衛所製爲在全國各地軍事要地設立衛所駐軍，衛有軍隊五千六百人，其下依序有千戶所、百戶所、總旗及小旗等單位，各衛所都隸屬於五軍都督府，亦隸屬於兵部，有事從徵調發，無事則還歸衛所。軍隊來源爲世襲的軍戶，由每戶派一人爲正丁至衛所當兵，軍人在衛所中輪流戊守以及屯田，屯田所得以供給軍隊及將官等所需。
其目標在養兵而不耗國家財力，但宣宗以後漸無法維持，軍人生活水平及社會地位日漸低下，逃兵也逐漸增加，軍備因此逐漸廢馳。在嘉靖年間，應付倭寇之亂時，將領戚繼光在浙江地區採用招募民兵加以訓練的方式，來取代不堪的衛所兵。
正因爲明朝正規軍衛所軍的不堪用，故這些民兵，成爲在明朝後期逐漸擔負起維持明朝有效統治的作戰部隊，而其中最爲有名的就是戚繼光的召募以浙江人爲主的戚家軍、李成樑李如鬆父子麾下的遼東鐵騎及袁崇煥所召募以遼東人爲主的關寧鐵騎。
