明成祖朱棣在朱元璋去世後從北平發動“靖難之役”,攻佔京師,奪取帝位,初時仍定都南京。
1421年2月2日,明朝正式遷國都於北京,並改北京爲京師,同時復原南京的名號。
明成祖遷都北京後,仍然保留了南京的都城地位,並保留了一套中央機構。南京和京師一樣,設六部、都察院、通政司、五軍都督府、翰林院、國子監等機構,官員的級別也和京師相同。北京所在府爲順天府,南京所在府爲應天府,合稱二京府。