民國以來，新疆長期處於中央政府實際控制之外，軍閥割據，內亂頻仍。30年代中期，蘇聯正是在這種背景下，通過全面援助和支持盛世才政權，排除以往英、日在新疆的影響，而把新疆納入自已勢力範圍的。
不過，當時國際形勢風緊雲急，世界大戰一觸即發，蘇聯處於日、德反共同盟勢力的東西夾擊之中，迫切需要中國拖住日本，穩定東方戰線。所以，儘管盛世纔有心使新疆脫離中央政府，投靠蘇聯，斯大林卻還無意承認一個獨立的新疆政權，以免由此刺激中國。
而中國面對日本咄咄逼人的進攻態勢，也十分需要得到蘇聯的援助和支持，不願爲一個鞭長莫及的地方與蘇聯形成對抗。於是，保持新疆的相對獨立，即成爲斯大林和蔣介石都可以接受的現狀。
不久以後，國際局勢驟變，蘇德戰爭爆發。在蘇聯初戰失利的情況下，盛世才見風使舵，轉而投靠蔣介石，並採取種種措施迫使蘇聯的軍事和經濟勢力全部撤出了新疆。當1942年底蔣介石頗爲自豪地宣稱：新疆歸順中央，是“國民政府自成立以來最大之成功”的時候，中蘇兩國關係降到了自日本發動九?一八事變以來的最低點。
然而，就在蘇聯勢力被迫撤出新疆之際，歐洲戰場的局勢已經發生了根本性轉變。到1944年夏季，蘇聯不僅能夠正式提出在遠東參加對日作戰的政治條件，而且還完全有時間和精力策劃如何對新疆捲土重來了。
三區革命叛亂者所控制區域
1944年初春，中蒙在新疆與外蒙交界的阿爾泰地區發生衝突。對於蘇聯重新染指新疆的企圖，蔣介石的態度十分強硬。他一方面調兵遣將，擺開了不惜一戰的架勢，一方面不斷向羅斯福告斯大林的狀，試圖對蘇施加外交壓力。
但是，美國對阿爾泰衝突和蔣介石的申訴反應極爲冷漠。羅斯福先是在4月8日建議中國政府“凍結”新疆事件，到戰後再解決，繼而在4月10日勸告蔣介石對蘇聯要忍耐，要顧全大局，後來甚至禁止中國再擴大反蘇宣傳。
羅斯福所說的大局非常清楚，即爲了最後在亞洲戰勝日本，中蘇必須聯合，共同對敵;爲了戰後遠東秩序的穩定，必須提高中國的國際地位，而這是需要莫斯科認可的。
中國不得不考慮美國的意見。4月19日，蔣介石批准了一項緩解中蘇在新疆的緊張關係的計劃，決定先嚴令新疆當局力避任何邊界衝突，再尋機將盛世才調離新疆，以取得蘇聯的好感。
不久，美國副總統華萊士訪問蘇聯和中國，以推動中蘇接觸。王世傑受蔣介石委託於6月16日專程到迪化迎接華萊士，並叮囑盛世纔不得在華萊士面前公開攻擊蘇聯。6月24日華萊士離開重慶時，蔣介石託宋美齡致函羅斯福，答應美國倘有任何改進中蘇關係的辦法，中國必全力以赴。
然而，此時解決中蘇雙邊關係的主動權掌握在蘇聯手中。在這場未來的外交較量中，無論是實力地位還是國際影響，蘇聯都具有明顯的優勢。雖然從國際環境考慮，蘇聯也感到有必要改善蘇中雙邊關係，但兩國之間在處理戰後關係方面，畢竟存在着需要通過外交途徑加以解決的重大利害衝突。
因此，在盟國之間醞釀中蘇雙方應該進行建立友好同盟關係的直接談判時，蘇聯的策略是，一方面向蔣介石做出某種友好的表示，特別是表明蘇聯對中共的不支持立場，一方面則不斷加緊向中國政府施加壓力，以便在談判桌上能夠取得預想的收穫。
5月中旬蘇聯大使潘友新向蔣介石做出明確保證：共產國際解散後，蘇聯不再援助外國共產黨。蘇聯政府現在不給，將來也不會給中國共產黨任何援助。9月8日，羅斯福的私人代表納爾遜和赫爾利大使告訴蔣介石，莫斯科對華空氣現已好轉。莫洛托夫對美國人說：蘇聯願意見到中國強盛和統一，中共並非共產黨，蘇聯也無意支持中共。
與此同時，斯大林顯然認爲需要讓蔣介石切實體會一下蘇聯的力量和決心。1944年6-7月，蘇聯從成都、西安和蘭州撤走了最後一批大約60名蘇聯軍事顧問。
同時，蘇聯的報刊也增加了批評中國民族主義傾向的評論和報道。7月間，蘇聯還向美國表示，蘇聯政府不願在敦巴頓橡樹園會議上與中國一起討論未來的聯合國組織問題，而建議單獨舉行兩個三國會議。
更爲嚴重的是，10月11日蘇聯接受位於外蒙古西北邊界的圖瓦人民共和國加入蘇聯，成爲俄羅斯聯邦的圖瓦自治州。關於唐努圖瓦地區的問題，蔣介石在開羅會議期間曾特意向羅斯福提起，認爲應在戰後同蒙古問題一道與蘇聯談判解決。現在，蘇聯竟如此輕而易舉地吞併了這片17萬平方公里曾屬於中國的土地，這無疑是斯大林向蔣介石發出的一個警告信號。
然而，與上述一切相比，真正使中國的領土和主權受到威脅，並使蔣介石政府感到震驚的，是蘇聯在新疆採取的策動和支持少數民族武裝暴動的行動。這就是新疆歷史上著名的伊寧事變，或稱三區革命。
早在蘇聯勢力退出新疆的時候，莫斯科就開始策劃一次以少數民族反抗漢族統治爲特徵的武裝行動了，併爲此進行了充分的思想準備、組織準備和軍事準備。
在思想方面，蘇聯的方針有一個轉變的過程。據當時在塔城地區任副專員和政府祕書長的哈吉耶夫說，蘇新關係破裂以後，蘇聯曾一度試圖在新疆少數民族地區推行共產主義措施，指望通過宣傳共產主義鼓動人們反對盛世才和國民黨統治，但是由於少數民族都不接受這些宣傳而沒有成功。以後，蘇聯才改爲利用當地民族的反漢情緒和宗教信仰，特別是泛突厥主義，來達到控制新疆的目的。
蘇聯在北疆大規模號召少數民族起來反對漢族政府的壓迫是從1943年開始的，那時，塔什干出版的《東方真理》和阿拉木圖出版的《哈薩克國土》等維文、哈文報刊，已經大量運進新疆，這些報刊不斷髮表聲援和支持新疆少數民族鬥爭的文章。
1944年夏季，在迪化、塔城和伊犁經常發現有“新疆解放”等地下組織散發的傳單，而這些印刷精美的傳單顯然不可能是在新疆印製的。在這些傳單中，傳播最廣、效果頗大的是一種專門對伊斯蘭教民的傳單，該傳單介紹了在莫斯科召開的伊斯蘭教人民大會，並直接號召伊斯蘭教徒團結在蘇聯周圍以爭取民族的幸福和解放。
在組織方面，蘇聯積極幫助新疆少數民族建立各種祕密團體。蘇新關係破裂初期，後來成爲三區革命主要領導人的阿巴索夫等人在伊寧成立了“馬列主義學習小組”，其中就有蘇聯駐伊寧領事館的共產國際情報員瓦西里?瓦西里諾維奇參加。
蘇聯軍官還直接出面領導反抗組織，如1943年在阿拉木圖成立的“新疆突厥民族解放委員會”，就是曾經幫助盛世才剿滅馬仲英和張培元的紅軍將領葉夫西愛夫組織的，該委員會的任務主要是聯絡伊犁民族上層，組織武裝暴動。
當時在新疆最大、最有影響的地下組織“伊寧解放組織”，也是在蘇聯駐伊寧領事館的支持和幫助下，於1944年4月9日成立的。與蘇聯在新疆的政治鼓動和思想宣傳相一致，該組織的主要領導力量是以艾力汗?吐烈爲首的宗教、大牧主等民族上層人士。這種組織結構，決定了三區革命初期的政治走向。
在軍事方面，蘇聯的主要作用是大量向新疆少數民族反抗組織提供武器，在蘇聯境內爲武裝暴動培訓軍事幹部，並派軍事顧問參與對新疆遊擊活動的領導和組織。早在1943年駐守哈密的紅八團撤退回國，經過伊犁邊卡時，便將該部隊的武器悉數藏匿於民間，以爲日後採取武裝行動所用。
1943年10月，在蘇聯接受軍事訓練達兩年之久的達列力汗回到阿山地區進行遊擊活動時，蘇聯應其要求，派出了12人顧問團，隨同他經外蒙古到達青河。1944年4月上旬，蒙古人民共和國領導人喬巴山以視察邊境爲名來到新疆青河縣，會見了反抗組織首領烏斯滿，並給他派來了一批軍事顧問，運來了武器彈藥。
在烏斯滿和達列力汗發動阿山暴動過程中，他們不斷從外蒙古方面得到大批武器。蘇聯還爲新疆少數民族培養了大批軍事幹部和指揮人員。當時，蘇聯在阿拉木圖和安集延建立了兩個軍事訓練基地，專門訓練逃亡到蘇聯的新疆少數民族反抗人士。阿拉木圖基地負責正規戰訓練，而安集延基地負責游擊戰訓練。
三區革命的主要軍事領導人伊斯哈克伯克在1942年初逃往蘇聯後，就在蘇聯的支持下，將聚集在那裏的200餘名逃亡者組織起來，編爲兩個大隊，進行政治和軍事訓練，並在蘇聯籌建了蒲犁解放組織和蒲犁游擊隊。
1944年10月30日，鑑於在伊寧發動武裝暴動的條件已經成熟，“伊寧解放組織”便派遣阿巴索夫去蘇聯，洽談購買軍火事宜，並很快組建了一支近百人的游擊隊。
11月4日，“伊寧解放組織”根據蘇聯駐伊寧領事館的建議，趁伊寧駐軍的主力部隊已調往鞏哈縣的機會，祕密發動和武裝羣衆，同時派人與鞏哈游擊隊取得聯繫。
11月6日，阿巴索夫偕同蘇聯軍官亞歷山得洛夫率領一支全副武裝的隊伍從蘇聯經霍爾果斯口岸潛入伊寧，會同“伊寧解放組織”組成了以亞歷山得洛夫爲首的軍事指揮部，並決定在11月7日舉行全城暴動。
暴動開始以後，蘇聯軍人立即投入了戰鬥。隨着戰事的展開，又不斷有增援部隊自蘇聯入境。
11月12日，由蘇聯軍官波里諾夫率領一支現代化裝備的俄羅斯族部隊入境參加作戰。11月16日，伊斯哈克伯克和蘇聯軍官斯坎德爾率一營騎兵，越過國境攻打艾林巴克。到1945年1月初，蘇聯又在其境內中亞地區各穆斯林民族中組織了一支部隊。
這支部隊進入新疆後，一部分去果子溝阻擊迪化政府的增援軍隊，一部分參加了攻打艾林巴克的戰鬥。鑑於大量蘇聯軍官和軍事人員進入新疆，爲了協調關係，協助指揮，1944年11月下旬，蘇聯派出了以柯茲洛夫爲團長的軍事顧問團和以斯特潘諾維奇爲團長的內務部顧問團(代號分別爲“一號房子”和“二號房子”)來到伊寧。
不久，蘇聯又派出一批蘇聯軍事教官，在霍爾果斯口岸舉辦軍官培訓班。每期3個月，先後舉行了3期。畢業的學員分配到各游擊隊擔任軍事指揮員。
此外，在新疆的蘇聯僑民也紛紛參與了三區革命。作爲伊寧事變先聲的1944年8月“鞏哈暴動”，就是蘇聯僑民帕提斯?莫斯里莫夫等人利用在蘇聯境內換取的武器，組織游擊隊發動的。
另據1945年11月蘇聯國家安全人民委員部管理總局的調查報告說，絕大多數旅居新疆的俄羅斯僑民“懷有對自已祖國的愛國主義感情”，正在積極投入武裝起義。顯然，曾在伊寧工作的中共代表彭國安的結論是可信的：“伊犁的局面確實是靠蘇聯軍隊打出來的”。
伊寧暴動發生後，新疆當局馬上意識到問題的關鍵在蘇聯。1944年11月11日，新疆軍政首腦朱紹良和吳忠信聯名致電蔣介石：以目前情勢而言，對蘇外交如無徹底調整辦法，則如伊犁事件，自必層出不窮，新疆前途亦將日趨惡化。
蔣介石在11月25日的回電中也感到問題嚴重，他一方面進行軍事部署，一方面指示新疆當局立即就地與蘇方進行交涉，只要能夠保全領土和主權，可以在經濟合作方面儘量遷就。
伊寧失守以後，1945年2月19日吳忠信致電蔣介石稱，如此下去，新疆恐怕將成爲第二個東北，只有通過外交渠道的有效疏解，才能收拾目前局面。
事態的發展表明，吳忠信對新疆勢必大亂的形勢估計是準確的，蔣介石對領土和主權的擔心也不是無的放矢。因爲，伊寧事變的最初目標就是要把新疆從中國的版圖中分離出去。
蘇聯駐伊寧領事在暴動的第二天就派人與“伊寧解放組織”領導人熱合木江聯繫，商議成立“東土耳其斯坦共和國”，並就政府成員名單進行了討論。11月12日，“伊寧解放組織”即宣佈成立“東土耳其斯坦共和國”，由艾力汗?吐烈擔任臨時政府主席，定國旗爲綠底中鑲黃色星月旗。1945年1月5日，臨時政府委員會第4次會議通過的政府宣言明確宣佈“東土耳其斯坦共和國”脫離中國而獨立。
然而，在新疆建立一個獨立的國家，並不是蘇聯對華政策的真實目標，也不是蘇聯策動和支持三區革命的根本目的。
在伊寧事變中，如果說三區的少數民族上層人物真正把新疆的獨立作爲了這次革命的最終目的，那麼莫斯科不過是利用新疆地區的民族矛盾作爲實現蘇聯在華利益的一個手段。無論從內部還是外部環境來看，蘇聯都不可能要求和實現把新疆從中國分離出去的目標。
