太平天國內部的紛爭並非僅僅在蕭朝貴和馮雲山死後纔開始，實際上即便在他們在世時，這種情況也存在。那麼如何能夠看出這一點呢?實際上，早在楊秀清發動金田起義之前的一次生病事件中，就能夠窺見端倪。
在蕭朝貴執政期間，他採取了三種手段來打擊和控制楊秀清：
首先是直接下令。1850年8月1日，蕭朝貴在平南鵬化山約楊秀清一起對抗妖魔之後，直接下令楊秀清：“四哥，你先回去吧。我會停留幾日，先制服這些妖魔，然後再回來。”從中可以看出，蕭朝貴已經具備直接命令和控制楊秀清行動的能力。
其次是詆譭和中傷。在楊秀清病重期間，有關他是否能夠繼續擔任東王的私下議論在上帝會內蔓延：“未識皇上帝之聖心，皆私議東王幾成病廢，以致有不知尊敬東王，反爲裹讀東王”。楊秀清的名聲因此受到嚴重損害。這種輿論引導只能是蕭朝貴所爲，而這種輿論也只有在蕭朝貴的默許下才能存在。
最後是孤立和壓制。8月20日，楊秀清病重期間，韋昌輝受洪秀全之命希望將楊秀清帶到花洲養病，但蕭朝貴立即拒絕，並接連以“不去得’夕、“總不去得”、“總不妨”等話語拒絕釋放楊秀清。很明顯，蕭朝貴之所以拒絕楊秀清離開的主要原因是爲了孤立和控制楊秀清，防止他與洪秀全、馮雲山以及地方勢力結盟，同時確保金田作爲上帝會的總部和指揮中心的地位穩固。
