《儒林外史》版本，按回數分，一共有4種版本的說法：50回本;55回本;60回本;56回本。其中，何爲真本，歷來各有不同意見，但至20世紀末，專家學者大體釐清原貌，一般認爲原著系56回。故2011年版《辭海》“儒林外史”條已直接標明是“五十六回”，並未錄他說。各版本情況如下：
第一種，50回本的說法，始自程晉芳《勉行堂文集》卷六的《文木先生傳》，謂“《儒林外史》有50卷”，該說流行於道光、咸豐年間，今人仍有人襲其說，但是從來未見50回本存世，該本可謂並不存在。第二種，55回本，最早來自清代金和在羣玉齋本《儒林外史》的“跋”，該跋稱，吳敬梓的表侄金兆燕作揚州府教授時有刊刻行世的55卷(55回)，且金和還認爲第56回“幽榜”(編輯者注：即第五十六回“神宗帝下詔旌賢，劉尚書奉旨承祭”)無意義，是僞作，於是刪去;然而金和所稱金兆燕時的55回本，卻一直不見，只有被他刪去“幽榜”的55回本。第三種，60回本，該本只有一種，即增補齊省堂本，最早的是上海鴻寶齋的石印本，後面的4回是居世紳(筆名東武惜紅生)所增。
原著56回本，一共有8個本子，現見最早是臥閒草堂刊本，1803(清嘉慶8年)刊印，人民文學出版社曾據此出影印本。另有：注禮閣刊本、藝古堂刊本、潘世恩抄本(編輯者注：學界一般稱“潘氏抄本”，現上海圖書館有藏)、羣玉齋活字本、申報館排印本、申報館巾箱本、齊省堂增訂本(編輯者注：齊省堂有56回本與60回本，爲區別，前者一般稱“56回齊省堂本”)。
今本情況，解放後出版的排印本90%以上都是55回本，是不全的。而以祖本56回臥閒草堂本爲底本的刊行出版的有：《儒林外史》張慧劍校注，人民文學出版社1958年版，1978年版，1995年版;《新批〈儒林外史〉》江蘇古籍出版社1989年版，此評本以臥閒草堂本作底本，以潘氏抄本等多種刊本爲校本和參校本，予以分段、標點，在此基礎上重新批評;還有《儒林外史》，中華書局1972年版、2009年版;等。
