“九·一八事變”後，熊克武無時不關心祖國的命運和前途。面對危難的祖國，他感到居住在一個侵略自己祖國的國家裏，是一種莫大的恥辱，便與喻培棣、但懋辛從日本經香港然後回到上海。然而，蔣介石並沒有安排他實際工作，只是讓他掛名國民黨中央委員、國防委員。
1936年，張學良將軍在發動“西安事變”前夕，曾赴上海傾聽各方對抗日救國的意見，並親往熊克武住宅與熊商談。熊克武對張學良談道：“日寇氣勢洶洶，亡國滅族之禍，迫在眉前，稍有血性的中國人，都應團結起來，共禦外侮。”他希望張學良以大局爲重，以民族大義爲重，停止內戰，一致對日。臨別時，張學良向熊克武表示：“錦公之言，乃當銘記於心。”
1937年“盧溝橋事變”發生不久，熊克武扶病前往太原面見閻錫山，力主團結抗戰。當時，馮玉祥正好也在太原，兩人相遇，分外高興，隨即他們在行館推心置腹地作了長談。他們回顧了自己軍戎生活的坎坷歷程，談到了正在進行的抗日戰爭。
8月13日，日寇對上海發動了大規模進攻，“淞滬抗戰”爆發了。當時，楊森親率川軍第20軍開赴上海與日寇血戰，熊克武、但懋辛等隨即代表旅滬川人前往戰火紛飛的第20軍前沿陣地大場、蘊藻浜、陳家行等處勞軍，並鼓勵楊森要以打內戰爲恥，抗擊日寇爲榮。淞滬抗戰失敗後，熊克武把家屬送回四川，自己卻隻身到南京。當妻子陳靜芬勸他一起返川時，他嚴肅地說：“我是政府的官員，在此國難期間，應與政府共存亡，政府在哪裏，我就應該在哪裏。”在南京期間，熊克武經常前往川軍營地看望官兵，向他們講述辛亥革命前後四川革命黨人在推翻清王朝、建立民國時英勇鬥爭的動人故事，激勵戰士們爲中華民族的生存而奮勇戰鬥。
上海失守後，國民黨政府於11月20日宣佈遷都重慶，熊克武亦隨後由漢口抵重慶。
1939年，熊克武返回成都，住北新街64號。蔣介石派憲兵來做門衛，名爲保護，實則監護，熊克武知道蔣介石對他回川很不放心，便與朱之洪潛心編撰《四川國民黨史》，同時暗中與劉文輝、鄧錫侯等商議，抵制蔣介石的反共反人民的政策，又以國防委員會上將軍事參議員的身份，爲抗戰獻計獻策。
1945年8月，日本天皇被迫宣佈無條件投降。國民政府爲了表彰熊克武在抗戰中的功績，向他頒發了勝利勳章。
解放戰爭時期，熊克武時時關注着人民解放軍的勝利進程，積極聯絡川康地方實力派潘文華、劉文輝、鄧錫侯等反對蔣介石的專制獨裁統治，爲起義做準備。爲了避開蔣介石對自己的糾纏，便於聯絡各界人士反對反革命內戰，熊克武和但懋辛又一次在重慶創辦了“中國公學”。
1949年7月1日，經張羣批准，“川、康、渝民衆自衛委員會”正式成立，熊克武被推選爲主任委員。該委員會以保鄉自衛名義，反對王陵基的“戡亂”、“擴軍”;以“人不離槍，槍不離鄉”的口號，反對王陵基集中地方武裝，替蔣介石充當反共反人民的炮灰;提出“自治方案”，以反對濫發紙幣，增加人民負擔;提出“軍事自衛”方案，以反對蔣介石的“軍事戡亂”。總之，熊克武等以種種理由，向王陵基展開合法鬥爭，使王不能集中人力物力，順利進行“戡亂”。
不久，王陵基向蔣介石告密說：“自衛委員會態度曖昧，連‘剿匪’、‘戡亂’的字眼都沒有，與共產黨有勾結。”
7月18日，行政院長閻錫山電令川省取締該委員會。
8月15日，又電令熊克武將“川、康、渝民衆自衛委員會”改名爲“川、康、渝反共保民委員會”，熊克武等拒不接受，“自衛委員會”被迫轉入地下活動。
12月，熊克武和劉文輝等策動川西起義。
25日，由熊克武領銜在成都市內貼出佈告，表示擁護中國共產黨和中央人民政府。
30日，熊克武、劉文輝、鄧錫侯、潘文華等和成都各界人士代表前往北門外駟馬橋迎接解放軍的到來。同時，熊克武發表書面聲明，表示擁護中國共產黨和中央人民政府。
