萬曆年間，顧憲成在東林學院講學，一批下野官吏紛紛追隨，因而有東林之名。朝中趙南星等大臣也遙相呼應。漸漸形成東林黨。
天啓帝即位後，令東林黨人主掌內閣、都察院及六部，東林黨勢力較大，衆正盈朝。楊漣、左光斗、趙南星、高攀龍、孫承宗、袁可立等許多正直之士在朝中擔任重要職務，方從哲等奸臣已逐漸被排擠出去，吏制稍顯清明。在東林黨人的輔佐下，天啓帝迅速提拔袁崇煥。
天啓二年，下詔爲張居正平反，錄方孝孺遺嗣，優恤元勳，給予祭葬及諡號。在對待西方佔據澳門問題上，態度強硬，多次與荷蘭殖民者在澎湖交戰，並且獲勝。且有罷礦監、安撫遼東的之舉。
總而言之，天啓初年，東林黨勢力龐大，凡是反對他們的，都被斥爲邪黨。
樹大招風，物極必反。東林黨激進的言行，使得有些人頗爲不滿，其中有齊、楚、浙三黨頗爲強勢。於是東林黨與非東林黨的紛爭迭起。魏忠賢得勢之後，聯合非東林黨的各派人士，形成“閹黨”，直接對抗東林黨。
天啓三年，魏忠賢執掌東廠，用閹黨的勢力制衡風頭正盛的東林黨。
天啓四年，李應升、霍守曲、劉廷佐、沈惟炳等大臣進諫，矛頭直指魏忠賢。魏忠賢矯詔斥責四人，導致東林黨的代表人物楊漣憤恨不已，他挺身而出，彈劾魏忠賢二十四條大罪。魏忠賢跑到天啓帝面前哭訴，客氏也爲他辯解。
天啓帝畢竟心軟，見乳母近臣都這麼說，於是下旨斥責楊漣。東林黨人魏大中等七十餘人紛紛上疏指責魏忠賢。葉向高與翁正春建議天啓帝罷免魏忠賢，遣他出宮，以平息衆怒。然而天啓帝怒了，不但不願意被逼辦事，甚至同意宦官王體乾提出的恢復廷杖的建議，用以威脅朝臣。楊漣、左光斗、魏大中等東林六君子先後枉死。
這次黨爭尚未結束，熊廷弼、王化貞兵敗遼東，廣寧失陷的消息就傳來了。本來輕舉妄動的是王化貞，兵敗廣寧的也是王化貞。但是，熊廷弼與東林六君子私交不錯，這就導致了魏忠賢要對付他。最終，熊廷弼與王化貞同一命運，都被處死。
