肥前國的島原半島，本屬外樣大名鬆倉氏所領，當時的鬆倉氏家督爲鬆倉勝家，是個冷酷無情而又貪得無厭的傢伙。三代將軍家光在位的寬永十四年(1637年)秋季，島原半島及其南方的肥後國天草羣島鬧起了大饑荒，可是鬆倉勝家仍然按照舊例徵收年貢，並將交不起年貢的數名農民殘酷處死。
農民們生活在死亡邊緣，已經沉寂很久的天主教信仰隨之再度擡頭，祕密信教以逃避殘酷現實的百姓越來越多。此事爲鬆倉勝家所查知，就在領內搞了一次大清洗，逮捕了很多教徒，要他們舉行“踏繪”的儀式。所謂“踏繪”，是指將刻有耶穌受難像的木牌扔在地上，讓懷疑爲教徒者用腳去踩，肯乖乖從命的定非天主教徒，或者雖是教徒卻有心悔改，否則就將被處以火刑。這種方法並非鬆倉勝家所創，而是幕府搞出來併到處推廣的無聊花樣。
階級壓迫和宗教迫害雙重利刃就此加在島原百姓頭上，他們無路可走，被迫鋌而走險。十月二十日，島原有馬村紛起一揆，殺死了鬆倉氏的代官林兵右衛門，並且攻破藩武器庫，團團包圍住了鬆倉氏的本城——島原城。二十七日，天草羣島也爆發一揆，與島原一揆南北呼應。天草羣島乃是肥前國唐津的譜代大名大久保氏的飛地，唐津藩的代官三宅重利領兵鎮壓暴亂，卻於十一月十四日被一揆打敗，身首異處。天草一揆進而包圍了富岡城。
消息報至江戶，德川家光將軍大爲惱火，立刻派遣重臣板倉重昌前往九州，糾合附近諸侯前往征伐。島原、天草的一揆聞報，結合爲一，後退到已經廢棄的原城，籠城固守。根據考古發現，原城在“島原、天草之亂”爆發前，很可能雖被廢置不用，基本的土壘木牆還沒有被扒平，這就給了一揆軍一個很完美的根據地。有趣的是，一揆軍的首領卻是一個年僅十六歲的少年，俗稱爲天草四郎時貞。據說這位英俊少年乃是上帝派遣來拯救生活在水深火熱之中的日本天主教信徒的，具有莫大神通，教徒們無不尊奉他爲“天人”、“天使”，一切都唯四郎時貞馬首是瞻。
天草四郎，某些記載中也寫作大矢野四郎或者江部四郎，據考證，他原本的苗字應該是益田，乃是小西行長的家臣益田好次之子。本名益田時貞，父親益田好次是小西行長的家臣。後來時貞被過繼給天草甚兵衛，改名爲天草時貞。天草自小聰穎過人，有神童之稱，且外表俊秀。有一位相士曾對天草說：“閣下面相尊貴，本應掌握天下，只可惜生在德川時代，難成大事。” 關原合戰後小西行長被斬首，領地遭改易，家臣們紛紛四散成爲浪人，據說四郎時貞從小就居住在長崎港，虔誠地信奉天主教，並向旅居日本的荷蘭人學習過西洋醫術——所謂神通廣大，能活死人，肉白骨，大概不是完全的空穴來風吧。
且說板倉重昌來到島原城中，集合了包括鬆倉勝家、鍋島勝茂、有馬豐氏等周邊諸侯，集合兵馬，向原城發起了猛烈進攻。重昌一開始並沒有把一揆放在眼裏，認爲那些作亂的農民無拳無勇，根本不懂打仗，如何會是幕府軍的對手?然而一連發起兩次總攻都未能得手，己方反而損失慘重，重昌不禁涔涔汗下，意識到原城中定有深通兵法之人存在。
北九州地區乃是天主教傳播的中心區域，戰國後期有大量平民甚至武士都皈依了天主教，這些人在“大殉教”後都被迫潛伏了下來，趁着這次動亂再度擡頭。因此固守原城的並非僅僅數萬農民，其中也摻雜了很多信奉天主教的浪人——四郎時貞首先是這些浪人們的領袖。翌年是寬永十五年(1638年)，元旦之日，板倉重昌硬着頭皮發動了第三回總攻，卻在原城下身中流彈而亡。一揆因此士氣高昂，到處都傳說着島津、伊達等強藩將在呼應而起，一舉消滅迫害天主教徒的德川幕府的謠言。而將軍家光則又派來了第二名聯軍統帥，那就是一門衆重臣鬆平伊豆守信綱。
鬆平信綱素有智謀，人稱“智慧伊豆”，他在仔細觀察了前線形勢以後，認識到原城防禦堅固，一揆作戰英勇，絕對不能硬打硬攻。於是信綱就指揮着黑田、鍋島、立花、細川、水野、有馬等十數家諸侯聯軍，從陸路將原城牢牢地封鎖住，斷絕補給，想要把一揆全部困死，餓死。
四郎時貞還期望長崎的荷蘭人前來救援，然而在鬆平信綱的指使下，荷蘭炮船卻於一月十一日開到原城附近的海面，然後向城內連開數炮。這一方面是告訴城內一揆，海上也已經被幕府封鎖，休想有一個人可以逃走，另方面也是希望從心理上瓦解一揆的鬥志——天主教有何可信?上帝又有什麼用?同樣信奉所謂“上帝”的荷蘭人，不也是你們的敵人嗎?
鬆平信綱的策略取得了效果，原城中糧草越來越少，一揆被迫開城夜襲幕府軍陣營，因爲信綱早有防備而遭到慘敗。不僅如此，鬆平信綱通過審訊俘虜，瞭解了城中的內情，遂於二月二十八日展開了第一次總攻擊。在一揆勢的拼死抵抗下，幕府軍付出了死亡三千人，受傷上萬人的重大代價，然而原城終於還是被攻陷了，城內剩餘的兩萬餘人，不論男女老幼，全都遭到殘酷的屠殺——四郎時貞等人也在其中，幾乎沒有一人能夠逃得性命。
