清康熙十六年(1677年)，河道總督衙門從山東濟寧遷至江蘇淮陰的清江。
你會問：黃河並不走江蘇啊。
金章宗明昌六年(1195)，黃河奪淮入海。清咸豐五年(1855年)，黃河又回到山東入渤海。在咸豐以前，黃河是經兩江總督轄區入海的。
這就產生一個問題：在兩江轄區的黃河治理上，兩江總督和衙門駐在兩江轄區內的河道總督，誰的話語權更大?
如果按乾隆十八年(1753年)的定級，兩江總督不加兵部尚書兼都察院右都御史銜，是正二品，加銜爲從一品。而河道總督的加銜，只是兵部侍郎兼都察院右副都御史，加了銜也只是正二品。在此年之前，二者是平級的，河道總督也是兼兵部尚書兼都察院右都御史。
值得注意的是，雍正七年(1729年)，河道總督轄區一分爲三，分別設置北河總督、東河總督、南河總督(江南河道總督)。與兩江總督在職責權限上有交集的，是南河總督。
(以乾隆十八年以後爲例)按理說，兩江總督是可以管着南河總督的。事實上，此年之前，兩江總督的職責中，就包括對黃河的管理。可是兩江總督實在太忙了，蘇、皖、贛三省的事務就多如牛毛，他無法分心再管河工上的事情。更重要的是，兩江總督對黃河事務很多都是外行，而能出任南河總督(河道總督)的，都算是專業人士，比如康熙年間的河道總督靳輔，就是有名的治水專家。讓兩江總督寫一本類似靳輔著的《治河方略》?還不如罷了他的官。
所以，江蘇碭山(今屬安徽)以下的黃河治理，直隸總督掛着兼轄河工的空銜，實際上並不怎麼管理。何況，河工是苦差事，成天風吹日曬，萬一黃河決了口子，還連累自己的仕途。
出於這種考慮，兩江總督巴不得不管黃河事務，出了事，讓南河總督頂雷扛包。乾隆朝時，黃河治理屢屢出現問題，南河總督沒少挨批，這也嚇到了兩江總督。對於境內黃河的事務，兩江總督能躲多遠就躲多遠，堪稱萬花叢中過，片葉不沾身。
兩江總督不插手河工，這對南河總督來說當然是好事，少了外行插手。但也帶着一個問題，南河總督的轄區在兩江總督轄區內，如果沒有兩江總督的積極配合，很多工作無法開展。
嘉慶帝就注意到了這個問題。除掉和珅後的嘉慶五年(1800年)，嘉慶帝就駁斥了兩江總督費淳的請求。
費淳說了什麼?他說不想再管河工了。嘉慶帝很生氣，說當官的都像你這樣偷懶耍滑，南河總督什麼事都幹不了。不行!接着幹，必須配合好南河總督。
其實倒不是費淳耍滑頭撂挑子，實在是兩江總督和南河總督在兩江轄區內的職權劃分不清楚。有時面對一個問題，兩江總督和南河總督面對面，大眼瞪小眼，不知道這事該歸誰管，很尷尬。
嘉慶帝擴大了河道總督(不是南河總督)的職權範圍，兩江總督既然不想管，那就一邊呆着去。比如朝廷下撥的治河專款，應該以河道總督爲主，兩江總督給予配合。兩江總督同時也要配合河道總督，給治河人員(包括專業官兵)發放工資。
嘉慶帝，以及之後的道光帝，都明確了南河總督和兩江總督的職權邊界。即河務上的事情，首先要聽河道總督(南河總督)的，兩江總督只是“兼管”，是個配角。
兩江總督本來就不想管吃苦還撈不到好處的河工，他們想管的是鹽政和漕務。但油水甚大的鹽政和漕務都有專業官員管理，兩江總督無法插手。
自此，河道總督(南河總督)才真正可以算得上把河工事務攬在手裏。不像之前，南河總督簡直就像是兩江總督的跟班，大事都由兩江總督定。甚至於兩江總督可以“隨意”彈劾南河總督。乾隆七年(1742年)，時任兩江總督的德沛就向乾隆帝密告南河總督完顏偉私開邵關壩，導致黃河水暴漲。只不過，完顏偉早先一步把情況上報給了乾隆帝，才躲過德沛的彈劾。但爲了照顧兩江總督的面子，乾隆帝還是用不三不四的藉口，撤銷了完顏偉南河總督的職務。
不過，清朝自嘉、道年間開始衰落，天下洶洶，河務也幾乎到了沒人願意管的程度。反而出現了河道總督(南河總督)偷懶耍滑，兩江總督主動管河工的情況。無他，河道總督(南河總督)是苦差，相關河臣撈不到好處。兩江總督主動接管，是考慮到給自己的仕途增加一抹亮色，將來好升遷。不僅是河務，就連漕務，漕運總督也差不多束手旁立，看着兩江總督忙來忙去。
等到黃河在咸豐五年北徙後，南河總督更是無事可做，1861年撤銷。而兩江總督管不到黃河事務，也落了個清閒。
