歷史上，黎族巫醫較爲盛行，直到現在黎族民間依然存在。黎族的巫醫實際是巫與醫二者融爲一體的民間行醫人，他們是以宗教儀式的形式，行草藥醫治的內容，達到給人防病治病的目的。在黎族社會中，巫醫都是一般的生產勞動者，但被人們視爲是溝通陽間世界和陰間世界的全知全能的“使者”與“通話人”。
在古代，巫醫是黎醫草藥知識的積累者。一些古文獻對黎族地區當時的風土民情也作了這樣的記載：病不服藥，惟事寨祭，或信巫鬼、重淫祀，從古然也。這從一個側面反映了巫醫在黎族民間的盛行。宋代《太平寰宇記》記載：俚(黎)人以草藥醫治跌打損傷及瘡癤、瘡毒外科一切雜症。每有奇效，然亦以迷信出之。予嘗見一患痛者，俚(黎)仁老治疾，其人到病家裏以雞公一隻，小尖刀一把，酒、水、米、飯，諸項陳列於堂，求者先取尖刀，納袋中，脫草履於地，取火刀唸咒，噴患處，操刀割之，膿血盡流而病者無痛苦，膿盡後，敷上藥而愈。這是古文獻對黎族巫醫進行治療較爲詳盡的記載。
在科學技術非常落後的社會，當人們遇到傷痛疾病時，由於不能科學地認識病因，而往往認爲是鬼神在作祟，是病人的靈魂被鬼攝走所致。既然是鬼在作祟，就必然請求巫醫來祭靈趕鬼，殺牲畜獻祭。
黎族巫醫爲人治病時，有一套自己的方法，先通過黎族診斷法查明病因，以便在用藥時做到有的放矢。接着是採用占卜的形式，通過卦象來判斷是什麼鬼怪作祟而導致了疾病，需要獻祭什麼牲畜才能換回病人的靈魂，以決定用哪種性畜祭獻。黎族巫醫的占卜，一般以米卜、雞卜爲主，根據米卜、雞骨的上下正反卦位或卦符所組成的“卦象”，以判斷病的輕重、安危、觸犯何種鬼靈以及需要祭品等。如發熱、頭痛症的米卜：取一碗米，點三枝香，長把尖刀立在米中央，隨之口唸咒語，如尖刀立穩，即查明爲“竈爐鬼”作祟，需要殺豬祭祀。一般情況下，凡肚子痛、嘔吐及泄瀉症的，都會認爲是“風鬼”作祟，需要殺雞祭祀;急性風症的，是“風火山鬼”作祟，急需殺黃牛祭祀;婦女難產症，爲“無頭鬼”作祟，要殺羊、雞祭祀;突然昏倒不省人事症，爲“龍水鬼”作祟，要殺白雞一隻、水蛇一條祭祀，還要寫卦符帖在門口和周圍樹木。海南各地黎族的祭鬼方法從形式上看是有些不同，但就其內容看均是大同小異。
巫醫在本氏族、村裏或鄰近村莊發生流行病時，還擔負着主持有關儀式，以預防和阻止流行病的蔓延，確保人和村子的安全。如美孚方言的黎族羣衆，爲預防天花、霍亂、鼠疫的流行，要請巫醫舉行宗教儀式，集體出資買雞、豬、羊等牲畜，到野外主要交叉路口祭祀，並每家每戶都要用三角楓樹葉、野菠蘿葉掛在門口，以阻疫病於門外。
巫醫施行治病的過程一般爲：令患者坐下或靜躺牀上，巫醫左手端一碗清水，右手掌一支香燃燒，連連三次誦唸咒語，(不同的病症念不同的咒語)。咒語唸完後，巫醫吸碗中的水一口，噴在病人身上，或抹患者痛處，有時給病人喝一口碗中水，或以筆墨寫神符，後燒神符取灰放入盛水的碗中，即給患者喝神符水，或者以墨將符畫在掌心，進行跳唱唸咒。巫事行完後，巫醫一般都要給病人服用自己配製的藥，或內服，或外敷，或捻痧，或推摩，或整骨，或囑病人家屬給患者何藥何物、禁忌什麼。還要在門口掛着紅、綠、黃三色紙符於大門外，禁止他人進家門，禁4天才結束。
巫醫常治的病症一般爲燒傷、燙傷、異物卡喉、跌打腫痛、各種病症、各種驚風、難產、羊癲風、精神病等。巫醫治病時的場面始終維持肅靜的氣氛，同時要求患者斂心神、息雜念，通過施行巫術咒語，消除患者的焦慮、悲觀和憂鬱情緒，以調節心理平衡，此法對患者有一定的心理治療作用。
總之，巫醫是黎族社會中有知識的人，瞭解和掌握一些動物藥和植物藥知識，他們在神靈的外衣下，不知不覺地使用藥物和其他一些含有一定合理成份的治療方法，是一種虛妄與理性的雜混、謬誤與科學的交織，這是黎族巫醫的特點。黎族巫醫不傳代，也不世襲，它有虛揚觀念的一面，也有合理的一面，既施行巫術咒語，也利用當地的草藥進行治療。因此，對黎族巫醫我們也不能一概否定。
