清朝歷史上，劃分地方官軍權，一直是個要緊的問題。軍權不僅關係到軍隊調動、武將任命，更影響軍餉財政等一系列問題。站在清朝的立場而言，他們需要賦予地方一定的軍權，方便地方完成公務。同時防止地方軍權過大，對朝廷產生反噬。清朝在授予地方軍權時，表現得極爲剋制，儘量讓兩個訴求可以達到平衡。
清朝有八旗、綠營兩支國家常備軍。開國初期，由於以武力建國的原因，地方軍權主要掌握在提督、都統、駐防將軍等武將手中。隨着天下平定，文官取代武將成爲新趨勢。
地方上，總督、巡撫取代提督，掌握綠營軍權。雍正年間，總督加兵部尚書銜，掛從一品官階，可節制提督及綠營軍官。如遇戰事突發，總督還可直接調動由巡撫、提督直接管轄的部分綠營軍。
總督麾下也有一支歸它管轄的綠營，人數在數百人到上千人不等。但總督如果要大規模調動軍隊，還是要朝廷認可。而且，八旗軍調動，不歸總督管轄。八旗軍由地方駐防將軍和都統管轄。換句話說，清朝把軍權分爲八旗、綠營兩部分。八旗掌握在都統、駐防將軍手中。綠營掌握在總督手中。它們都無法隨意調動軍隊，需要朝廷旨意認可。
這種地方軍權劃分主要集中在內地，邊疆地區的軍權劃分有所不同。清朝前期，邊境不設督撫，而以駐防將軍、都統負責，掌管軍政大權。
邊境地區，戰事較多，爲保證公務正常推行，清朝允許駐防將軍或都統，可調動轄區內所有駐軍。從規制而言，邊境駐防將軍與都統的軍權無疑是最大的。但是，實際情況中，清朝不會允許它們的權利過大，常會以同僚牽制、壓縮任期的辦法，削弱邊疆駐防將軍、都統的權力。防止他們形成私人勢力。所以，在實際情況中，邊境駐防將軍、都統的軍權，並未超過內地總督。
咸豐年間以後，形勢出現變化。首先是國家原有常備軍出現衰敗，戰鬥力削減。八旗衰落於康熙年間，綠營衰敗於乾隆年間。歷代皇帝多有訓斥勸告，只是效果不佳。平日裏還可處理一般任務。如果戰事突發，就是個麻煩事。
咸豐年間，東南半壁江山拱手讓人，軍隊久戰不力。咸豐無奈，只好下旨，准許地方各自編練軍隊。東南本是朝廷賦稅重地，現在不在自己掌控中，國庫收入自然大減。朝廷拿不出那麼多錢補充軍餉，只好把跟軍餉有關的財政權，交給地方負責。而在這段時期挑起大梁，肩負重任的則是地方督撫，且以漢人督撫爲主。地方督撫雖然要面臨募兵與籌集軍餉兩大難處，可是能夠獲得的軍權也迅速提高。而且，這種增長不會輕易回落。因爲地方督撫訓練軍隊時，常常有意無意把軍隊訓練成私家軍，軍隊骨幹由親信擔任，士兵更認同統帥，而非朝廷。
再加上這些軍隊無論在訓練、武器上，都遠遠超過朝廷常備軍。也就是說，到咸豐以後，地方總督中已經有部分人基本獨立掌握一支訓練有素，且戰鬥力較強的軍隊。
面對這種地方軍權的變化，清朝其實是經歷由被動接受到主動默認的情況。清朝後期，大部分地方總督都可編練軍隊，並由朝廷規制作爲保障。最典型的例子就是直隸總督兼任北洋大臣，掌管北洋軍。
相比之下，八旗都統與駐防將軍的軍權卻處在衰落的趨勢中。晚清時，朝廷爲八旗軍優先配備了大量新武器，可依然無法挽回八旗軍的衰敗。而八旗軍衰落，在戰場上自然難以發揮更大作用，作爲八旗軍的指揮官，都統與駐防將軍更多隻保持名義上的軍權，而非實際。至於邊地都統與駐防將軍，也同樣如此。
清朝後期，陸續在邊地改設行省，以總督、巡撫代替過去的將軍、都統後，形勢開始出現變化。當然，這個過程並非一蹴而就，同樣經過波折。光緒年間，清朝仍讓伊犁將軍掌管新疆一切軍政事務。但到宣統年間，伊犁將軍只可管轄伊犁地區的事務。
總結而言，清朝前期，地方官軍權在朝廷刻意壓制下，基本相差不大。清朝後期，中樞衰落，總督冒頭，逐漸壓過其他官職，成爲地方最有軍權的官職。
