當年“辛丑條約”籤成，兩宮移駕回京，段祺瑞奉袁世凱之命，率部在道路兩旁立正行禮。醇親王載灃見了，當場就責問他：“這是你的部隊嗎?……見了兩宮聖駕緣何不下跪?”
段祺瑞認爲，不下跪很正常，因爲北洋新軍是按照德式操典訓練的，根據操典規定，軍儀就是最高禮節。
載灃聞言很是不悅：“難道大清的新軍僅有你一家?”
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載灃不但是親王，還是當朝皇帝光緒的親弟弟。可是段祺瑞仍然毫不客氣地給頂了回去：“別的新軍如何，屬下不清楚，但我這是按操典規則行事。”
“大膽!”載灃頓時被對方的倔犟態度給激怒了。
就在衆人都在替段祺瑞擔心的時候，有人出來給他解了圍——坐在轎子裏的慈禧太后傳下話來：“新練之洋隊參用西法，訓練有素，堪爲棟樑。”
有了這道旨意，載灃纔不好再說什麼了。
說起來，彼時的北洋系確實是過於惹眼，他們所掌握的北洋新軍已漸漸超越舊軍，成爲全國首屈一指的軍事力量。特別是在1905到1906年之間，國內兩次組織秋操(指秋季的軍事演習)，在這兩次規模宏闊的秋操中，新軍都引起了國內外輿論的密切注意。
英國駐華公使朱爾典看完秋操後，在會見清廷大臣時直言不諱：“我看中國之軍事，唯有新建陸軍，而中國之軍事統帥，也唯有袁總督大人(袁世凱)了。”
因秋操而聲譽鵲起的不僅有袁世凱，還包括段祺瑞。段祺瑞擔任秋操中的北軍總統官，他所指揮的北軍在與南軍的對抗中略佔優勢，之後其知名度和權力便猶如長了翅膀一樣的扶搖直升。
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面對北洋系勢力的急速膨脹，以鐵良、載灃、良弼爲代表的一批滿清貴胄，即所謂“中興派”，均深感威脅。其實掌控中樞的慈禧又何嘗不是如此呢，但是覺得不安是一回事，怎麼做又是另外一回事。
爲什麼要編練新軍?當然是因爲舊軍太不足恃，而指揮訓練新軍又得依靠袁世凱、段祺瑞這些人。如果像“中興派”所設想的那樣，將北洋系掃地以盡，效果可能適得其反。
慈禧不會幹這種傻事。作爲一個宮廷權力鬥爭的高手，這個老太婆向以狠鷙多智著稱，其心機和魄力決非一般婦女所能及——只要試想一下，連曾國藩、李鴻章等中興名臣，都曾被她放在手掌中撥拉來撥拉去，又何況袁世凱這些後起之輩。
“下跪事件”發生兩年後，身爲北洋魁首的袁世凱突然調任軍機大臣兼外務部尚書，看上去官職是升了，實際卻是拿走了他手中最重要的兵權，隨之而來，段祺瑞等北洋系將領也都不同程度地坐了冷板凳。
在袁世凱調任軍機處之前，陸軍部已經收回了北洋六鎮中的四鎮，但是四鎮軍官仍出自於北洋系，於是鐵良和良弼便醞釀對這四鎮中的各級軍官進行改組。由於觸及自己的底線，招致了袁世凱及其北洋將領的劇烈反彈，雙方鬧得不亦樂乎。
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慈禧看到後，立即出面調節，讓與袁世凱私下關係不錯的慶親王奕劻掌管陸軍部，“中興派”的改組計劃由此擱淺。
駕馭滿漢大臣，慈禧的一貫策略就是這樣，即恩威並用，權不旁落。她一方面利用“中興派”乃至一些反袁漢臣的意見，用明升暗降的辦法，對袁世凱及其部屬進行壓制和防範，另一方面也對“中興派”的過激舉措進行適當限制，以免把袁世凱逼得太緊太急。
