赤眉軍，中國古代著名的農民起義軍之一。
赤眉軍於天鳳5年(公元18年)在莒(今山東莒縣)起事，首領爲琅琊人樊崇，以泰山山區一帶爲根據地，與政府軍對抗。幾年之間發展到數萬人，其中主要由農民組成，大多不識字，因此以口頭傳令爲主。組織包括地位最高的三老、其次有從事、卒史等名稱，大多延用漢朝鄉官的名稱。
隨著赤眉軍的發展，在地皇3年(22年)王莽派出其子王匡、廉丹率約十萬軍隊進攻赤眉軍，慘遭挫敗，赤眉軍發展到十萬人以上，勢力擴及青州、徐州、兗州、豫州各地。
23年，更始皇帝劉玄已即位並攻入長安，赤眉軍先是願意降於更始，但雙方隨即再度開戰，25年赤眉軍兵分兩路，由樊崇和徐宣分別率領，進攻關中，並擁立漢宗室劉盆子爲帝，徐宣任丞相，樊崇因爲識字，任御史大夫。同時更始軍內部產生內爭，將領王匡投奔赤眉軍，隨即赤眉軍攻入長安，殺死劉玄。
赤眉軍入長安時，因常年的戰亂已導致當地殘破，赤眉軍只能四處找尋糧食，隨後被劉秀派將領馮異擊敗，遇大雪損失慘重，赤眉軍遂決定離開關中，27年在崤底(今河南澠池縣禮莊寨)再被馮異打敗，樊崇投降，最後被殺。
樊崇，琅琊靈門人(今莒之北境)，出身貧寒家庭，是個樸實、勇敢的農民。他身高力大，見義勇爲，好打抱不平，窮苦農民都很喜歡他，願和他一起共事。
莒州本是有古老文化傳統的地方，但也是統治階級剝削壓迫農民最殘酷的地方，特別到了西漢末年，封建社會矛盾激化，不但被剝削階級壓迫得無法生活下去，連剝削階級也不能維持他的統治了。王莽篡漢復古"改制″的失敗，使嚴重的社會危機進一步加深。土地兼併的趨勢繼續發展，壓在人民身上的徭役和賦稅負擔比以前更加沉重。同時統治階級濫用刑罰，使百姓陷入水深火熱之中。樊崇在家鄉活不下去，就到莒州僱給人家扎活，想以此擺脫飢餓。但王莽新朝的官吏在莒州更加殘酷地向農民勒糧逼稅。扎活的樊崇爲了活下去，就夥同一起的窮人和一些年輕力壯的農民，於公元18年(新莽天鳳五年)，在莒州起義。這是繼海曲(日照)呂母起義之後，又一次在莒州舉起了義旗。
琅笽郡人樊崇起兵於莒，有衆百餘人，轉戰到太山，自號三老。這時青、徐二州鬧大饑荒，盜賊蜂起，強盜們認爲樊崇勇猛，都歸附於他，一年之間擴大到萬餘人。樊崇同郡人逄安，東海郡人徐宣、謝祿楊音，也各起兵，合起來達數萬人，都引兵歸樊崇。一起回攻莒縣，攻不下，轉掠到姑幕縣，因而擊王莽探湯侯田況，大勝，殺萬餘人，於是北入青州，所過之地都進行虜掠。回到太山，駐紮南城縣，起初，樊崇等因窮困而爲盜寇，沒有攻城略地的打算。後來隊伍漸漸擴大，就互相約定:殺人者處死，傷人者償創傷。以言辭爲約束，沒有文書、旌旗、編制、號令。其中職位最高的號爲三老，其次爲從事，再次爲卒吏，一般的泛稱爲"巨人"。王莽遣平均公廉丹、太師王匡發動進攻。樊崇等準備迎戰，但耽心自己部下與王莽兵混淆不清，於是令自己部下都把眉毛塗紅以相識別，從此號稱赤眉。
赤眉軍紀律嚴明。史書上稱"乃相與爲約:殺人者死，傷人者償創"。"其中最尊者號三老，次從事，次卒吏"，相互間稱"巨人"。赤眉軍以泰山作根據地，在青、徐二州間來回打擊官府，搶糧救災。各地均有富翁，存糧如山。周圍百姓，因連年乾旱和蝗蟲災害，草根樹皮都吃不上，飢餓的人民四處流離，死者無數。樊崇看到面黃肌瘦的老百姓和沿途餓死的民衆，傷心流淚，他下令起義軍:所到之處打擊貪官污吏，搶糧救災。當地刺吏、郡守不能治，逃之夭夭。
公元21年(地皇二年)，王莽派大將景尚率領一隊官兵來剿樊崇領導的起義大軍。赤眉軍和官軍大戰一年多，打了大勝仗，把景尚殺死。王莽大怒，又派遣太師王匡、更始將軍廉丹率十萬大軍趕來鎮壓赤眉軍。赤眉軍作戰勇敢，又深得百姓擁護，在成昌(今山東東平縣)大戰一場，樊崇一槍刺中了王匡的大腿，王匡慌忙奪路逃命，廉丹被赤眉軍首領之一董憲殺死，官軍潰敗。經過這場大戰，赤眉軍更加壯大了，發展成十多萬人的武裝。
東漢政權建立以後，面臨的大敵之一是赤眉軍的建世政權。當劉秀派吳漢圍攻洛陽時，赤眉軍也已攻入更始政權的都城長安，更始帝劉玄出逃在外。
此時劉秀雖然據有河北，但在廣大的東方和南方，農民起義軍餘部和地方割據勢力仍爲數衆多，更始政權在這些地區也有很強的勢力。和這些形形色色的武裝力量相比，劉秀只不過才佔據了巴掌大的一塊地方，其實力也不足以與號稱百萬之衆的赤眉軍展開最後決戰。基於這一情形，劉秀在赤眉軍攻入長安的同時，沒有立即同赤眉軍發生大規模的正面衝突，而是立即發佈詔書，封劉玄爲 淮陽王 ，並聲稱 吏人敢有賊害者，罪同大逆 。這樣，劉秀便將原來傾向於劉玄更始政權的地主豪強勢力，爭取到自己一邊來了，也爲赤眉軍進入長安後製造了重重困難。果然，長安周圍的地主武裝都對赤眉軍的建世政權採取不合作態度， 往往聚爲營保，各堅守不下 ，甚至圖謀劫出更始皇帝劉玄。另一方面，劉秀還派鄧禹率領二萬精兵尾隨赤眉軍入河東郡，伺機入關。劉秀在完成了這些工作之後，便集中主要力量用來在長安以東構築防線。劉秀派吳漢等人率軍掃平了河北地區檀鄉、五校、青犢、富平、獲索等農民軍;同時，遣岑彭、景丹等人向洛陽以南的河南、荊州地區推進，更始政權任命的淮陽太守暴汜、宛王劉賜、鄧王王常等紛紛投降，豫西地區的衆多小股農民武裝也先後被削平。這樣，在赤眉軍據有長安的一段時間內，劉秀已完成佔領從河北地區經洛陽向南到河南、荊州地區以及豫西地區一線的重大戰略部署，加上原來已派鄧禹佔領河東，不但堵住了赤眉軍東歸的道路，而且形成了對長安的大半個包圍圈。
此時，赤眉軍在長安城中並沒有充分利用佔領首都的優勢，穩定秩序，繼續擴大戰果，而是貪戀京師，論功行賞不休。紀律也鬆弛下來，甚至發展到 燒宮室市裏，宗廟園陵皆發掘 。由於赤眉軍百萬之衆固守幾經戰亂的長安孤城，僅四個月後，建世政權便陷入了軍糧嚴重匱乏的地步。爲籌集糧草，赤眉軍放棄長安，引兵向西，取道南山、鄠縣，轉向西北的安定、北地一帶。在那裏，赤眉軍雖然打敗了更始將軍嚴春，終因天寒地凍，加之遇到隴西豪強隗囂的阻擊，戰鬥力大爲削弱，只好返回長安。此時，三輔地區經過連年戰亂，已是 城郭皆空，白骨蔽野 了。建武二年(公元26年)，只剩下二十餘萬人的赤眉軍只好離開長安，出華陰，準備向東方轉移。建武三年閏正月，赤眉軍行至澠池崤底時，遭劉秀部將馮異伏擊，被俘達八萬人。
其餘十餘萬人南下宜陽(河南洛寧)，陷入劉秀設下的包圍圈中。飢寒交迫的赤眉軍卒突遇伏兵，又逢大雨，措手不及，只好放下武器，向劉秀投降。
三月，劉秀軍佔領長安。
