這個問題，在明代史料當中，其實是清晰的。官修《明史·日本傳》裏說：“大抵真倭十之三，從倭者十之七”。《嘉靖實錄》裏也說：“蓋江南海警，倭居十三，而中國叛逆居十七也。”這是嘉靖時代關於“倭寇”的官方說法——倭人佔十分之三，中國人佔十分之七，倭人占主導地位。
內部奏摺中的說法，略有不同。南京湖廣道御史屠中律，曾對皇帝說：倭患的起源，是沿海“奸民”想要跟番邦作生意，雖稱倭寇，“其實多編戶之齊民也”。參與剿倭的將領王忬，也向皇帝報告：據他調查，“倭寇”頭領約有百餘人，其中“雄狡著名”者，都是本國之人，如“徽州王五峯(王直)、徐碧溪、徐明山，寧波毛海峯、徐元亮，漳州沈南山、李華山，泉州洪朝堅”等。另一剿倭名將胡宗憲，根據實際調查，編寫了一本《籌海圖編》，其中列出十四股勢力最大的“倭寇”，其頭目同樣全部是中國人。也就是說，在所謂的“倭寇”內部，中國人不但在人數上佔了絕對優勢，也同時牢牢把握着領導權。
事實上，“倭寇”這種稱呼，在嘉靖年間已經產生了不小的爭議。身處抗倭第一線的基層將領萬表，就對從地方到中央都在“混言倭寇”的做法非常不滿，萬表說：海賊大頭目王直、徐碧溪的親屬子侄，都住在杭州等地，逍遙法外;王直等賊寇四處荼毒生靈，地方官卻每每上報說是“倭寇”進犯，真是自欺欺人。浙江慈溪知縣薛應旂也說：稱呼海賊爲“倭寇”，是中了海賊之計。海賊中雖有倭人，但“主謀響導”者仍是“中國之賊”，這些人假冒倭寇，藏匿身份，是爲了保護自己的親戚族人不受牽連。
表中倭寇名錄，出自陳懋恆《明代倭寇考略》。該書彙集數十種史料與地方誌而成，對倭寇資料的整理頗爲全面。由表中可知，“倭寇”中的主要頭目，清一色都是中國人，次要頭目中，日本人所佔據的比例也不高
表中倭寇名錄，出自陳懋恆《明代倭寇考略》。該書彙集數十種史料與地方誌而成，對倭寇資料的整理頗爲全面。由表中可知，“倭寇”中的主要頭目，清一色都是中國人，次要頭目中，日本人所佔據的比例也不高
之所以會產生這種以中國人爲主體的“倭寇”，與明代嚴厲的海禁政策有很大關係，其中，1529年停止中日貿易，可以說是一個重要的政策節點，正是從這一年開始，“倭患”愈演愈烈。對此，嘉靖朝官員唐樞，有一句很精闢的總結：“寇與商，同是人也。市通則寇轉而爲商，市禁則商轉而爲寇。”
因爲有這種背景，“倭寇”的行爲就常常顯出一種複雜性。譬如，大頭目王直，在地方政府默許其對日通商時，曾一度積極參與抓捕真倭寇;而當地方政府改變態度後，王直又轉做海賊，招募日本浪人打出了“倭寇”的旗幟。民心也同樣遊移不定。萬表感慨：杭州的店家，明知對方是海賊，仍然“任其堆貨，且爲打點護送”;地方百姓，對待賊寇，也“或送鮮貨，或饋酒米，或獻子女，絡繹不絕”;時人記載，漳州一帶的假“倭寇”回鄉，“皆雲做客回，鄰居皆來相賀”。南京刑部尚書王世貞的說法最誇張：“自節帥而有司，一身之外皆寇也”——除了督撫將帥，所有人都是賊寇。
簡言之，戚繼光時代，所抗擊的“倭寇”：1、大部分是中國人;2、有倭人摻雜其中，但不掌握領導權;3、明代史料清晰記錄了“倭患”真相，明朝官方仍長期沿用“倭寇”這個說法，與海禁政策有很大關係。一方面，官方不願承認動亂的源頭是海禁;另一方面，把動亂歸因爲“倭寇”，又適足以強化海禁的合理性。
這種“歷史真相”與“現實需要”之間的裂痕，在明代滅亡之後，曾一度消失。至近代，因中日兩國關係的變化，裂痕又再次出現。在30年代的日本學術界，大致存在兩種傾向，一種，是按照“皇國史觀”，將“倭寇”描述成日本人輝煌的海外發展史，而無視16世紀的日本政府也站在“倭寇”的對立面;另一種，則基於“中日親善”的需要，有意識地強調中國人在“倭寇”中佔有主導地位。
反倒是中方的一些學者，在30-50年代，並未因現實中遭受到了日本的侵略，而曲解歷史。如杜鳴治30年代的研究認爲：因賦稅繁重，海禁嚴厲，嘉靖年間，“奸民冒倭人旗幟，羣起爲寇”，“上自官吏，下至富商大賈，沿海居民皆與倭通。”范文瀾在40年代的著作中也說：“中國奸人卻佔大多數”，“嘉靖時代的倭寇，明朝應負激成禍亂的主要責任。”50年代，又有史學家尚鉞、吳晗等人，認爲嘉靖年間的“倭寇”，其實是一場內亂，乃是“東南沿海工商業實力人物”和“明王朝統治階級”之間的鬥爭，“把這次戰爭看作是單純的日人的侵略，而忽視了中國商人的主導地位是不合事實的。”遺憾的是，因爲衆所周知的原因，上述研究成果，很快就被遺忘了。
自80年代至今，“倭寇”問題仍在不時牽動着中國的對日民族情緒。2005年，曾有網民赴安徽歙縣，砸毀了明代“倭寇”頭目王直新修的墓碑，理由是：王直乃勾結倭寇的“漢奸”、“民族敗類”。由中日兩國政府主導的“中日共同歷史研究”項目中，兩國學者在“倭寇”問題上的表述，也存在微妙的差異。日方報告的說法是：“倭寇對中國社會來說並不是一種外部存在。……無論其首領，還是其成員，多數是中國人;地方有勢力者(鄉紳階層)與倭寇勾結，插手走私貿易。……1567年海禁解除，消除了倭寇出現的根本原因。”而中方報告，則迴避了對“倭寇”內部成員、權力構成的描述，僅簡單稱之爲由日本人和中國沿海商人、海盜聯合組成的“海商武裝集團”。
