阿伊努在明治時期以後受到了嚴重的制度化歧視。1868年，江戶幕府的末代將軍德川慶喜把國家大政奉還給明治天皇，日本歷史上的明治時期正式展開。1869年，明治天皇遷都江戶，並將新都改名爲東京。同年，在沒有任何正式協商的情況下，阿伊努人所居住的“蝦夷”被正式納入日本的行政範圍內，同時也被改名爲“北海道”。再一年，現代的戶口登記制度在北海道正式實行，所有的阿伊努人從那時候起在行政上都成了日本人。在這之後，日本政府不但沒收阿伊努人的土地，同時還將這些土地撥給新遷入的日本移民，以便鼓勵這些新移民對北海道的開拓工作。過了沒多久，北海道的人口就超過了100萬人，該地的原住民阿伊努人在自己的土地上反而成了少數民族。
明治時期的日本政府，對阿伊努人進行種種的同化，阿伊努民族長期以來的生活習慣都受到官方的禁止，成爲和人眼中的“舊土人”，被迫強行接受日本人的生活習慣。1899年，日本政府制定“北海道舊土人保護法”，其表面上的目的雖然是爲了救濟阿伊努人和傳授農業知識，但是在將他們定義爲“舊土人”的同時，卻也造成了對阿伊努人的制度化歧視，將他們刻意與“和人”做區別。
1899年頒佈的《北海道土著保護法案》，將明治時代對阿伊努的歧視正式合法化，否認了阿伊努的土地所有權，並授予北海道地方官以管理阿伊努公共資金的全權，阿伊努由此開始依附於日本國的社會福利。後來法案雖修改過幾次，但很多阿伊努人仍然對其表示反對，法案的標題用“kyudo-jin”(意爲“泥土”或“土地”之人)來形容阿伊努人，招致直接的批評，造成的後果是，很多阿伊努的後代由於害怕在住房，上學和就業上遭受歧視，隱藏起少數民族身份。據估計共有約10萬阿伊努人，其中僅有2.5萬人公開承認自己的身份。
20世紀80年代，阿伊努各族羣提出廢止這一法案的要求，1998年日本政府用一部新的法案取而代之，新法案規定，政府資金將用於阿伊努研究，阿伊努語言文化的推廣，以及改善學校中阿伊努的傳統教育。
