由衛所行使行政管理的職能，因此有助於加強對邊疆的統治和管理。
衛所制也有缺點，軍戶世襲使得衛所制比較封閉，特別是被判充軍的人，後代也要戍邊，於是就出現了大量的軍士逃亡;又由於軍中腐敗嚴重，士兵苦於官吏的壓榨和勒索，逃亡現象也頗爲嚴重。到了明中期，就需要募兵制作爲補充。
