武德元年(618年)，蕭銑遷都江陵，修復先祖園廟。任命岑文本爲中書侍郎，主掌機密事務。派遣楊道生進攻峽州，被峽州刺史許紹擊敗，戰士死傷大半。
武德三年(620年)，唐高祖李淵下詔夔州總管、趙郡王李孝恭征討蕭銑，奪取通、開二州，斬其東平王闍提。當時諸將擅兵橫暴，蕭銑怕以後無法控制，便揚言休兵以便農耕，以罷免將帥兵權。大司馬董景珍的弟弟爲將軍，心懷不滿，謀圖作亂，因事泄被蕭銑所殺。董景珍當時鎮守長沙，蕭銑下書赦免他，並將他招還江陵。董景珍害怕，派遣使者前往李孝恭處，舉地歸降。蕭銑派遣張繡進攻董景珍，董景珍說：“‘前年醢彭越，往年殺韓信’，您沒聽說過嗎?何必互相攻討?”張繡不回答，進兵圍城。董景珍潰圍而走，被其部下殺害。蕭銑提升張繡爲尚書令。張繡居功自傲，蕭銑又殺了他。蕭銑性情外表寬仁而內心疑忌，嫉妒勝己者，因此大臣舊將都懷疑懼怕，往往叛離，蕭銑不能禁制，所以日漸衰弱。
武德四年(621年)，唐高祖下詔李孝恭與李靖率領巴蜀兵順流而下，廬江王李瑗由襄陽道，黔州刺史田世康出辰州道，合兵攻打蕭銑。蕭銑的將領周法明率四州歸降唐朝，唐高祖隨即下詔任命周法明爲黃州總管，前往夏口道，進攻安州，將其攻下。蕭銑的將領雷長潁以魯山歸降唐朝。蕭銑便派部將文士弘抵禦李孝恭，戰於清江口，李孝恭大敗其軍，繳獲戰艦千艘，攻取宜昌、當陽、枝江、鬆滋等縣，蕭銑的江州總管蓋彥舉城投降。李孝恭、李靖直逼其都城江陵。
起初，蕭銑放散兵卒，僅留宿衛戰士數千人，等到倉促召集兵馬時，江南、嶺南，路途遼遠，未及赴援。李孝恭佈列長圍以守。數日之後，攻破水城，繳獲樓船數千艘。交州總管丘和、長史高士廉、司馬杜之鬆前往李靖處投降。蕭銑自料救兵不會前來，對其屬下說：“上天不保佑樑朝啊!如待力盡而降，必害百姓遭殃。如今趁城未攻下，先行出降，可免亂兵禍害。各位何愁沒有君主呢?”便巡城下令，守城士卒全都痛哭。蕭銑用太牢告祭於太廟，率領官屬身穿孝服前往軍門，認罪說：“應死者僅蕭銑一人，百姓無罪，請不要殺掠他們!”李孝恭受降，護送他到京師。過後幾天，救兵趕到，衆達十餘萬人。得知蕭銑已降，便都投降唐朝。蕭銑送到京師。唐高祖斥責其罪，蕭銑回答說：“隋失其鹿，英雄競逐，蕭銑無天命護佑，故被陛下擒獲。正如田橫南面稱王，難道對不起漢朝嗎?”唐高祖因其言不屈而大怒，下詔斬於都市，時年三十九歲。
