起初的戰爭
1219年，蒙古與高麗聯手滅了竄入高麗的契丹反叛軍隊，並與高麗簽訂“兩國約爲兄弟，萬事子孫無忘今日”的友好條約。1225年，蒙古帝國要求高麗向其朝貢。高麗予以回絕，蒙古使節抵達義州邊境時，被高麗朝廷所害，但當時成吉思汗徵西夏，並未顧及此事 。1231年蒙古大汗窩闊臺命撒禮塔率師攻高麗。蒙古打到了朝鮮半島中部，洪福源率羣衆投降，高麗王弟懷安公王降。撒禮塔後在開城任命達魯花赤等72人鎮守，蒙古軍暫時撤出高麗。
1232年，高麗王殺死開城駐守的達魯花赤等72人，從鬆都(今開城)遷往江華島，以防衛蒙古的再次入侵。得知此事後，蒙古立即第二次攻高麗。這次蒙古一直打到朝鮮半島的南端。不過蒙古卻無法攻佔江華島，在現在的光州附近敗北。蒙古首領撒禮塔在龍仁中流矢亡(一說被一名高麗僧人暗殺)。蒙古副帥鐵哥回師蒙古。後高麗王遣使節請罪，但並不肯臣服於蒙古並派兵攻陷已歸附於蒙古的西京等處，劫奪了降將洪福源的家。
窩闊臺汗四徵高麗
成吉思汗去世後，託雷根據幼子掌管父業的蒙古傳統習俗，監國攝政。1229年，拖雷召開忽裏勒臺大會，商議推舉蒙古國大汗。按照蒙古習俗，幼子有優先繼承父業的權利，因此，宗王大臣都打算推舉拖雷作可汗。耶律楚材等人說服各蒙古宗王，堅持按成吉思汗的遺詔行事，擁立成吉思汗的第三了窩闊臺繼承蒙古汗位。拖雷爲了避免可能發生的宮廷內訌，也支持窩闊臺。八月二十四日，窩闊臺大汗登基。
元太宗窩闊臺即位後，進行了一系列改革，並出兵征伐，拓展疆土。以高麗殺使者爲由，於1231年八月命撒禮塔率蒙古大軍討伐高麗。蒙古軍入據高麗後，洪福源率民1500餘戶前來迎降，附近州郡亦有來降者。撒禮塔在洪福源的協同下先後攻取40餘座城，連戰連捷的蒙軍直逼高麗王城。高麗高宗遣其弟懷安公王乞降。蒙古軍隊索取了鉅額財物後退軍。但仍在高麗的各京、府、縣留下了72名達魯花赤(鎮守者)，對高麗進行間接控制。高麗國王逃至江華島。
1232年六月，高麗王舉反，殺死蒙古所置達魯花赤72人。爲避免蒙古的報復，高麗權臣崔怡決定遷都江華島。於是，窩闊臺決定第二次討伐高麗。八月，再命撒禮塔率師徵高麗，至王京南，攻其處仁城時，中流矢亡。副帥鐵哥領蒙古軍回師。原降服的高麗百姓歸由洪福源統治。十月，高麗王遣其將軍金寶鼎、郎中趙瑞章向窩闊臺上書請罪。
1233年四月，窩闊臺詔諭高麗王悔過，並指出他犯下的五大罪狀。高麗王因佔據江華島，而蒙古無水兵，故不從命朝覲。反而又派兵攻陷已歸附於蒙古的西京等處，劫奪了降將洪福源的家。爲此，窩闊臺決定第三次派兵討伐高麗。
1235年，蒙古入侵慶尚道和全羅道。高麗民間的抵抗非常強。高麗王室也在江華島修築工事。雖然高麗幾度戰勝入侵者， 但還是無法抵擋蒙古大軍(蒙軍燒燬糧食企圖逼降)。1238年，高麗高宗向蒙古請和。在高麗同意將高麗王室作蒙古人質後，蒙古撤軍。不過高麗只送了一個與王室無關的人給蒙古人。蒙古大怒，要求高麗王室搬出江華島到蒙古作人質並清除海上所有高麗艦船，交出反蒙古的官員。不過高麗只送去一個王子和10名貴族的孩子，拒絕了其它的要求。
因此，1240年蒙古又派兵攻克昌州、朔州等地。1241年高麗王以族子爲己子入質，高麗又臣服於蒙古。
貴由汗至蒙哥汗四徵高麗
自從1232年高麗遷都江華島後，被激怒的蒙古大軍先後遣軍7次征伐高麗，給高麗百姓造成了深重的災難。不少地方因畏懼蒙古軍威，紛紛舉城歸附蒙古。高麗有不少大臣也對與蒙古對抗到底的政策提出了質疑。同時，
蒙古也在籌劃另立高麗入質蒙古的質子爲新君，而這一旦成爲既成事實，高麗朝廷便面臨邊緣化的危險。
1246年(元定宗貴由汗元年)高麗又停止歲貢時，蒙古軍隊從1247年至1258年(元憲宗蒙哥汗八年)間，曾4次進攻高麗，迫使高麗王遣王子前來朝貢，並留蒙爲質。
1247年，蒙古第五次入侵高麗，要求高麗王室搬出江華島作蒙古人質。 1248年，蒙古大汗貴由汗死，蒙古撤軍。
1251年，蒙古大汗蒙哥繼位，蒙古再次要求高麗王室做人質。高麗回絕後，蒙古於1253年大規模入侵高麗。高宗最後同意搬出江華島並將世子安慶公交給蒙古。 蒙古軍隨後撤退。
1258年，高麗衆大臣發動政變，殺死了主張棄陸保島的權臣崔氏，出陸向蒙古投降。1259年，蒙古與高麗達成和解協議，蒙軍撤出高麗，高麗朝廷遷出江華島移居陸地，並派王子入朝蒙古，兩國戰爭狀態結束。
忽必烈消滅高麗抵抗勢力
元世祖忽必烈中統元年(1260年)春，高麗國王逝世，忽必烈派兵護送高麗王子歸國即位，是爲高麗元宗，同時宣佈在高麗境內實行大赦，送還高麗俘虜及逃入遼東的民戶，禁止蒙古邊將侵擾高麗，以撫民心。元宗即位後一直採取親元立場，引起大臣的不滿。
忽必烈視高麗爲元朝的屬國和進攻日本的跳板。至元五年(1268年)夏，忽必烈責令高麗新國王在高麗製造可載4千石的海船1千艘，以備元軍攻打日本或南宋之需。元朝對高麗的控制和榨取，使高麗朝野極爲不滿。至元六年(1269年)八月(陰曆,下同)，林衍廢其王。同年十月，忽必烈派頭輦哥率大兵壓境;封在京朝覲之高麗王世子爲特進、上柱國，並派兵護送他回國平亂;同時派兵部侍郎裏德(史書寫爲裏德)一行出使高麗，限期高麗林衍等來京陳情，聽候決斷。在元朝三懾之下，高麗都統領崔坦、李延齡等以西京(今平壤)50餘城歸降。高麗元宗復其位，並親自朝見忽必烈。
至元七年(1270年)正月，忽必烈將高麗西京改爲爲東寧府(後升東寧路)，劃歸元朝遼陽行省。同時派頭輦哥率領軍隊護送高麗國王父子回國，委任脫脫朵兒、焦天翼爲高麗達魯花赤(督官)。同年春，元軍兵臨王京(今開城)城下。此時，林衍已死，其黨三別抄軍首領裴仲孫等擁立王室庶族承化侯王溫，退守珍島(今南金羅道)堅持抗元。
至元八年(1271年)五月，元將領忻都率兵攻佔珍島，王溫等被殺。金通精退往耽羅(今濟州島)。至元十年(1273年)四月，忻都攻佔耽羅，捉拿了金通精等人。元軍佔領濟州島，元朝遂設耽羅國詔討司，屯兵駐守。國王投降蒙古汗國，高麗蒙古戰爭結束，高麗成爲元朝的藩屬國。 [5] 設置徵東行省進行統治，並派遣蒙古“達魯哈赤”(長官)負責行政事務，收取貢賦。
