哥白尼在1506～1515年間已經寫成“太陽中心學說”的提綱——《試論天體運行的假設》，可是《運行》一書卻直到1543年他臨終時纔出版。他在《運行》一書的“序言”裏提到這種情況時說：“在漫長的歲月裏，我曾經遲疑不決。”
哥白尼對於這本著作的出版，爲什麼要“遲疑不決”呢?原因就在於教會對這一新興科學理論的迫害。下面小編就爲大家帶來詳細的介紹，一起來看看吧!
早在哥白尼旅居意大利的時候，教皇亞歷山大六世就重新頌布聖諭，禁止印行未經教會審查的書籍，可疑的書籍一律焚燬。
1506年哥白尼從意大利歸國時，就親眼看到宗教裁判官對胡斯分子的血腥鎮壓，許多密謀聚會的人都被抓起來活活燒死。在哥白尼的一生裏，波蘭國境內至少進行過300次以上的宗教裁判活動。哥白尼也經常受到威脅和迫害，在他擔任弗隆堡大教堂修士的瓦爾米亞教區，他舅父務卡施大主教死後，幾個繼任的大主教都三令五申地“查禁邪教”並對修士們嚴加監視。他們認爲哥白尼是個“叛教者”，直到他臨終時，身邊還有上司所佈置的密探和姦細。
主使迫害哥白尼的，是波茲南宗教裁判官堆霍茲烏施，他是一個焚書的狂徒，後來升任波蘭大主教。他連哥白尼的親戚朋友都看成眼中釘，恣意迫害，其中包括修士亞歷山大·斯古爾捷特和女管家安娜。
斯古爾捷特雖是個修士，卻信奉無神論，自己不做聖功，別人做聖功他還嘲笑。他對哥白尼十分欽佩，兩人很快就成爲知己。這就引起霍茲烏施和新任主教揚·丹提謝克的猜忌。丹提謝克是個很陰險的傢伙，他看出如果《運行》出版，他所維護的神學殿堂就會土崩瓦解。於是，丹提謝克開始向哥白尼步步進逼。他首先要哥白尼和斯古爾捷特斷絕往來遭到哥白尼的嚴詞拒絕。斯古爾捷特後來遭到羅馬教廷拘捕。
不久，丹提謝克又根據弗隆堡教長的告密，強迫哥白尼和安娜脫離關係。哥白尼和安娜同居已近十年，感情很深。哥白尼向丹提謝克這個無理的要求提出抗議，丹提謝克胡說安娜已使哥白尼“失魂落魄”，爲了他的“靈魂得救”，他勒令安娜立即遷出弗隆堡。哥白尼在悲憤之下，幾次要扯下身上的僧袍，揚言要還俗。爲了使哥白尼的寫作工作能繼續下去，安娜忍痛離開了箭樓。不久，她又被驅逐出境。
這一期間，羅馬教廷對哥白尼的學說也很感驚慌。1533年，教皇克雷蒙七世曾叫人闡述“太陽中心學說”的基本原理。哥白尼學說的革命內容使教皇大爲震驚，他決定想辦法把哥白尼的手稿控制起來。1536年，一個紅衣主教寫信向哥白尼索取手稿，哥白尼拒絕了。
意大利天文學家伽利略(1564～1642年)曾經說過：“我一想起我們的教師哥白尼的命運，就感到心驚膽顫。”但是，教會的迫害並不能阻止《運行》的出版，哥白尼的鬥爭得到了不少人的支持。
1539年春天，一個青年學者帶着許多珍貴的書籍，千里迢迢地來到弗隆堡，拜哥白尼爲師。他就是德國威滕堡大學的數學教授列提克，後來成爲哥白尼唯一的門生。在列提克的鼓勵和支持下，哥白尼很快就振奮起來了。他們一起修訂《運行》的原槁，積極準備出版。這時，丹提謝克聽說哥白尼收留了一個“邪教徒”，就命令搜查修士們的住宅，看看“是否藏有充滿路德教派毒素的書籍”。
積極支持哥白尼出版《運行》的，還有他的朋友鐵德曼·吉哲，鐵德曼當初是弗隆堡的修士，早就瞭解哥白尼並一直支持他的科學研究工作。後來，鐵德曼升爲柳瓦巴教區的主教。他看到哥白尼的困境，就邀請哥白尼和列提克到柳瓦巴教廷作客，以便他們集中精力完成定稿工作。丹提謝克立即對鐵德曼進行恫嚇，宗教裁判官霍茲烏施還說在鐵德曼的著作裏發現了什麼“荷蘭邪教”，企圖加罪於他。
這時，哥白尼的學說在社會上也引起了不少的非難。新教徒(路德派)比舊教徒更爲敵視哥白尼的學說。馬丁·路德曾挖苦說：“這個傻瓜想要推翻整個天文學!”《宗教宣言》的執筆人菲利普·梅蘭赫東也指責哥白尼“不顧眼前的事實而想入非非。”
在埃爾布郎格城裏還上演了一幕鬧劇。它諷刺一個裝腔作勢的天文學家把自己的著作鎖在櫃子裏，滿嘴胡言亂語，最後被魔鬼套上大車送進了地獄。這個劇本當然是影射哥白尼的。原來，哥白尼那篇闡明當時連續出現彗星完全是大自然的現象、和人們的生活毫不相干的論文的發表，得罪了教會，教會就採取這種卑鄙的伎倆對哥白尼進行公開的侮辱。
儘管環境很險惡，哥白尼並沒有妥協。1541年，他最後下決心將他的著作複印。
哥白尼將他幾十年來心血的結晶——《運行》的手稿，交給他的朋友柳瓦巴教區的主教鐵德曼，鐵德曼又轉交列提克。列提克因被來比錫大學請去教書，便將這本書的出版工作交給他的朋友、紐倫堡的一個出版商奧塞安德爾。奧塞安德爾曾學過天文學，他在領袖梅蘭赫東的授意下，竄改了原稿，刪減了哥白尼學說的一些內容，力求使科學遷就當時社會的舊有認識。
1543年5月24日，當這部鉅著印好並送到弗隆堡時，久病的哥白尼已危在旦夕。御醫梭爾法把書放到被子上，並把哥白尼的手放到書上，哥白尼用他的無力的手痙攣地抓住書本。哥白尼已到彌留的時刻，一小時以後他就與世長辭了。
《運行》帶着遍體鱗傷，在人世間流傳了300多年。
直到19世紀中葉，《運行》的原稿纔在布拉格一傢俬人圖書館裏被發現。1873年，出版了增補哥白尼原序的《天球運行》，有關原子說的章節仍未補入。1953年，《天球運行》出第四版時，才全部補足原有的章節，這時哥白尼已經逝世了410年。
