董鄂妃的身世有多種說法，第一種說法就是正史說，第二種是秦淮八豔之董小宛說，第三種是襄昭親王博穆博果爾福晉說。順治帝與董鄂妃之事，歷來爲世人所矚目。辛亥革命後，董鄂妃的來歷問題，又引起人們的議論，先曾說她是明末秦淮八豔董小宛，後又認爲她本順治弟媳、襄親王博穆博果爾的福晉。
前一種說法屬於誤解，較快得到澄清，後一種意見則綿延不絕，流傳至今。現許多影視，小說都沿用重要這一意見。由於董鄂氏身前身後典禮過於特殊和身上各種謎、撲朔迷離的身世，這也是董鄂妃成爲清初風雲人物之一。
董小宛說
《清宮演義》、《清宮十三朝》、《武俠董小宛》等小說電視劇，均將孝獻皇后董鄂妃說成是秦淮八豔董小宛。簡要情節是：清軍統帥洪承疇本是好色之徒，早聞“秦淮八豔”(馬湘蘭、卞玉京、李香君、柳如是、董小宛、顧眉生、寇白門、陳圓圓)之名，尤慕董小宛。洪在攻佔江南時，果然生獲董小宛，藏之府中，企圖霸佔，無奈小宛誓死不從。
洪無計可施，最後不得已，於順治二年(1645)將小宛獻入皇宮，遂成爲順治帝寵妃。也有說小宛是豫親王多鐸俘獲，送入宮中的。
爲什麼將與董鄂妃風馬牛不相及的董小宛扯在一起了呢?可能是因爲她們倆的姓中都有一個“董”字，一些文人在編寫野史時，爲了使情節離奇，有吸引力，或出於對清朝皇帝的故意中傷，於是便採用了移花接木之術，將董小宛說成是董鄂妃了。其實，董鄂妃的“董”是滿語譯音，“董鄂”也有譯爲“棟鄂”、“東古”、“冬古”、“東果”的。
襄親王福晉說
《孝莊祕史》、《少年天子》等電視劇，都認爲董鄂妃原是襄親王的福晉，後被順治帝納入宮中，成爲寵妃。襄親王，博穆博果爾，清太宗皇太極的十一子，生於崇德六年(1641)十二月二十日申時，其生母是懿靖大貴妃博爾濟吉特氏娜木鐘，順治十二年(1655)二月二十一日冊封爲和碩襄親王，第二年(1656)七月初三日己刻卒，年僅15歲。
湯若望記載
關於董鄂妃的來歷，官修史書一概避而不談，唯有《湯若望傳》提供了下述線索：“1658年(順治十五年)皇帝遭遇一酷烈打擊。第三位皇后所生之子，原定爲皇位繼承者的，於產後不久，即行薨逝，關於這位皇子殯葬的情形，在以後繼續數年的歷史中是我們還不得不屢屢提及的。
欽天監內所設之一科，應行按照舊規則，規定殯葬正確地點與吉利之時刻。這一件事情是這一科裏辦理了的，並且還向朝中上有一份呈報。
可是這次殯葬儀式是歸滿籍之禮部尚書恩格德之所辦理，他竟敢私自更改殯葬時刻，並且假造欽天監之呈報。於是這位皇子便被在一個不順利的時刻裏安葬。這樣便與天運不合了。因此災殃竟要向皇室降臨。
這位皇子的母后不久崩殂，就是頭一次所發生不吉利之事件。此外還有其他兩件死亡事件繼續發生。這兩次事件是我們馬上就要敘述的，並且最後甚至皇帝晏駕也都歸咎於這次殯葬底舛錯。”
《湯若望傳》中還有一段湯若望的回憶：
順治皇帝對於一位滿籍軍人之夫人，起了一種火熱愛戀。當這一位軍人因此申斥他的夫人時，他竟被對於他這申斥有所聞知的天子親手打了一個極怪異的耳摑。這位軍人於是乃怨憤致死，或許竟是自殺而死。皇帝遂即將這位軍人的未亡人收入宮中，封爲貴妃。這位貴妃於一千六百六十年產一子，是皇帝要規定他爲將來的皇太子的。但是數星期後，這位皇子竟而去世，而其母於其後不久亦薨逝。
福臨共有8個皇子，除玄燁外，在7個皇子中，皇二子福全、皇五子常寧、皇六子奇授、皇七子隆禧、皇八子永乾等5人皆卒於康熙朝，勿庸考慮。這樣只剩下皇長子鈕鈕和皇四子。
鈕鈕生於順治八年(1651)十一月初一日，殤於順治九年(1652)正月三十日，只活了89天，生母是庶妃巴氏。此子雖也是早殤，但不是殤於順治晚年，而且他的生母是庶妃巴氏，未封過貴妃，因此，鈕鈕和巴氏不可能是湯若望所說的皇子和那位貴妃。那麼只剩下皇四子。
該子生於順治十四年(1657)十月初七日，殤於順治十五年(1658)正月二十四日，生母是皇貴妃董鄂氏，即後來的孝獻皇后。董鄂妃病逝於順治十七年(1660)八月十九日。由此看來，湯若望所說的只能是皇四子和皇貴妃董鄂氏。
但這裏有一個出入，一是皇四子生年是公元1657年，而湯若望所說是1660年。
顯然，這裏所說的“第三位皇后”與“貴妃”是指同一人，即皇貴妃董鄂氏。順治十四年十月，順治將董鄂妃之子作爲未來的皇太子，舉行隆重慶典，詔告天下，順治帝並不以封董鄂氏爲皇貴妃而滿足，他認爲惟有皇后的名位才配得起董鄂氏。
皇四子出生後又立即被順治帝視爲第一子，此時的順治帝欲效仿前代故事,扶正這對母子,皇后博爾濟吉特氏無寵，又不如妃善得太后歡，帝密有奪嫡意。”
董鄂妃18歲入宮，不符合選秀女的年齡，所以她應該不是通過選秀女的渠道入宮。而當時沒有被選上秀女的少女，一般就嫁人了。所以她很可能是嫁人後才被選入宮。
傳說也罷，猜想也好，最後歸於一致的認識就是，這位董鄂氏不但才華出衆，而且品行清麗脫俗，善解人意，深深地吸引了這位多情的少年天子的心，這位神祕的女子，讓那麼多的文人墨客魂牽夢繞，賦詩寄情;又讓那麼多的專家學者費盡心思，苦心研究論證。但是直到今天。她的身世依然是一個待解之謎。
不過最近有歷史學家提出，順治帝一生鍾愛的董鄂妃的真實身份其實就是多爾袞的女兒東莪格格，多爾袞死後格格被當時的大臣鄂碩認領做了女兒，但是因爲格格身份尊貴所以不能改名撫養，也就成了後來的董鄂妃。不過孝莊一直不怎麼喜歡董鄂妃，不知道是不是因爲知道她其實是多爾袞女兒的原因，所以一直反對她和順治帝在一起。
