19世紀80年代後，隨着西學的傳播和洋務運動的發展，科舉制度發生改變。1888年，清政府準設算學科取士，首次將自然科學納入考試內容。1898年，加設經濟特科，薦舉經時濟變之才。同時，應康有爲等建議，廢八股改試策論，以時務策命題，嚴禁憑楷法優劣定高下。戊戌變法失敗後，慈禧下令所有考試悉照舊制。
1901年9月清廷實行“新政”後，各地封疆大吏紛紛上奏，重提改革科舉，恢復經濟特科，1904年，清廷頒佈《奏定學堂章程》，此時，科舉考試已改八股爲策論，但尚未廢除。因科舉爲利祿所在，人們趨之若鶩，新式學校難以發展，因此清廷詔準袁世凱、張之洞所奏，將育人、取才合於學校一途。至此，在中國歷史上延續了1300多年的科舉制度最終被廢除，科舉取士與學校教育實現了徹底分離。
1905年9月2日，袁世凱、張之洞奏請立停科舉，以便推廣學堂，鹹趨實學。清廷詔準自1906年開始，所有鄉會試一律停止，各省歲科考試亦即停止，並令學務大臣迅速頒發各種教科書，責成各督撫實力通籌，嚴飭府廳州縣趕緊於鄉城各處遍設蒙小學堂。
科舉制度在1905年被廢除的根本原因是科舉制不能滿足國家選拔人才的需要。
科舉制廢除還有以下原因：
1、經濟上，隨着社會的進步科舉制已經不適應經濟的發展，阻礙了社會生產力的發展。
2、政治上，清朝末期統治面臨內憂外患的局面，科舉制以失去了爲封建王朝服務的性質，在一定程度上阻礙了國家得統治。
3、文化上，西方文化的傳入，使得民主思想有了進一步的發展，開始呼喚改革。
