順治時期，改皇太極時期所建內務府爲十三衙門，但康熙帝繼位後，將其裁撤，重設內務府。內務府衙門當時分“內務府堂”(簡稱“堂上”，又稱“本府”)及所屬“七司”、“二院”等，總機關稱“總管內務府衙門”。其最高官員爲“總管內務府”。所屬“七司”是：御用監，係爲內務府掌管府藏及出納總彙的機構;尚膳監，掌內務府所屬武職官的銓選、任用及圍獵、捕魚之事，順治十八年改爲採捕衙門;鐘鼓司，掌內廷禮樂並考覈太監品級，順治十三年改爲禮儀監，順治十七年又易名爲禮儀院;內官監，管理內務府帑項出納及莊園地畝之事，順治十七年易名爲宣徽院;惜薪司，掌宮廷繕修工程事務，順治十八年易名爲內工部;三旗牛羊羣牧處，掌牛羊畜牧事務;尚方司，掌審擬上三旗的刑名案件，順治十一年設，十二年改爲尚方院。所屬“二院”是：御馬，掌掌“御用”馬匹，順治十八年易名爲“阿敦衙門”(阿敦系滿語，意爲馬羣);鞍樓，是製備兵具、器械的機構，順治十一年易名爲兵仗局，順治十八年又改爲武備院。
宮中財政則主要來源於內務府所屬皇莊的收益。當然，隨着皇室對東北地區貂皮、人蔘的壟斷，內務府還將宮中剩餘的此類物品變價，以獲取收益。此外，內務府還從事官房買賣與租賃等商業活動。但在內務府設立之初，其經費來源尚不充足。
廣儲司
廣儲司，設總辦郎中、郎中、主事、委署主事、筆帖式、書吏，掌內府庫藏，領銀、皮、瓷、緞、衣、茶六庫。
都虞司
都虞司，設郎中、主事、委署主事、筆帖式、書吏，掌內務府武職官銓選及畋魚之事。
掌禮司
掌禮司，設郎中、員外郎、主事、贊禮郎、司俎官、司祝、司香、司碓、 筆帖式、 書吏、掌內廷禮樂及考覈太監品級。
會計司
會計司，設郎中、員外郎、六主、委署主事、筆帖式、書吏，掌內務府出納及莊園地畝之事。先用宮女、太監，亦由該司管理。
營造司
營造司，設員同掌儀司，掌宮廷修繕工程。
慶豐司
慶豐司，設員同掌儀司，掌牛羊畜牧之事。
慎刑司
慎邢司，設員同掌儀司，掌審讞上三旗刑獄案件。
上駟院
上駟院，設兼管大臣、卿、堂主事、筆帖式、下分左右二司，有郎中、員外郎、主事、委署主事，掌御用馬匹。
武備院
武備院，設兼管大臣、卿、郎中、主事、委署主事、筆帖式、書吏，掌製造器械。
奉宸院
奉宸院，設總理大臣、卿、郎中、員外郎、主事、良署主事、苑丞、苑副、委署苑副、筆帖式、書吏，掌景山、三海、南苑等處的管理、修繕。天壇齋宮，亦由奉宸院管理。圓明園、暢春園、萬壽山、玉泉山、香山、熱河行宮、湯泉(今昌平縣東小湯山)行宮、盤山(今薊縣西北)行宮、黃新莊、(今良鄉北)行宮，因與皇帝駐驊有關，俱歸內務府委官管理。
此外，內務府還管轄有三大殿，管理慈寧宮、壽康宮處，御藥房、壽藥房，文淵閣，黃武殿修書處，御書處，養心殿造辦處，鹹安宮官學，景山官學，敬事房等。其中敬事房爲管理宮內宦官的機構。
