清朝有許多幼時便登基爲帝的皇帝，其中包括順治、康熙等。而同治這個少年皇帝，幼時登基，一直在母親的管理下，治理國家。可是不同於順治和康熙時期，孝莊是將自己擺在一個輔佐者的位置上，而慈禧太后顯然不是這樣。同治皇帝一直不得她喜歡，即使親政之後，也經常因爲一些事情，受到慈禧的訓罵。這個可憐的君主，最後僅僅在人世活了十九年，便去世了。少年而殤，給同治帝的死亡蒙上了一層神祕的陰影。對於他的死，一直以來都有三種說法，一爲同治帝是患天花而亡。另一種說法就顯得有些不好宣之於口，說同治帝是染上梅毒而死。梅毒即性病“潛伏期平均3——4周，典型損害爲硬下疳開始在螺旋體侵入部位出現一紅色小丘疹或硬結，以後表現爲糜爛，形成淺在性潰瘍，性質堅硬，不痛，呈園形或橢園形，境界清楚，邊緣整齊，呈堤狀隆起，周圍繞有暗紅色浸潤，有特徵軟骨樣硬度，基底平坦，無膿液，表面附有類纖維蛋白薄膜，不易除去，如稍擠捏，可有少量漿液性滲出物，含有大量梅毒螺旋體，爲重要傳染源。”還有第三種說法，死於天花和梅毒兩病相加。
一。死於天花。翁同龢日記記載：同治於十月“二十一日，西苑着涼，今日(三十日)發疹”。十一月初二日，“聞傳蟒袍補褂，聖躬有天花之喜”。又記載：“昨日治疹，申刻，始定天花也。”初九日，召見御前大臣時，“氣色皆盛，頭面皆灌漿泡飽滿”。上諭雲：“朕於本月遇有天花之喜，經敦親王等合詞籲請靜心調攝”云云。《崇陵傳信錄》記載：“惠陵上仙，實系患痘，外傳花柳毒者非也!”
二。死於梅毒。此種說法，多爲野史記載。《清宮遺聞》記載，同治到私娼處，致染梅毒。翁同龢日記：“晤太醫李竹軒、莊某於內務府坐處，據云：脈息皆弱而無力，腰間腫處，兩孔皆流膿，亦流腥水，而根盤甚大，漸流向背，外潰則口甚大，內潰則不可言，意甚爲難。”，“腰間潰如椀，其口在邊上，揭膏藥則汁如箭激，醜刻如此，卯刻復揭，又流半盅。”，“御醫爲他揭膏藥擠膿，膿已半盅，色白而氣腥，漫腫一片，腰以 下皆平，色微紫，看上去病已深。”李慈銘日記也記載：“上旋患癰，項腹皆一，皆膿潰。”但他又說：“宮廷隔絕，其事莫能詳也。”
三。死於天花和梅毒。這是根據現今存的檔案及脈案推斷而來，“溼毒乘虛流聚，腰間紅腫潰破，漫流膿水，腿痛盤攣，頭頸、胳膊、膝上發出痘癰腫痛。”同治或先患天花未愈而又染上梅毒，或先患梅毒而又染上天花，兩種疾病併發，醫治無效而死。
