李時珍生於明朝正德十三年(1518年)，他的父親李言聞是一位醫生，其醫術在湖北蘄州以及附近州縣，頗有名氣，而且還曾經當過“太醫吏目”的醫官職務。但是，在舊時的社會裏，一個醫生不管醫術多高明，社會地位總是不高，所以，李言聞一直希望自己的兒子能通過當時正規的科舉考試，獲得功名，光宗耀祖。在他的計劃裏，大兒子李思珍，繼承自己的醫業;而讓較聰明的李時珍參加科舉考試，完成自己一直沒有完成的目標。
《本草綱目》內文李時珍小時候常生病，但又天生好動、好讀書，尤其對於大人們講的各種傳奇故事、珍奇事物，以及父親收藏的那些有圖畫的醫書、藥書更是有興趣。他也喜歡到田野間採花捕蝶、欣賞大自然的神奇造化。在他的心目中，做一個像父親那樣醫術高明的大夫，遠比考試做官來的有趣多了。不過在父命難違的情形下，李時珍開始一次又一次參加科舉考試，十四歲那年考取了秀才，但是之後的鄉試一直不如意。
明朝嘉靖十九年，公元1540年，李時珍22歲時，他第三次來到武昌參加鄉試，這次比前兩次更糟，不久前他纔剛得過“骨蒸”病，這種病是因爲受了風寒，長期咳嗽造成，皮膚會發熱、而且多痰、全身無力，類似肺炎的病症。
大病初癒的李時珍不僅難以通過鄉試，甚至幾乎再度病倒。這樣的經驗，對李時珍而言是痛苦的。回鄉後，他作了人生第一個重大的決定，放棄科舉考試求取功名的途徑，走自己的道路。這個轉變，使得《本草綱目》這本巨着得以誕生，進而改變了整個醫藥學的發展，影響直到今日。
1551年，李時珍因治好了富順王朱厚焜兒子的病而醫名大顯，被武昌的楚王聘爲王府的“奉祠正”，兼管良醫所事務。
1556年，李時珍又被推薦到太醫院工作，授“太醫院判”職務。在此期間，他有機會飽覽了王府和皇家珍藏的豐富典籍，摘錄了不少醫學資料。並看到了許多平時難以見到的藥物標本，大大開闊了眼界，豐富了知識。但由於他淡於功名利祿，在太醫院任職未及一年，就辭職歸家，專心着述。
在李時珍任職太醫院前後的一段時期，經長時間準備之後，李時珍開始了《本草綱目》的寫作。在編寫過程中，他腳穿草鞋，身背藥簍，帶着學生和兒子建元，翻山越嶺，訪醫採藥，足跡遍及河南、河北、江蘇、安徽、江西、湖北等廣大地區，以及牛首山、攝山、茅山、太和山等大山名川，走了上萬里路，傾聽了千萬人的意見，參閱各種書籍800多種，歷時27年，終於在他61歲那年(1578年)寫成。
《本草綱目》全書約有200多萬字，52卷，載藥1892種，新增藥物374種，載方10000多個，附圖1000多幅，成了我國藥物學的空前巨着。其中糾正前人錯誤甚多，在動植物分類學等許多方面有突出成就，並對其他有關的學科(生物學、化學、礦物學、地質學、天文學等等)也做出貢獻。達爾文稱讚它是“中國古代的百科全書”。
一五九六年，也就是李時珍逝世後的第三年，《本草綱目》在金陵(今南京)正式刊行，立即風靡全國，醫家視爲珍品，爭相搶購。不久即流傳於全世界。
