馬裏本是尼日爾河支流桑卡拉尼河地區的一個小酋長國，由說曼丁戈語的凱塔氏族所組成，一向臣屬於加納王國，以黃金貿易著稱，到11世紀中葉逐漸強大。
據傳說：約1235年鬆迪亞塔在反抗蘇蘇人入侵過程中，團結曼丁戈人，打敗了蘇蘇國王蘇曼古魯的軍隊，繼加納王國之後成爲西蘇丹大帝國。鬆迪亞塔的統治奠定了馬裏帝國的基礎，其子繼位後繼續征戰，擴大了王國的版圖。第 9位國王曼薩·穆薩在位時其版圖空前遼闊，進入帝國的黃金時代。
曼薩·穆薩1324～1325年去麥加朝聖，途中大肆揮霍黃金，在伊斯蘭世界中留下深刻印象，馬裏的聲名自此遠揚西歐。
14世紀30年代後，一些西方世界繪製的地圖上出現了馬裏和曼薩·穆薩的圖像。摩洛哥旅行家伊本·巴圖塔大約在1352～1353年曾到過馬裏。據他的記述，當時馬裏境內秩序井然，商隊安全得到充分保證，但內部已開始出現權力之爭的跡象。
馬裏帝國採取神化國王的措施，鞏固國王權力，如國王不在人前進食，不同人直接交談等，但對王位繼承沒有明確規定，因此常因爭奪王位而影響帝國穩定。
1360年後馬裏發生內亂，此後王位之爭層出不窮，國勢日趨衰落。
14世紀後，馬裏帝國先後遭到莫西人和圖阿雷格人的襲擊和騷擾。其中1433年，廷巴克圖被圖阿雷格人攻陷。
15世紀上半葉一些原來被馬裏兼併的地區紛紛獨立。
15世紀中葉，馬裏屬國加奧發展成爲強大的桑海帝國。
16世紀上半葉，在桑海的襲擊和摩洛哥的侵略下，馬裏的東部疆域不斷縮小。此時西方殖民主義者已逐漸由沿海順塞內加爾河、岡比亞河入侵。西方的貿易，特別是非洲奴隸貿易，引起了馬裏社會內部矛盾，最終使馬裏土崩瓦解。
1599年，皇帝曼薩·穆罕默德三世試圖收復被摩洛哥佔據的迭內，勝利在望之際被部將出賣而失敗。
1660年，馬裏末代皇帝馬馬杜三世在尼日爾河和巴尼河之間被班巴拉人打敗，出走到康加巴，帝國告終(據[前西德]博伊歇爾特《馬裏》)。
