乾隆二十年(1755年)四月，清軍奔襲伊犁，粉碎了準噶爾汗達瓦齊的叛亂，被準噶爾汗羈縻於伊犁的回部大和卓布拉尼敦、小和卓霍集佔獲得解救，歸附清廷。爾後，清廷派兵護送布拉尼敦回到舊都葉爾羌，統領舊部;將霍集佔留於伊犁，掌管回部事務。當年秋，輝特汗阿睦爾撒納起兵叛清，霍集佔率衆助逆，以圖獨主回疆。二十一年(1756年)，清軍收復伊犁，霍集佔返回葉爾羌，徘徊觀望。
二十二年(1757年)四月，霍集佔自立爲巴圖爾汗，傳檄各城首領，召集兵馬，準備與清軍作戰。庫車、拜城、阿克蘇3城之阿奇伯木克、如鄂對等人，不肯從叛，奔伊犁報告並請求支援。時駐伊犁定邊右副將軍兆惠正與阿睦爾撒納作戰，派副都統阿敏道率兵前去彈壓。五月，霍集佔擊敗清軍，殺阿敏道。
清朝兩徵準噶爾、一定回部，統一天山南北的戰爭歷時五年，至此大功告成。其中有乾隆帝的運籌帷幄，數萬將士的浴血奮戰，還得到維吾爾族地方首領和各地民衆的支持。戰後被列入平定西域紫光閣前後五十功臣的維吾爾族地方首領依次有吐魯番的額敏和卓、烏什的霍集斯、庫車的鄂對、哈密的玉素富、和闐的阿什默特、喀什噶爾的噶爾默特。
