清朝實施的“養廉銀政策”從正式實施開始就埋下了一個很大的隱患，即“養廉銀”來源是“耗羨銀”，而耗羨銀本身並不是朝廷的正項收入，所以從本質上來說，養廉銀是通過徵收耗羨銀的方式把財政壓力轉移到老百姓身上，從而加重人民的負擔。養廉銀政策實施之初，雍正帝就明確認識到了這一點，他所提出本來是在收取錢糧的時候增加耗羨收入就是不合理的，因爲原本就不該有這項收入。因此希望在後期可以把這項不應該有的徵收給廢除。在耗羨歸公的政策開始實施後，這項政策則必然會成爲朝廷的正項收入，但同時也會帶來徵收耗羨之外又增加耗羨的問題。
雍正帝在實施耗羨歸公的政策時，就始終堅持要儘可能的在全國範圍內減少耗羨的徵收比率，以此來減輕人民的壓力，因爲即使是一成比率的徵收標準，對於民衆來說都是十分沉重的。所以養廉銀在實施的時候就一直面臨着財源不合理的問題，究極原因，還是將原本應該由國家財政支出的養廉銀數額轉嫁到人民的身上，把原本任意濫徵的耗羨銀以國家規定的形式變成公開的徵收，由此也從根本上預示着養廉銀製度並不能實現長久養廉的目的。
養廉銀在實施的之初，雍正帝的想法是暫時用來解決耗羨濫徵的問題，所以，這也僅僅是爲了懲治腐敗的一種權宜之計。通過養廉銀政策的實施，使得國庫開始逐漸充盈起來，從而也大大限制地方官員受衆的權力，爲雍正帝整頓朝廷腐敗提供了很大幫助。雍正帝提出：
“提解火耗，原一時權宜之計……各省火耗自漸輕以至於盡革，此聯之深願”，“不治其本則貧。不此之圖，而兢兢於耗羨，所謂治其標者也。”
由於雍正皇帝在養廉銀實施初期的時候就想着是一種暫時實施的政策，所以在執行中使得養廉銀在實施過程中面臨着一系列的尷尬境地。首先來說，因爲這本身是一種權宜之計，所以養廉銀整體上並不完善，缺乏一套完整的實施、監察體系。其次，養廉銀在實施中也有着“掛羊頭賣狗肉”的弊端，並不能從根本上解決耗羨徵收給人民帶來的壓榨。
在該政策實施的初期，養廉銀在全國範圍內都取了比較好的效果，所以在實施中漸漸背離僅僅是“權宜之計”的初衷，使得養廉銀在實踐中並不能真正地做到“養廉”，從而爲養廉銀立法的失敗埋下了伏筆。
養廉銀在實施過程中所面臨的首要問題還是財源的不合法，因爲它本身並不是朝廷收入的正項來源，所以這也自然會存在一定的問題，嚴重違背了公正原則。要知道，公正原則是一切制度實施的前提和基礎，只有滿足了公平公正這一原則，才能談及其他。但很多人歷來都對公正有着一定的誤解，認爲公正僅僅是統治者用來維持地位的工具而已。但其實並不是這樣，公正是在實踐中代表着大多數人的利益，並不是社會羣體中所有成員利益的簡單綜合，或者是僅僅反映統治階級的意志而已。不論在什麼時候，公正都是各種利益羣體競爭協調後的結果，他能夠反映大部分人的利益。
當然了，我們不可否認的是，在實踐過程中，統治階級也會利用公正達到其統治的目的，但這同時也會在一定程度上損害到其他羣體的既得利益。但我們也要注意的是，在這個過程中，統治者並不能無限剝削其他羣體的利益。
因此，如何把握公正的合理限度，讓公正最大的發揮其效用是歷朝歷代的統治者都必須要考慮的問題。如果在實踐中超過其應該把握的度，統治者可能就會受到物極必反的反噬，從而也無法達到最初預期的目標。只有把握合理的限度，才能使得公正真正得以存在。
在官員俸祿中，公正原則本來就體現在財源的問題上，畢竟國家的運轉、公共事務的運行都需要依靠國家的稅收來加以支撐。對於國家而言，稅收肯定是越多越好，但是在實踐中必須要把握好稅收的度;如果稅收過高，那麼就會增加人民的生活負擔;但如果稅收過低，那就會導致國庫虧空、國家難以運轉。養廉銀在實施過程中，其財源並不是國家的正稅收入，而是在正稅之外，向人民多徵收的錢財，因此缺乏公正的理論基礎。缺乏公正的支撐，註定養廉銀的實施並不是一個長久之計。
因此，高薪養廉在實踐過程中，不應該通過各種方式轉嫁到底層人民身上，而應該用國家財政支出，這樣才能解決財源來源的不合法的問題。所以由此我們可以看出，高薪養廉在實踐中給官員多少的工資，應該與國家財政負擔相結合，並不能一味地提高官員的工資而不考慮自身的財政壓力。
當然了，除了財源來源不合理之外，耗羨徵收的方式也極其不合理。
根據相關史料記載，養廉銀從山西推廣到了全國之後，所使用的模式都是一樣的，首先是把耗羨從各個地方統一收集到“司庫”，然後再從司庫向各個地方發放。這樣做的好處就是限制了地方官員在進行耗羨徵收時候的自由裁量權，同時還可以在全國範圍內調整不同地區的養廉銀數額。各地提解後再發放的一個弊端是無法阻斷領取養廉銀和耗羨銀人員之間的聯繫，往往收取俸祿的人員是各地領取養廉銀人員的下屬，而這其中就會存在着一定的問題。
雍正帝時期所採取的統一提解後發放的模式會費時費力，在這個過程中，也增加了一定的開銷，因此，乾隆時期對養廉銀的收取發放模式進行了調整。當時，州縣以下的養廉銀不再採取統一提解發放的模式，而是直接就近收取發放，這樣能夠在很大程度上解決了養廉銀費時費事的弊端。
從這裏我們可以看到，乾隆時期就近發放養廉銀是有一定合理之處的，但是其中存在的弊端更大，因爲養廉銀的實行者和利益享有者是一體的，中間也就沒有什麼阻擋。通過法學原理可以更好地理解這個方法存在的弊端。一般而言，公共利益是公權力存在的基礎，不能讓權力主體直接接觸到利益內容，否則就很容易造成腐敗。
監督在抑制腐敗非常有效的方法，就是把權力主體和利益內容給阻斷開，在二者之間建立起一個屏障，以此來防止腐敗問題的發生。所以顯然，養廉銀立法在這方面就是有缺陷的。封建體制在實踐過程中存在很多的問題，同時官僚集團在歷朝歷代中都有很大的地位和勢力，所以養廉銀就近發放則會導致很多的腐敗問題，嚴重背離了養廉銀設立實施的初衷。
乾隆時期，很多地方的督撫會以各種各樣的理由將收取上來的養廉銀私吞，所以事實上州縣官員所獲得的養廉銀其實只有一半而已，甚至有時候一半都沒有。督撫的做法使得國家對養廉銀的管理和把控存在着很大的問題，其中，很多州縣官員負責養廉銀的收取，但他們往往把養廉銀一部分私自扣留，將剩餘的部分才上交給國家。由此可見，布政司把養廉銀髮給各州縣以後，州縣實際上就已經獲得了養廉銀。
此外，養廉銀在實踐過程中還存在着一個問題，即能獲得養廉銀的官員是很有限的，並不是所有的官吏都可以領取養廉銀。當時只有地方官員纔有這個資格，一些地方官員並不具備這個資格;不僅如此，他們所領取的工資也非常低，還沒有補貼，養廉銀的實施阻斷了他們從耗羨中獲得的好處。養廉銀在實施之後，地方的一些官吏一般採取其他各種各樣的方式向百姓收取費用，從而使得老百姓的負擔並沒有因爲養廉銀製度的實施而減輕，甚至還加重了!
