早年經歷
弘治七年(1494年)農曆九月初一日(9月29日)，朱紈生於獄中，從小生活貧苦。正德十六年(1521)進士。歷官景州知州、開州知州。嘉靖初年遷移爲南京刑部員外郎。歷四川兵備副使，屢遷至廣東左布政使。嘉靖二十五年(1546年)擢右副都御史，巡撫南贛。
防衛東南
嘉靖二十六年(1547年)改提督浙、閩海防軍務，巡撫浙江，防禦倭寇。明朝初年明太祖曾經定製，片板不許入海。當時，倭寇大肆侵擾東南沿海。浙閩海防廢壞不堪，戰船、哨船十存一二。海盜商人、浙閩豪門勢家多與倭寇勾結，假濟渡爲名，造雙桅大船，運載違禁貨物。將吏不敢詰。朱紈爲官清正，強力敢認，是個難得的賢臣。初到閩浙，朱紈很快發現，所謂的“倭寇”其實並非明朝初年那樣的日本海盜。除了極少數被中國人僱來武裝押運的日本浪人外，絕大多數都是閩浙沿海靠海外貿易求生的中國人。由於閩浙沿海的人地矛盾十分突出，而宋元以來數百年的海上貿易已經成爲東南沿海居民最重要的求生之路。即使在嚴禁海外貿易的明朝，這種生活方式也沒有改變。只要海禁稍有鬆懈，走私貿易就會蓬勃發展，以至於閩浙沿海幾乎家家戶戶都涉足走私貿易，從而直接或間接的與“倭寇”有關。於是乎，朱紈上任之後，便在沿海厲行保甲連坐制度，並大力整頓海防。閩浙沿海的海禁頓時嚴厲起來。
大敗倭寇
嘉靖二十七年(1548年)四月，他指派都司盧鏜率明兵由海門進兵，攻克倭寇巢穴雙嶼港，活捉日本人稽天和中國海盜許棟等，並築塞雙嶼，堵擊倭寇。又將捕獲之通倭罪犯統統處死。朱紈的行動觸犯了閩浙地主豪紳的利益，又因在日本貢使周良的處置問題上，與主客司、福建籍的林懋和發生矛盾，招致閩人官僚仇恨。七月，吏部採御史、閩人周亮及給事中葉鏜言，奏改紈爲巡視，以弱其權。紈憤而於次年春上疏爭之，並陳明國是、正憲體、定紀綱、扼要害、除禍本、重斷決六事。嘉靖二十八年(1549年)三月，俘獲海盜李光頭等九十六人，亦盡誅之。在朱紈嚴格海禁之下，當地沿海逐漸產生不滿情緒，並且越發嚴重，據《明史》記載：“閩人資衣食於海，驟失重利，雖士大夫家亦不便也，欲沮壞之。”最終導致御史陳九德卻劾朱紈擅殺走私犯人九十六名。朝廷遂革紈職，朱紈憤而自殺，朝野爲之嘆息。但自此明廷罷巡視大臣不設，中外不敢言海禁事，海防廢弛，倭寇更加猖獗，荼毒東南沿海十餘年。朱紈有後人所輯《甓餘雜集》十二卷傳世。
