權傾天下，連將軍都敢一手推倒的一代“怪傑”細川政元在一夜之間遭遇毒手身亡。爲什麼政元最後會落得這個慘劇般的下場呢?問題還是出在他的養子政策雖然面面俱到，而且十分浩大，但不代表就一定廣受支持。
首先，他手下的家臣們對這個藍圖不以爲然，特別是細川政元的家臣們爲了自己家族今後的利益打算，都分別支持了細川澄之及細川澄元，而另一個養子細川高國在當時還未成氣候，無人問津。
事實上，自從政元通過政變推倒足利義稙，完全掌控幕府政治後，他的家臣比起政元自己更早更快地驕縱起來。上述的赤澤朝經和上原元秀一方面得到政元的寵信，另一方面又利用政元的威勢，在畿內各地強搶物資、侵奪土地，使得細川政元十分苦惱。
另外，家臣之間爲了各自的利益，都嚴防對方扶搖直上，對於政元刻意提拔任何一方，其他對立的家臣都不願輕易支持，這也使政元在如何管理龐大而又利益交錯的家臣團上，感到十分煩悶。後來，當政元收養養子後，家臣們因爲不能確認向來我行我素、不顧他人的政元會在什麼時候又有新花樣，打亂自己的部署，於是索性反客爲主，搶先把政元趕下臺來自保。
最先發難的是澄元派的藥師寺元一，但是他在永正元年(一五零四)發動的謀反很快便告失敗，與事件脫離不了關係的澄元雖然因爲生家實力雄厚，並沒有被追究責任，但這次謀反失敗後，他的地位也受到了打擊。
與此同時，謀反事件一出，另一方的澄之派也蠢蠢欲動，支持澄之的香公元長及藥師寺長忠(元一之弟)起來發難，終於成功徹底除去了礙事的主君，並迫使對手澄元黨逃出京都。就這樣，大膽廢立將軍，製造幕府分裂的管領細川政元終究以自己的生命親嘗被家臣出賣背叛的滋味。然而，他卻沒有足利義稙那樣幸運，獲得翻盤再來的機會。更有甚者，管領細川家一向以一族團結和諧著稱，傲視各個飽受同族內訌困擾的武士領主，在細川政元被殺身亡後也終究陷入了分裂。原本在政元主導下又稍爲恢復穩定的中央局勢，再一次陷入混亂。
眼見京畿一帶將再次陷入戰火之中，京都上下人心惶惶，逃亡避難者絡繹不絕。犯上殺父大罪的澄之派還沒來得及要求將軍義澄任命澄之爲新管領，一直韜光養晦的細川高國便已站了出來爲養父報仇。同年八月，高國連同其他細川家分家的軍隊攻滅了澄之及其主要黨羽，澄之派被完全消滅。
殺父之仇雖報，但接下來便是立功的高國與原本更有機會繼位的澄元爭奪利益的局面。澄元眼見澄之派被高國領兵攻滅後，首先入京要求將軍義澄承認自己是新的管領，搶佔政治高地，但早被搶佔先機的澄元在士氣高漲的高國軍面前，還是隻能敗走逃亡。他跟重臣三好之長等人一起逃回四國阿波的老巢，等待東山再起的機會，不過這一等卻是十多年的事。
高國確定掌握京都以及幕府的控制權後，爲了與澄元一刀兩斷，決定恭迎身在周防國山口的前將軍義稙回京復位。於是，義稙在實力財力雄霸一方的大內義興的大軍護衛下，浩浩蕩蕩沿着瀨戶內海上京。
聽到這個消息的義澄手上無兵可用，只好與近臣逃到近江國甲賀郡避難，等待機會再圖復位。四月，義稙及義興到達和泉國堺港(今.大阪府堺市)。七月一日義稙再次被朝廷任命爲徵夷大將軍，高國則被義稙任命爲管領(義興爲副管領)，正式成爲政元的後繼人。
不過，高國一展身手之前還得再接受考驗。永正六年(一五零九)六月，潛伏在近江的澄元派在三好之長帶領下試圖反擊，但被高國及義興派出的聯軍大敗。同時他們又派出刺客，圖謀暗殺義稙，也以失敗告終。怒不可遏的義稙想反過來作出迴應，但同樣無功而返。
到了永正八年(一五一一)，這次義澄和澄元方終於來一次準備十足的反擊。兩方連同原本嫉妒高國的兩個細川氏分家──細川政賢及細川尚春於七月一起圍攻京都。但是，由於義澄方的兵力始終沒有高國、義興來得多，在八月末爆發的船岡山之戰中大敗，戰死者近四千人。受到大敗的打擊，將軍義澄一病不起，最終病死在近江國岡山(今.滋賀縣近江八幡市)。澄元爲了不被高國方得知義澄的死訊，下命嚴防泄密，但終於還是無法扭轉頹勢，澄元黨再次逃到阿波，尋求再起的機會。
在船岡山之戰獲得勝利的高國，靠着大內義興的強大軍事支持，以及前將軍義稙復位的好氣勢，暫時穩住了陣腳，幕府的統治也於永正八年(一五一一)底正式重新上路。在接下來的三十年裏，陷入分裂的管領細川家和將軍家都爲了打倒對手，以京都爲中心展開多次的驅逐戰、狙擊戰，可是，最終的結局卻是各方都意想不到的兩敗俱傷。
