趙氏創立命門理論，闡發腎命水火的關係，並將其廣泛應用於臨證。如痰證、血證、咳嗽、吐血、喘證、喉咽痛、眼目病、齒病、口瘡、耳病、消渴、中滿、噎膈、瀉痢、大便不通、小便不通與失禁等多種病證，不僅從其一般辨證規律進行施治，而且均注意到從腎命水火虧虛方面進行分析，廣泛使用六味、八味諸方，爲治療以上疾病提供了有益經驗。如其辨治血證，趙氏提出，血不僅有其本身爲血的特點，而且屬水，故而腎中真水乾涸，則真火勢必上炎，血亦隨火而上騰;反之，若腎中真火衰竭，則真水反盛，血亦失所依附而上泛，這是血證產生的兩種病機。因此，在治療時，由於陽虛而動血上泛者，用桂、附加於八味丸之中，使腎中溫暖，龍雷之火潛歸於原宅，不用寒涼而火自降，不必止血而血亦自安。若因腎中水涸而火炎者，就可用六味丸以補水配火，不必去火，而血亦安。
其辨痰證
認爲痰本非人身所固有，或是水泛爲痰，或是火煉爲痰。因此，辨痰證，當分辨有火無火，由於火衰不能制水，水不歸原，泛溢爲痰，痰如清水者，趙氏主張用八味丸以補命火，火壯水化則痰自消。由於陰虛火動，水液沸騰而動於腎，驟而成痰者，其痰重濁白沫，則應當選用六味丸以滋水配火，火靜則痰自消。脾爲生痰之源，趙氏治痰，雖亦接受用四君子湯或六君子湯之類補脾燥溼化痰之法，然更重視治腎命之本。其論喘證，一般認爲屬氣有餘之證，趙氏認爲，當屬火之有餘，水之不足。因此治療當用六味丸加麥門冬、五味子等，壯水之主，使水升火降，喘息自定。若有由於命門真元之火，不能歸其下元，陰氣在下，陽氣浮越於上，亦可見呼吸氣促，其證似喘非喘，外見四肢厥逆，面赤煩躁，脈象兩寸浮大而散，兩尺微而無力。治療主張用八味丸等，以人蔘生脈散煎服送下。總之，對喘證屬虛者，從腎命水火治療，亦可見其重視腎命的觀點。
對於鬱證的治療
認爲“凡病之起，多由於鬱。鬱者，抑而不通之義。”趙氏所論鬱證不僅包括各種雜證，還包括一切外感病。由於多因木鬱導致諸鬱，故可“以一法代五法”。其治木鬱，使肝膽之氣舒展，則諸鬱自解。逍遙散是趙氏治療木鬱的主劑，並常結合左金丸和六味地黃丸同用。他認爲，“世人因鬱而致血病者多。凡鬱皆肝病也，木中有火，鬱甚則火不得舒，血不行藏而妄行”。這種失血，或因怒鬱、憂鬱，或因陰虛火旺之人外感風寒暑溼，皮毛閉塞，火不能泄，以致血隨火而妄行，出現鼻衄、吐血等證。其辨證要點是：“凡系鬱者，其脈必澀，其人必惡風惡寒……須視其面色必滯，必喜嘔，或口苦，或口酸”。審有如是證，則當舒散其鬱爲主，即“木鬱達之”、“火鬱發之”之義。其方用逍遙散加丹皮、茱、連。血止後當用六味地黃丸滋陰善後，否則多復發。
