很多人誤以爲， 是清政府燒了少林寺，這是錯的。事實上，清代諸帝很關心少林寺，或親書匾額，或巡遊寺宇。乾隆十五年(1750年)，乾隆皇帝親臨少林寺，夜宿方丈室，並親筆題詩立碑。從清朝白衣殿壁畫和文獻記載，少林功夫在清朝以來，仍維持着很高的水平。
真正毀了少林寺的，是馮玉祥。
1928年軍閥混戰，軍閥馮玉祥的部下石友三火燒少林寺，把天王殿、大雄殿、法堂和鐘樓等建築被毀於一炬，許多珍貴的藏經、寺志、拳譜等燒成灰燼。
那麼，馮玉祥爲什麼要屠滅少林寺呢?原因因很簡單，因爲少林寺的主持妙興爲了保護少林寺，並且保護一方平安，投靠了直系的吳佩孚，做了團長。
民國十五年(1926年)七月，廣州革命軍開始北伐。九月，馮玉祥(1882～1948年)宣佈脫離北洋軍閥，參加國民革命。吳佩孚聯合張作霖(1875～1928年)攻打馮玉祥，被北伐軍擊敗。次年(1927年)春，馮玉祥佔領西安，配合北伐軍合攻河南。
二月，妙興所率第一團奉命開往鄭州，又調往舞陽。三月六日，在與任應岐部交戰中，妙興陣亡，年僅三十七歲。六月，遺體由弟子體信運回少林寺，葬於寺東北山坡上。
民國十七(1928年)年三月，妙興的上級樊鍾秀乘馮玉祥的國民軍後方空虛，奪佔了鞏縣及偃師縣，但不久被馮部將領石友三奪回。樊鍾秀南撤，轉攻登封縣城，其司令部即設在少林寺內。石友三部向南追擊，至輾轅關(十八盤)，少林寺僧助樊狙擊，終不敵而潰。200多僧衆也幾乎被殺盡。三月十五日，石友三追至少林寺，遂縱火焚法堂。
次日，駐防登封的國民軍(馮玉祥部)旅長蘇明啓，命軍士擡煤油到寺中，將天王殿、大雄殿、緊那羅殿、六祖殿、閻王殿、龍王殿、鐘鼓樓、香積廚、庫房、東西禪堂、御座房等處，盡付一炬，以泄其憤。
至此，千載少林寺的歷史建築盡毀。妙興投靠北洋軍閥，出任團長，參與征戰，不但違背了佛寺清規，且引來了少林寺的劫難。
石友三
此後的少林寺當家和尚淳樸(鞏縣回郭鎮人)、貞緒(1893～1955，鞏縣魯莊鄉南村人，俗姓李)等人，只在維繫山門而已。1982年以後，國家爲方便中外文化交流對少林寺進行了大規模修復重建，現已形成以山門、天王殿、大雄殿、藏經閣、方丈室、立雪亭、西方聖人殿爲主題的嵩山少林建築羣，使千年古剎煥發出新的光彩。
然而，我們一向敬重的馮玉祥，不問青紅皁白，竟將少林寺屠滅，不但幾乎殺盡了武僧，還將千年歷史建築、及大量珍貴文獻如佛經、拳譜全部毀掉，這就不僅僅是魯莽了。資料記載，1927年，馮玉祥在河南廢寺逐僧，將大相國寺改成市場。並發動全省毀佛運動，所有比丘、比丘尼一律驅逐。所有寺產沒收，寺院改爲學校，或作救濟院、圖書館，或成爲娛樂場所。繼河南之後，直、魯、秦等地，也都紛紛盲從，華北佛教因此幾乎衰絕。從這個角度看，馮玉祥屠滅少林的原因，也就明瞭了。
實事求是地看每一個人物，也應該包所括馮玉祥。實事求是地看馮玉祥，也不能不看他屠毀少林寺這個重大的歷史事件。
有人j將此事理解爲馮玉祥信仰的基督教與佛教的衝突，其實錯了。
這這件事與少林武僧幫助直系部隊對付西北軍有直接關係!
而在歷史上，少林寺就有幫助朝廷作戰的傳統，例如十三棍僧救唐王、武僧參與剿滅倭寇等。這次，只不過是妙興大師選錯了新朝廷而已!
