島原之亂是基督教大名有馬晴信舊領地的島原半島和基督教大名小西行長領地的天草島等地的基督信徒，由於新領主鬆倉重政和寺澤廣高等人大肆鎮壓而演變成狂熱信仰的反抗行動。
背景
宗教原因
天主教自1549年由耶穌會教士方濟各·沙勿略首次傳入日本後，人數迅速發展，特別是在九州、京都和江戶地區。位於九州西部的島原在信奉基督教的大名小西行長影響下，傳教活動旺盛，在關原之戰，所領改由寺澤廣高所管領。
天主教的擴張引起傳統的佛教和神道教反對;1587年，豐臣秀吉正式驅逐傳教士，宣佈基督教是邪教。然而教徒數量卻繼續增加，到17世紀初信衆已達70萬人。這時正值德川幕府準備統一日本，信奉天主教的地方諸侯成爲政府特別征討的對象，1614年幕府領令所有人必須棄教。
經濟原因
德川幕府第三代將軍德川家光力主閉關鎖國政策，1616年下令禁止長崎和平戶兩港口外的對外貿易。大名們失去貿易收入，轉向對領地民衆增加稅收來維持收入。島原藩主鬆倉重政於1621年開始建築島原城，並鎮壓本地的天主教徒，其子鬆倉勝家更是以殘暴著名。1634年起，島原和天草地區連續發生天災，更加重了民衆的負擔。
過程
10月22日，島原藩兩名捕吏帶兵25人到有馬村，逮捕兩個教徒家屬。有馬村代官(藩吏)林兵有衛門探悉該村農民佐志木左衛門禮拜天主像，大怒，破門而入，澆掉畫像，同時將他因拖欠年貢捕去抵押的女兒，脫下衣服，用火把拷問。在場的四、五個農民，憤而用農具殺死了林兵右衛門。於是浪人武士善右衛門宣告，“立刻殺掉各村藩吏”。島原南部各鄉紛紛響應，殺藩吏，燒寺廟，10月25日開始了武裝暴動。
羣衆推舉了一位勇敢而有才智的16歲青年天草時貞(四郎)作首領。他到全島各地宣傳，農民們和被殺教民的遺族都聚集山中、海島開會，宣誓起義。這些多年受苦的莊屋(村長)、舊藩浪人武士，在起義中發揮了核心作用
10月26日，起義軍2000多人粉碎了藩署派來鎮壓的軍隊，包圍了富岡城，在天草四郎的領導下，兩地大部分地區已爲起義軍所控制。參加起義的羣衆十分廣泛，島原南部13鄉全人口的80%參加。其中6鄉不論男女老幼一齊參加起義軍。從階級成分看，除農民外，還有手工業者和藩主的奴僕，有天主教徒，也有佛教徒。一些上層農民，如上述的莊屋(村吏)、因失去舊藩主而淪爲農民的浪人武士，擔任了起義軍的指揮。
當時被圍困在島原城內的藩吏，飛報幕府和正在江戶的藩主鬆倉勝家，並向鄰藩求救。但各藩都觀望不前，將軍德川家光接報，驚呼這次起義“如昔之一向宗”，忙令正在江戶的一些西南藩主趕回本藩，防止蔓延，並調兵遣將前往鎮壓。
11月中旬，天草的起義軍3.7萬人(包括婦女兒童)正在攻打富岡城，得悉幕方大軍就到，退入島原南端的舊城堡——原城。12月9日幕軍包圍原城，3次發動總攻擊。起義軍用火槍木石反擊，當時特產的“有馬步槍”命中率很高，幕軍傷亡很大，幕府專使板倉重昌在1638年元旦的總攻中校擊斃。正月初三，幕府宰臣鬆平信綱趕到島原，調集各藩軍12萬餘人，加緊圍攻原城，同時勾結荷蘭軍艦，從海上炮轟原城，但始終沒有攻克。
由於起義軍長期困守孤城，終於糧彈告竭，只能吃草根樹皮。2月21日，起義軍實行反攻，因雙方力量懸殊，沒有成功。2月17日幕軍全面總攻，起義軍一邊祈禱進入天國，一邊拼死抵抗。28日幕藩軍隊付出了死1700人、傷萬餘人的代價才攻陷原城，時貞以下主要人員全部戰死，被俘義軍包括嬰兒母子全部被殘酷殺害。
影響
幕府懷疑西方傳教士與起義有關，於是驅逐葡萄牙商人，並嚴格禁絕天主教。倖存的教徒被迫成爲了地下教徒。此後到18世紀中期，日本本土再沒有發生大規模的戰爭。對基督教的禁絕直到明治維新時期方取消。
事後幕府調查時，調查者在鬆倉勝家住宅的桶中發現農民的屍體，因爲此事而被幕府沒收領地並被斬首(通常幕府對大名的處斷是較爲名譽的切腹，鬆倉勝家是德川幕府歷史中唯一被下令斬首的大名);此外，當初對天草地區檢地時給予過大石數判定而導致居民生活困苦的唐津藩主寺澤廣高已死，但其子次任藩主寺澤堅高同樣被問罪而沒收天草領地，之後精神異常而自殺。
1647年，天草成爲幕府的直轄領(天領)。被任命爲天草代官的鈴木重成一方面勸誡居民改宗佛教，一方面致力於復興當地。但鈴木統治天草時，開始懷疑當年寺澤廣高檢定的石數(農田收入三萬七千石，桑、茶、漁業與鹽業的摺合收入五千石，合計四萬二千石)過高而決定再次檢地，並且多次向幕府提出將天草的石數減半爲二萬一千石的要求;在多次被幕府以沒有先例的理由拒絕後，鈴木在1653年於江戶自宅留下年貢減半的請求書後切腹自殺。幕府震驚之下才開始檢討石數減半的決策，繼任天草代官的重成養子鈴木重辰同樣多次請求石數減半，最後在1659年天草地區的石數終於得以減半，鈴木重成、重辰等人也在天草當地受到長久的奉祀。
