公元前359年和公元前350年，商鞅變法分成兩步推進，其內容優劣互見，不過，方向所指倒是十分集中，就是“農、戰”兩個字，實質是一個“戰”字，就是一切爲了戰，爲了最後的霸業。要大炮還是要黃油?商鞅要的是大炮。下面把變法措施總括起來披露一下。
政治與軍事方面：
一、實行殘酷的連坐制。一人有罪，父母妻子連坐(連帶受罰)。5家互保，10家相連。5家連在一起稱爲“伍”，10家連在一起稱爲“什”。一人有罪，伍什連坐。在伍什之內，大家每天互相監視，互相告發。如果發現“奸人”而不告發，判處腰斬重刑。告發者與斬首敵人一樣重賞。隱藏“奸人”的，與投降敵人同罪。
二、組建地方政府系統。把小的村落、鄉邑聚集起來，設立縣。全國共設41個縣(一說31個縣)，縣直屬中央。每縣設置縣令，全面負責。這是秦國實行郡縣制的開端，創造了嶄新的政治結構，具有重大意義。
三、廢除以前的貴族、官員級別，重新制定二十級爵位。第一至第八級爲民爵，比如一級叫“公士”、二級叫“上造”等。第九級以上爲官爵，第九級叫“五大夫”，第十九級叫“關內侯”，第二十級叫“徹侯”等。
四、對敵作戰殺死敵人是第一等功勞。在戰場上斬敵人腦袋一顆，授爵一級，可擔任50石的小官(1石等於10鬥米)。斬首兩個，授爵二級，可擔任百石之官。立了戰功，還賞賜田地。
五、用最大的力量獎勵戰功。凡是沒有立過戰功的貴族，一概廢除名位，廢除級別，不能做官。按照戰功確定級別，然後根據新的級別，規定應享有的土地、住宅、奴婢數量。范文瀾說，這一條激起了貴族領主的反抗，但它是變法中非常重要的一條。許多靠世襲、資歷、行賄等途徑成爲貴族的人失去了特權，變成民間富戶。有軍功的貴族宗室，最高待遇就是封侯，封侯之後只是收取食邑內的租稅，不管理民事。領主制度的秦國從此變成地主制度的秦國。
經濟方面：
一、推崇農耕，打擊商業和知識分子。一個家庭生產的糧食和布帛超過一般產量，可免除徭役。另外，商鞅認爲商人是“遊民”，助長奢侈。民間凡是從事商業活動的，全家一併逮捕，收到官府裏做奴隸。凡是無業、懶惰而貧窮的，也收入官府做奴隸，或押送邊疆墾荒，這是強迫每一個國民都要有職業，主要是務農。各國“文學遊說之士”，也歸入“末流”、“遊民”一類，不許入秦。商鞅這些措施，對於中國傳統社會中的重農抑商，產生了重大影響。
衆所周知，與商鞅同時的古希臘羅馬，雖然農業也是經濟的重要成分，戰爭亦很頻繁，但工商業得到很大發展。政府對此採取鼓勵態度，民間的製造業、金融業、內外貿易、航運業欣欣向榮，頗具規模，這是早期中國與西方的一個巨大區別。
二、開疆墾田。把原來田裏用土堆成的疆界和供戰車奔馳的道路，都破開(戰國已開始放棄兵車，大量用騎兵)，闢成農田。當時還推行授田制，國家授給農民田地，鼓勵耕種。同時，也號召民衆到荒野上開闢新的農田，承認個人新闢土地的所有權，允許土地私人買賣。秦國地廣人稀，商鞅挖鄰國的牆腳，對山西、河南、河北的人說：“到我們秦國來吧，你們開荒的土地，三年不收稅。”
三、統一度量衡。劃一並製作標準的鬥、桶、丈、尺等等，以利於全國交易。
社會生活、風俗習慣以及家庭生活方面：
一、私人之間的爭執，必須訴諸法庭裁判，嚴禁私人毆鬥。私人毆鬥，不論有理無理，一律嚴厲處罰。當時秦國私人決鬥很普遍。
二、改變秦國落後風俗，強迫民衆學習最低限度的禮儀。父子兄弟姐妹，不準同睡一個炕。過去，因冬天嚴寒，一家男女老幼都睡在一個火炕上取暖。
三、一家有兩個成年男子，強迫分家，否則重罰。這是爲了增加生產和稅收。
四、按照等級尊卑，規定穿不同的衣服。
五、焚燒儒家的《詩經》、《尚書》等經典，禁止戰國時期風行一時的遊說活動，以彰明法令，樹立法令的絕對權威。後來的秦始皇焚書坑儒，已經由商鞅開了頭。
從以上措施可以看出，當時秦國還處在半野蠻狀態，落後、窮困、一片混亂;也可以看出變法是要全盤地改，徹底地改。明眼人不難感覺到，這樣的變法難度太大了。
聰明的商鞅何嘗不知?他知道，即使把法令頒佈出來，人們也會疑惑：這麼多嚴厲的舉措，貫徹得了嗎?他心生一計。改革正式開始之前，商鞅先在陝西臨潼的南門立起一根木棍，下令說：“能夠把木棍拿到北門的人，賞10斤黃金。”這麼簡單的事情，賞金這麼重?當大家驚疑不定、議論紛紛的時候，商鞅又把賞金驟然提高到50斤，簡直是開玩笑!遠遠近近都轟動起來了。
一個爭強而又好奇的青年在衆人慫恿下，不管那許多，把那根木棍移到北門去了。結果，這個青年竟然立即如數得到賞金。人羣驚歎不已，商鞅的目的也就達到了。
這是第一步，商鞅要通過這件事讓民衆信任他。等到人們都相信他令出必行之後，就開始頒佈改革方案。
當然，要讓全國所有的人一起變成啞巴，毫無聲息地貫徹改革措施，這是不可能的。
反對派給商鞅出了一個十分爲難的題目，那就是唆使孝公的兒子、11歲的太子駟窩藏罪徒，觸犯法律。如果懲處太子，孝公這一關不好過還不說，太子將來繼位，肯定不會放過商鞅。如果裝聾作啞，新法的權威就被減弱。
商鞅的處理算是很機智了。他對孝公說，太子年幼，又是王位繼承人，不便施法。可是太子的老師公子虔和公孫賈，對此負有重要責任。君主把教導太子的重任交給他們，這不是玩忽職守嗎?
孝公下了臺階，同意處理公子虔(太子的生活老師)和公孫賈(太子的學問老師)。商鞅判決，在公孫賈臉上刺字(在臉上刺上難看的花紋，塗上洗不掉的黑色，爲終身極大恥辱)，割掉公子虔的鼻子。商鞅還訓斥太子，燒掉了太子所藏的儒家著作，此事爲商鞅留下了後患。
這件事傳遍全國，引起極大轟動，那些反對變法的貴族，氣焰頓時受挫。商鞅又逮捕了觸犯法律的貴族祝歡，以及其他700多個反對變法的貴族，全部在渭水邊上斬首。
