1939年8月23日，“凱利”號加入現役。9月3日英國對德國宣戰，第二次世界大戰爆發。“凱利”號奉丘吉爾的命令，前往法國，將溫莎公爵夫婦接回英國。
1939年10月，“凱利”號奉命北上挪威海域，爲英國和挪威之間的HN和ON運輸船隊提供護航。在這段時期，蒙巴頓發明了被稱爲“蒙巴頓粉紅”的海軍迷彩。
1940年3月9日，在從蘇格蘭前往卑爾根的ON-17護航隊中，“凱利”號和南下的HN-17護航隊中的“廓爾喀”號驅逐艦在挪威沿海的大雪天氣中發生碰撞事故。兩艦受損都不嚴重，各自駛到了原定的目的地。在船塢中檢修時發現，“廓爾喀”號艦尾的螺旋槳保護架將“凱利”號的艦首戳開了一個口子。英國海軍部對這次碰撞事件進行了訊問，但由於當時海面狀況惡劣，因此兩艦艦長都沒有受到處罰。
1940年5月9日，蒙巴頓率領第五驅逐艦分隊在英吉利海域巡邏，接到巡邏機發回的報告，稱發現一支德國佈雷船隊。蒙巴頓聞訊後率“凱利”號、“坎大哈”號(HMS Kandahar)以及“大斗犬”號驅逐艦(HMS Bulldog)去搜捕敵艦。當天晚上23點45分，德國海軍S-31號魚雷艇向“凱利”號發射了兩枚魚雷，將其炸傷。在“凱利”號大修的時間裏，蒙巴頓將旗艦轉移到“標槍”號(HMS Javelin (F61))驅逐艦以指揮第五驅逐艦分隊，在11月和德國海軍發生戰鬥，“長矛”號受創，而德艦無一損失，蒙巴頓因此受到指責。
1941年4月，第五驅逐艦分隊調到地中海。在5月的克里特戰役中，“凱利”號在5月23日上午遭到大批德國飛機轟炸，最終被炸沉，128名艦員遇難，包括蒙巴頓在內的38人倖存。“凱利”號沉沒後，蒙巴頓奉命前往美國，就任“光輝”號航空母艦艦長。當時該艦正在美國大修。
1941年10月，蒙巴頓被丘吉爾召回英國，被指定爲“聯合作戰司令部”的領導人，負責制訂兩棲聯合登陸作戰的計劃。蒙巴頓被提升爲海軍准將，並在1942年被同時授予海、陸、空三軍的中將軍銜。蒙巴頓的職權包括擔當聯合作戰的技術顧問;負責訓練計劃，創辦訓練學校;研究各種聯合作戰戰術，從小規模突襲到大規模兩棲作戰;指導和監督聯合作戰所需技術裝備的研製和發展。
蒙巴頓擔任聯合作戰司令後，對德國目標發動了一系列的突襲，包括1941年10月用傘兵摧毀挪威瓦格索的重水工廠;1942年2月襲擊法國沿海的德國雷達站;1942年3月對德國佔領下的法國聖納澤爾港的突擊;以及同年5月英國和南非軍隊在迭戈-蘇亞雷斯港實施登陸，對維希法國統治下的馬達加斯加島進行“預防性佔領”。
1941年6月22日蘇德開戰後，以及美國參戰後，斯大林不斷要求英國和美國在西歐大陸開闢“第二戰場”。爲了進行登陸戰術驗證，同時向蘇聯表明盟國尚沒有實力開闢陸上戰場，丘吉爾指示聯合作戰司令部，設法在法國北部搞一次較大規模的兩棲登陸突襲。突擊計劃在1942年5月擬好，當時的行動代號叫“開轍犁行動”(Operation Rutter)，後來改成了“50年節行動”(Operation Jubilee)，突襲的地點選在了法國北部的迪厄普。
1942年8月18日上午10時，蒙巴頓下令開始實施登陸行動。由於情報泄露、準備不充分等多方面原因，登陸部隊在8月19日上岸後不久即被德軍擊敗。
1943迪厄普突襲失敗後，爲掩蓋盟軍在西西里島登陸的企圖，英國海軍情報處展開了代號爲“肉餡”的欺敵活動，誘使希特勒認爲盟軍的下一步目標是佔領撒丁島以及希臘。蒙巴頓配合海軍情報處的行動，親筆撰寫了欺敵行動所需的信件。西西里登陸成功後，蒙巴頓和丘吉爾前往加拿大的魁北克，參加美英首腦的“四分儀”會議，在這次會議上，他被任命爲盟軍東南亞戰區(SEAC)最高司令官，協調這一戰區的海、陸、空軍聯合作戰，軍銜被提升爲海軍上將。
1943年10月6日，蒙巴頓抵達新德里，正式就任東南亞戰區最高司令，協調指揮中國-緬甸-印度戰場的各場戰役。在他指揮下，盟軍先後在若開戰役、英帕爾戰役、科希馬戰役中擊敗日軍的進攻，並於1945年初在緬甸發動了反攻，緬甸成爲除菲律賓以外盟軍在日本宣佈投降前唯一“收復”的殖民地。
1945年9月12日，蒙巴頓在新加坡市政廳舉行了盟國東南亞戰區的正式受降儀式。
戰爭結束後，蒙巴頓的軍銜由戰時海軍上將和陸空軍中將變爲海軍少將。
1946年1月2日，被任命爲地中海艦隊第一巡洋艦隊司令。
1946年8月23日，爲了獎賞蒙巴頓在整個戰爭期間的功勞，特別是作爲盟軍東南亞戰區總司令在緬甸擊敗日軍的戰績，被英王喬治六世封爲緬甸的蒙巴頓子爵。
1947年10月28日加封緬甸的蒙巴頓伯爵和羅姆塞男爵。
印度總督
1946年12月18日，英國內閣決定由蒙巴頓出任最後一任印度副王兼總督(Viceroy and Governor-General)。
1947年3月22日，蒙巴頓夫婦抵達新德里，於3月24日即位。
二戰結束後，由於中國、朝鮮、越南、印尼等遠東國家和殖民地相繼爆發了共產主義革命或反西方的民族獨立運動，決心儘快給予印度獨立地位的英國工黨內閣採取了多項準備工作，加快了印度獨立的進程，第一步是推進印度的憲政改革，將更多的權力分散到印度人(印度教徒和穆斯林)手中。第二步是宣佈英國政府將不再充當決定印度前途的角色，只起協調和維護印度法律與秩序的作用。甘地、以及印度國大黨領袖尼赫魯和帕特爾等人都希望建立一個統一的印度國家，蒙巴頓也贊同印度統一建國，以便扶植建立一個親西方的亞洲大國，抗衡東亞和東南亞的共產革命浪潮。而全印度穆斯林聯盟領袖真納則希望成立單獨的巴基斯坦國，並以發動內戰相威脅。1947年4月10日，談判最終破裂，爲避免內戰爆發，蒙巴頓在印度國大黨同意分治的前提下，開始制訂印巴分治方案，即《蒙巴頓方案》。5月13日，蒙巴頓將擬好的方案發給印度臨時內閣討論。6月3日晚上7點，蒙巴頓在全印廣播電臺發表講話，闡述了英國政府戰後對印政策的一貫主張以及國大黨與穆斯林聯盟之間的分歧，然後全文宣讀了《蒙巴頓方案》的內容。
決定印巴分治後，蒙巴頓對當時印度半獨立的565個土邦國進行了大量勸說工作，勸其加入印度(國大黨只允許6個土邦加入巴基斯坦)，而不要選擇獨立。經過勸說，絕大多數土邦與印度簽署了合併協議，只有海德拉巴和克什米爾兩個土邦希圖保持獨立地位。海德拉巴後於1949年被印度出兵佔領，克什米爾則被印度和巴基斯坦分佔。
1947年8月14日，蒙巴頓在卡拉奇主持了巴基斯坦獨立儀式，隨後又於8月15日在新德里主持了印度獨立儀式。原英屬印度帝國變爲印度自治領後，蒙巴頓的“副王”頭銜也被取消，但他被印度聘請爲獨立後的第一任總督(巴基斯坦自治領總督由真納擔任)。
國防參謀長
1948年6月20日，蒙巴頓辭去印度總督職務，返回英國，重新擔任地中海艦隊第一巡洋艦隊司令。
1950年6月，已經被晉升爲海軍中將的蒙巴頓調離地中海艦隊，就任第四海務大臣，負責皇家海軍的補給、軍餉和後勤工作。
1952年5月，蒙巴頓被任命爲地中海艦隊總司令。
1955年3月21日至1959年，蒙巴頓出任皇家海軍第一海務大臣。
1956年，晉升爲海軍元帥。
1959年5月22日，麥克米倫任命蒙巴頓元帥爲國防參謀長和參謀長委員會主席，成爲英國武裝力量的最高專職統帥。
晚年生活
1965年6月30日，蒙巴頓從國防參謀長職位上退休。他退休後居住在英格蘭南部，漢普郡羅姆塞(Romsey)的布羅德蘭茲莊園(Broadlands)。由於蒙巴頓在歐洲王室有衆多親戚，在英聯邦和美國軍界也有衆多故交，因此他退休後經常成爲英國的非官方特使，出訪外國，參加外交活動，例如1973年出席瑞典國王古斯塔夫六世的國葬、1974年訪問中國、1975年出席尼泊爾國王比蘭德拉的加冕典禮等等。
1965年11月11日，羅得西亞自治領(今津巴布韋)的白人總理伊恩·史密斯(Ian Smith)宣佈單方面獨立，建立白人少數政權。蒙巴頓作爲英國政府特使派往羅得西亞，與反對單方面獨立的漢弗萊·吉布斯總督一道建立一個聯合抵制運動，有可能的話，蒙巴頓使團將聯合羅得西亞軍隊中忠於英國的高層軍官，發動一場推翻種族主義政府的軍事政變。蒙巴頓雖然表示同意，但是對其可行性提出置疑。11月26日，羅得西亞政府軟禁總督，英國飛機被禁止降落，切斷了同英國的一切聯繫，“蒙巴頓使團”方案無疾而終。
1966年1月，代表英國女王參加印度總理夏斯特里的葬禮。
1968年，蒙巴頓牽涉到英國國內的一場政變傳聞中。5月5日，他的朋友休·卡德利普(Hugh Cudlipp)把英國傳媒巨頭、MI5的祕密代理人塞西爾·金(Baron Cecil King)、以及英國政府首席科學顧問朱克曼請到布羅德蘭茲莊園，一起討論如何振興國家精神的問題。金告訴蒙巴頓，在英國國防部、三軍和情報部門中，已經形成了一個反對工黨政府的右翼軍官集團，如果蒙巴頓同意出面做最高領袖，他們將動員國防部的少壯軍官集團和桑赫斯特軍校的學員，在倫敦發動突然襲擊，派出機槍封鎖道路並實行戒嚴，逮捕威爾遜首相和其他工黨要員，並將其遞交軍事法庭，以審判其“叛國罪”。蒙巴頓勳爵，以其在軍隊和國民中的崇高聲望，將成爲“救國政府”(Government of national salvation)的最高獨裁者。雖然蒙巴頓拒絕參加政變，但此事後來被當事人披露，引起公衆譁然。
1970年10月，在美國《時代》雜誌上發表文章，反對製造和部署戰術核武器。
1973年9月，代表英國女王參加瑞典國王古斯塔夫的葬禮。
1974年，訪問中國。
1975年，訪問蘇聯。
1979年8月27日，在“陰影V”號遊船上被愛爾蘭共和軍放置的炸彈炸死。終年79歲。
蒙巴頓在晚年參加了記錄片《海軍元帥蒙巴頓伯爵的時代和生平》的拍攝工作。由於身爲王室中年齡最大的政治家，他還是菲利普親王和查爾斯王子的精神導師，與查爾斯王子互稱“我的名譽祖父”和“我的名譽孫子”。
退休後的蒙巴頓喜愛到愛爾蘭斯萊戈郡的馬勒莫(Mullaghmore)度假。由於該地位於愛爾蘭和北愛的邊界，經常被用作愛爾蘭共和軍的藏身地，所以愛爾蘭和平衛隊(國家警察)早就對蒙巴頓發出數次警告，指他有被謀殺的可能，但蒙巴頓沒有重視。
1979年8月27日，蒙巴頓攜家人在馬勒莫小碼頭乘坐“幻影五號”遊艇捕蝦。一名愛爾蘭共和軍成員，托馬斯·麥克馬洪(Thomas McMahon)，早時趁船上無人值守時安裝了一枚重達50磅(23千克)的炸彈，隨後當蒙巴頓一家都上船後，麥克馬洪引爆了在船上的的炸彈。蒙巴頓的雙腿被幾近炸斷，雖然他很快就被附近漁民救起，但在上岸之前就因傷重而死，終年79歲。同船身亡的還有他14歲的雙胞胎外孫之一尼古拉斯·納奇布爾，他女婿的母親布拉伯恩女爵，以及船上的15歲愛爾蘭籍少年船員保羅·麥克斯韋爾。隨船的蒙巴頓長女帕特里夏和丈夫的兩腿都被炸斷，但兩人均存活。愛爾蘭共和軍則迅速表示對此事負責，且宣稱處決蒙巴頓是“爲了吸引英國民衆對英國政府持續侵佔北愛爾蘭行爲的關注”。新芬黨當時的副黨魁蓋瑞·亞當斯則稱愛爾蘭共和軍對蒙巴頓的謀殺行動“恰恰是蒙巴頓一生都在對他人做的事”。
刺殺蒙巴頓的當天，愛爾蘭共和軍還對在北愛爾蘭唐郡沃倫點行軍的英國陸軍發動大規模襲擊，共18名英軍士兵喪生，包括16名傘兵團的士兵和一名英軍中校，且6人受重傷。是次襲擊被稱作沃倫點襲擊，併爲北愛爾蘭衝突中傷亡人數最嚴重的一次衝突。
1979年9月5日，蒙巴頓勳爵的國葬儀式在威斯敏斯特教堂舉行。這是1965年丘吉爾去世後英國最大的一次國葬，出席葬禮的除了英國王室全體成員外，還有荷蘭、比利時、盧森堡、丹麥、瑞典、挪威、西班牙、摩納哥等國的君主，保加利亞、羅馬尼亞、意大利等歐洲戰敗國以及希臘的前國王，以及美國、法國、印度、加拿大、澳大利亞、新西蘭、尼泊爾、菲律賓、南斯拉夫等國的君主、總統特使或政府代表。按照蒙巴頓生前特地聲明的願望，沒有邀請日本人出席葬禮。國葬儀式後，蒙巴頓的靈柩被運回羅姆塞，安葬於羅姆塞修道院的墓室中。
刺殺蒙巴頓的兇手麥克馬洪在1979年底被控謀殺罪，不過在1998年依據貝爾法斯特協議中的條例被釋放。他至今仍然住在愛爾蘭，且未對蒙巴頓的死表有任何歉意，僅爲兩名少年的死表示懊悔。
