成化時期，許多佞幸小人混入朝中，李孜省以方術、房中術進獻皇帝得到寵幸，然後與太監樑芳狼狽爲奸禍亂朝政，打擊忠臣，扶植朋黨。明孝宗即位之後立即逮捕了兩人，使文武百官皆感高興。接着，明孝宗開始整頓吏制，將成化朝通過賄賂，溜鬚拍馬發跡的官員一律撤換，改革首先從內閣開始，罷免了以外戚萬安爲首的“紙糊三閣老”。萬安遇事除了喊“萬歲”，沒有半點主張，明孝宗罷免他不久後，和萬安一起混日子的尹直也黯然離職回鄉，只留下了劉吉。明孝宗看的出來劉吉除了混事，也會幹事，接替內閣首輔的劉吉，在弘治年間一反常態，不但時常建言國事，更是對工作極其負責出力。特別是西北的哈密戰事，正是在他的統籌下得以圓滿解決的。
明孝宗還罷免了大批的“傳奉官”，明憲宗時期的得寵的諸多僧道門，也都被趕走，少數罪大惡極的，依法懲治。比如成化年間的和尚繼曉，由於仗着明憲宗的寵信，作惡多端，於弘治元年被斬首示衆。斥佞用賢的弘治初政，給成化後期混亂的朝廷打了一針興奮劑，使明朝有了中興的希望。後來又去掉佞臣李廣。明孝宗對於文臣極其禮敬，也別是對待王恕等老臣以及謝遷、劉健、李東陽幾位閣臣，更是體貼備至。
在清洗了諸多混日子的大臣同時，明孝宗大量起用正直賢能之士。象王恕、懷恩、馬文升等在成化朝由於直言被貶的官吏;徐溥、劉健、謝遷、李東陽等賢臣。爲于謙建旌功祠，使得無論是朝中還是宮中都爲之一新，時稱朝序清寧。[明孝宗登基後馬上召回了王恕，王恕上任後沒有辜負明孝宗的期望，在他的主持下開展了官場考察，考察的標準也極其嚴格：不但經濟有問題的要被追查，就連身體不健康不能勝任工作的，也要一概被罷免。僅弘治元年(1488年)從中央到地方經過吏部考察被罷免的官員就多達一百多人。和王恕一樣，馬文升在部隊裏面也開展了整頓。除了罷免大批不合格的武館外，還清理屯田，整頓地方武備，明軍的戰鬥力，一度煥然振作。
正是在王恕和馬文升的強力行動下，基層的一批慵懶官員被清除，諸多的才俊良臣得以提拔。
鑑於前朝宦官專權亂政的教訓，明孝宗對宦官嚴加管束，東廠、錦衣衛再不敢任意行事，只能奉守本職，因而幾任錦衣衛指揮大致都能持法公允，用刑寬鬆。這是明中後期其他朝代所罕見的現象。對於宦官的限制，執之最厲者並不止劉大夏。謝遷亦曾言內府宦官索賄之事，明孝宗令撰旨禁約時，謝遷道：“虛言設禁，無益也。須令曹司搜剔弊端，明白開奏，而後嚴立條禁，有犯必誅，庶民困可蘇。”由此諸內府宿弊，多有革除。故嫉之者少。劉大夏雖非閣臣，明孝宗對他的倚靠則不僅限於兵部，至有密帖之諭。
在弘治中興時期，還留下了一系列忠臣，直臣。例如李東陽，謝遷等等。對於明武宗時期劉瑾亂政在前期起到了一定的遏制作用。明孝宗勤於政事，同時，他又重開了經筵侍講，向羣臣諮詢治國之道。他還開闢了文華殿議政，利用早朝與午朝之餘的時間，與內閣共同切磋、商議政事。
