先說結論，雖然從官員的品級上來看，尚書銜爲從一品，總督銜爲正二品，但是從清廷的實際操作來看，總督無疑有更大的權利。所以我選擇做總督，下面來說一下我的理由。清代的官員等級爲“九品十八級”的基本制度，一品之上的宗室王公視爲超品，而九品以下則喚作未入流(同孫悟空的弼馬溫一個道理)。
清代的官吏體系又分爲兩大類，一是京官與地方官，二是文官與武官。從屬正一品的有一些屬於榮譽頭銜，如太師、太傅、太保和殿閣大學士，而較有實權的正一品則是領侍衛內大臣、綏遠將軍和伊犁將軍。
而屬於從一品榮譽頭銜的有少師、少傅，少保，太子太師，太子太傅，太子太保以及協辦大學士。較有實權的從一品官員包括各部院的尚書，都察院御史，九門提督，內大臣，提督，都統，駐防將軍。
從屬於正二品的官員中也有一些榮譽頭銜，如太子少師、太子少傅、太子少保和內務府總管。較有實權的則是各大地方實力派，如各省的總督，河道總督，漕運總督，以及山東巡撫(只有山東巡撫爲正二品，其餘省爲從二品)。
所以從上面可以看出來，各部院的尚書是從一品銜，而各大總督則是正二品銜，所以從官員品級上來看，是尚書稍高於總督。
但是從實際上來看，尚書雖有較高的品級，卻沒有相對應的權利。以六部之首兵部來說，兵部尚書號稱大司馬，相當於現在的軍委副主席兼任國防部副部長。可是在兵部尚書以上有軍機處，還有皇帝的阿哥分管。所以兵部尚書大司馬就只能相當於軍委委員級別。
而總督大人雖然是正二品銜，但是總督擁有節制數省的軍事和行政大權，是真正的封疆大吏，地方諸侯。爲了加強對地方的統治，清代的總督一般會加兵部尚書銜或者東宮三師銜，成爲從一品。
而像直隸總督和兩江總督在清末期地位逐漸加強，他們也多被加大學士銜，成爲正一品，更非尚書可比。
就像李鴻章的官銜包括文華殿大學士，東宮三師和直隸總督。雖然李鴻章的官銜是由大學士賦予的，但我們都知道，真正賦予他權力的是總督銜，地方實力派，而不是皇帝身邊的一個虛銜。
